小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。ある日、妖から追われ逃げ込んだ神社で、招き猫の姿をした妖に出会う。「斑」という名のその妖から、妖たちは夏目を祖母のレイコと勘違いしていること、名前を返してもらいたがっていることを聞く。レイコの遺品の中にあった「友人帳」という名の綴り、それは、夏目と同じように妖を見ることができたため人間から疎まれたレイコが、その寂しさから、妖たちを隷属させる証として名前を書かせたものであった。

祖母レイコの遺品「友人帳」を手にした夏目は、用心棒である妖「ニャンコ先生」の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決める。そんな夏目の前に、名前を返してほしいと現れた小さな妖「露神」。名前の返還に応じようと友人帳を手に取るが、名を示した頁は次の頁とくっついていた。名を破られれば身は割け、名を燃やされれば身は灰になる。くっついた頁の名を持つ妖を、ニャンコ先生・露神と共に、夏目は探し始める。

妖への名前の返還に応じる日々を送る夏目の元に、八ツ原に住む妖怪が、退治してほしい人間がいるとやって来る。その人間、害を与えず暮らしている妖たちを退治するのだという。同じ頃、夏目の存在を気にする人物が現れる。田沼というその同級生は、八ツ原に最近越して来たらしい。自分と同じように妖を見ることができる人がいるかもしれない、自分の見える世界をわかってくれる初めての仲間かもしれない、と夏目の心は逸る。

旧校舎での肝試しに参加することになった夏目。この地には、人間好きの招福の神様が欲深い人間に捕らわれ、忌まわしき妖になったという逸話があるという。不安を抱きながら肝試しがスタートすると、クラスメイト達が次々と姿を消してしまう。そんな中、行動を共にすることになった委員長の笹田は、この世の者でないものを見ているのではと夏目を問い質し、協力してほしいことがあると告げる。

レイコの遺品の中から電車の切符を見つけた夏目。その切符に書かれた駅にやって来ると、そこにはレイコを待ち続けているという毛むくじゃらの妖がいた。夏目は、レイコとここで会う約束をしているというその妖に名前を返し、流れ込んで来た思念から、レイコがその妖「さんと」を助けてあげようとしていたことを知る。レイコのやり残したことをやるため、「さんと」と共に約束の場所「霧が沼」へと歩き出す。

釣りをしようとダム湖にやって来た夏目達の前には、水没した廃村が姿を現していた。夏目は、そこで何者かに取り憑かれ意識を失う。夏目にとり憑いたその妖怪は、村が再び水底に沈む前に、遠くから一目だけでも会いたい人間がいるという。夏目の協力もあって、ついに探し人に会うことが叶う。

勉強合宿に出かけた夏目は、森の中で妖怪に苛められている「子狐」と出会う。怯えて途端に姿を消した「子狐」だったが、自分を助けてくれた夏目のことが気になる様子。そして、夏目が「友人帳」を持つものだと知ると、自分の名前を差し出し、子分にしてほしいと頼む。

ある沼に蛍を見にやって来た夏目とニャンコ先生。そこにいたのは、沼を見つめる男性と彼に寄り添うようにしている妖だった。その男性はかつて妖を見ることができたこと、ある日突然その目が妖を映さなくなったことを聞いた夏目。自分にも彼のようにずっと望んできた解放の時が訪れるのか。もう妖を見ることのない男性が、夏目は何故この沼に来ているのか知りたいと思った。

ある日突然、夏目の前に現れた“仲間”を名乗る男「名取周一」。彼もまた、夏目と同じように妖怪と呼ばれるものの類を見ることができた。表の顔は俳優、裏の顔はあやかし祓い。夏目にお祓い家業を手伝わないか、と誘う名取には、妖怪への憎しみが見えた。

夏目の体を頂く、と現れた傘を持った妖怪「アカガネ」。体を病んでしまった美しき蒼琴弾き「アサギ」のためだと言う。次の日、夏目の体には変化が起きていた。青い髪、そして青い目、それは「アサギ」が憑依したことの表れだった。「アサギ」の気持ちが消化されれば自然と体から離れていくであろう、というニャンコ先生の言葉で、「アサギ」が再び琴を奏でられるよう、夏目は「アカガネ」に協力することにする。

夏目とケンカをして、藤原家を飛び出してしまったニャンコ先生。中級妖怪達に陰口をたたかれ八つ当たりをしたり、女子高生姿で西村・北本に絡んだりしていた。そんなニャンコ先生の前に現れた妖怪「猿猴」は、ニャンコ先生が夏目と縁を切ったと聞きつけ、「友人帳」を夏目から奪うと言う。夏目はともかく、友人帳を奪われる訳にはいかない、と帰路を急ぐ。

１匹の蛙に導かれるように森の中に足を踏み入れた夏目。そこで目にしたものは妖怪を喰う邪鬼の姿だった。逃げる夏目だったが、その邪鬼に触れられた腕に呪いを受けてしまった。五日かけて生気を吸い尽くすというその呪い『五日印』。疼き出す呪いの痣、追ってくる黒い影、そして呪いの余波で小さくなってしまったニャンコ先生…。夏目は、大切な人達を巻き込むことなく、この呪いから五日間逃げ切ることを決意する。

ひょんなことからニャンコ先生が妖怪であることを田沼に知られてしまった。訳を訊ねる田沼に対して、巻き込みたくないという思いから、できることなら隠していたかった夏目は本当のことを話せないでいた。そんな時、神社のお祭りにニャンコ先生を忘れてきたことに気付く。

ある日、ニャンコ先生にそっくりの黒ニャンコ先生に「友人帳」を奪われてしまった夏目は、妖怪達の大切な名前を取り返すため、必死にその後を追う。妖怪の宴に向かったと聞いた夏目は、自分の危険も顧みず、その宴に向かうとニャンコ先生に告げる。

雪の積もったある日、しばの原にやってきた夏目とニャンコ先生。そこにはかつて、二匹の森の守り神の像があったという。今では一匹しか残っていないその像から、夏目に乗り移ろうと襲いかかる人外の影があった。しかし誤って夏目の作った雪うさぎに乗り移ってしまった妖「玄」は、魔封じの木から放たれた悪霊を退治するのに力を貸してほしいという。

夏目と同じように妖をといわれるものの類を見ることができる名取周一。表では人気俳優、裏では妖祓いをしている彼に誘われ、夏目は温泉旅行に行くことになる。ニャンコ先生を伴い、二人と一匹、一泊二日の温泉旅行が始まった。旅を満喫する夏目だったが、押入れからの物音や天井からぶら下がった着物姿の人影など、周りで気になることが起こり始める。旅行に連れてきてくれた名取のためにも、気を煩わせず、旅行を楽しもうとする夏目だった。

藤原家の庭先に産み落とされた卵。育てるもののいないその卵を、夏目はニャンコ先生と温めてみることにする。日に日に大きくなる卵、そして、それを主からの命で奪おうとやってくる妖。確かに生きているその卵を守ろうと決めた夏目の前で、ついに卵の中から姿を現したのは、なんと小さな小さな人の形をした「辰未」という妖の雛だった。

夏目の姿を遠くから見つめる気の弱そうな妖が現れるが、夏目と目が合うや逃げ出してしまった。再び現れたその妖「霧葉」に追ってくる理由を聞くと、友人帳の名を返してほしいのだという。名前の返還に応じる夏目だったが、友人帳は反応するものの、どの頁も示すことなく再び閉じてしまった。霧葉曰く、レイコが50年経ったら名前を返すと言って、森の木の枝に結んでしまったという。結んだ紙をとるな、とレイコに脅されていたと聞いた夏目は、探し出したらその理由がわかるのではと思い、霧葉と森にやってくるのだった。

散歩中のニャンコ先生を迎えに来た空き地で、地面に何かを一心に描く少女を見かけた夏目。声をかけると夏目の名を呼ぶなり、慌てて走り去ってしまい、その後には見慣れぬ陣が残されていた。翌朝、夏目は突然現れたチョビ髭の妖怪に、人間の娘が不吉な陣を書き歩いているので止めてほしいと頼まれる。チョビ髭に連れられて向かった場所には昨日の少女がいた。夏目の同級生で「多軌」と名乗るその少女は、夏目が妖怪を見ることができると知っており、力を貸してほしいというのだった。

自らの描いた陣に入った妖の姿を見ることができる少女「多軌透」。夏目の同級生である彼女は、ある日偶然目にした妖怪に祟りをかけられ、人と話すことすら許されない生活を送っていたという。夏目はその祟りをとくため、多軌・ニャンコ先生と妖怪探しを始めるが、突然その妖怪に捕らわれてしまう。必死にその場を逃れたものの、その目は妖怪を映さなくなってしまった。さらに困難を極めることとなった妖怪探しに不安を募らせる夏目達。そんな時、夏目の耳にささやきかける姿なき不気味な声が聞こえる。

西村・北本と共に、宿題合宿のため民宿にやって来た夏目。友との楽しい時間を過ごす夏目だったが、人魚の姿をした友人帳狙いの妖が現れる。なんとか難を逃れた夏目に、民宿の千津が語ったのは、幼い頃に出会った人魚の話だった。口にすると不老不死になるといわれる人魚の血――千津はかつて大切な人にそれを飲ませてしまったことを悔やみ続けており、その人を探しているのだという。それを聞いた夏目は、自分を襲った人魚に再び会いに行く。

冬枯れの桜並木が描かれた絵を手にした日から、目覚めると部屋中が花びらで満たされるようになった。妖の仕業なのかと正体をつきとめようとする夏目とニャンコ先生の前に姿を現したのは、不気味な面をつけた妖「巳弥」だった。名のある妖が描いたというその絵に描かれた小さな人影、それはかつて巳弥と友人だったものなのだという。巳弥に絵を返そうとする夏目だったが、何故かその絵は壁から外れなくなっていた。

藤原家の門の前に残された足跡と落書き。おそらく妖怪のものであることに不吉な予感を覚えた矢先、家の中で奇怪なことが起こり始める。藤原夫妻に何か起こることを恐れる夏目は、かつてこの家で同じようなことがあったということを滋から聞く。そしてそれは、滋がある人に出会ったことで治まったという。その人のことを尋ねる夏目に、滋が子供の頃の話を語り出す。

手負いの妖が助けを求めるかのように、夏目の元に現れる。夏目の強い妖力を感じ取りやって来たのだろう、という名取は、夏目を呪術師の会合に誘う。同じ力を持ち、同じ痛みや苦しみを知る人達の中でなら、自分のできることを見つけられるかもしれないと、夏目は先生と共に会合に向かう。

夜ごと謎の物音や妙な声が聞こえると言われる洋館にやってきた夏目。子供のもがく声のする方に行ってみると、棺のような箱にランドセルを背負った少年が閉じ込められていた。箱を開けるなり泣きながら走り去った少年の残した名札を手に、その少年「カイ」を探す夏目は、カイがお化けに追われているらしい、という噂を耳にする。本当に妖怪を見て、そして追われているのならば守ってやりたいと思う夏目だった。

カイを追っていたのは妖だけではなかった。名取もまた、カイを追っており、妖であるカイを退治しに来たという。突きつけられた事実を受け入れることのできない夏目に対し名取は、「自分にとって大事なのが人か妖か決めるべきだ」と告げる。カイが本当に妖なのか…。カイを探す途中、名取の罠に襲われた夏目を救ったのは、到底人のものとは思えないカイの力だった。自分を祓うだけでなく、夏目をも傷つけようとした名取に怒りを向けるカイは、ついに妖としての力を露にする。