어린 시절부터 요괴라고 불리는 부류를 볼 수 있었던 나츠메 타카시. 이 때문에 주위에서 따돌림을 당하고 혼자 있는 것이 익숙해져 있었다. 어느 날, 요괴에게 쫓기다 숨어든 신사에서 복고양이에 깃든 요괴를 만난다. ‘마다라’라는 이름의 이 요괴는, 요괴들이 나츠메를 할머니인 나츠메 레이코로 착각하고 있으며 이름을 돌려받기를 원한다는 사실을 알려준다. 레이코의 유품인 ‘우인장’에는 요괴들의 이름이 적혀있는데, 이것은 레이코가 요괴들과 승부를 벌이다 패배한 요괴들의 이름으로 레이코와 주종관계의 계약을 맺은 일종의 명부였던 것이다. 나츠메는 ‘우인장’에 적힌 요괴들의 이름을 돌려주기로 결심하고, 요괴 ‘마다라’가 깃든 고양이 ‘야옹선생’은 나츠메가 죽으면 ‘우인장’을 갖기로 약속하고 나츠메를 돕기로 한다.

할머니인 나츠메 레이코의 유품 ‘우인장’을 손에 넣은 나츠메는 경호인 야옹선생과 함께 요괴들에게 이름을 돌려주기로 한다. 그런 나츠메 앞에 이름을 돌려달라며 나타난 츠유카미. 한때 마을 사람들이 자주 찾아와 바치던 공물을 먹으며 지냈던 츠유카미는, 사당을 찾는 사람들의 발길이 끊기자 외로움을 견디다 못해 나츠메를 찾은 것이다. 그러나 츠유카미의 이름이 적힌 우인장의 페이지가 다음 장과 달라붙어, 이름을 돌려주고 싶어도 돌려줄 수 없는 상황이 되었다. 결국 나츠메는 츠유카미, 야옹선생과 함께 츠유카미의 이름과 붙어있는 페이지의 주인공인 또 다른 요괴를 찾아 나선다. 우여곡절 끝에 이름을 되찾은 츠유카미는 유일하게 사당을 찾아준 인간이었지만 얼마 전에 세상을 떠난 하나 씨를 만나게 된다.

요괴에게 이름을 돌려주느라 바쁘게 지내는 나츠메의 앞에 야츠하라에 사는 요괴가 인간을 퇴치해달라며 찾아왔다. 그 인간은 아무 해를 끼치지 않고 조용히 살고 있는 요괴들을 퇴치하며 다닌다는 것이다. 그 무렵, 학교에서는 나츠메를 주시하는 인물인 타누마가 나타난다. 나츠메는 타누마가 최근 야츠하라의 신사로 이사를 왔다는 이야기를 듣고, 요괴를 퇴치하러 다니는 인간이 타누마가 아닌지 의심한다. 그러나 진짜 범인은 타누마가 아닌, 타누마의 아버지로 최근 야츠하라 신사로 이사 온 스님이었다. 스님은 요괴의 기척을 느낄 수 있는 기가 예민한 아들을 위해 단순히 정화를 하고 다녔을 뿐이었지만, 오랜 기간의 수행을 통해 본인도 모르는 사이에 요괴를 퇴치할 정도의 능력을 갖게 된 것이었다. 오해를 풀게 된 나츠메는 자신과 어딘가 닮은 타누마에게 동질감을 느끼고, 친구가 된다.

학급반장인 사사다는 오래된 학교건물의 허물기 전에 마지막으로 담력 테스트를 주최하고, 나츠메는 친구들의 강요에 못 이겨 반강제적으로 이에 참가하게 된다. 그리고 한때 인간을 좋아했던 복신이 욕심 많은 인간에게 붙잡혀와 무서운 요괴 시그레가 되었는데 그 장소가 바로 그 건물이 있던 자리였다는 이야기를 듣는다. 시그레의 이야기를 해준 사사다는 나츠메에게 요괴를 볼 수 있냐는 질문을 하며, 사실은 자신이 그곳에서 신세를 졌던 시그레를 만나고 싶다며 도움을 요청한다. 건물을 허물고 나면 다시는 시그레에게 고마움을 표시할 기회가 없기 때문이다. 한편 담력테스트를 시작하고 얼마 뒤, 반 친구들이 하나둘씩 모습을 감추는데, 나츠메는 인간에게 복수하려는 시그레의 짓임을 알게 된다. 다급히 시그레를 찾은 나츠메는 마음 한 구석에 인간에 대한 애틋함이 남아있는 시그레의 기억을 일깨워주고, 사사다도 마지막의 순간 시그레와 재회한다.

레이코의 유품 속에서 전차표를 발견한 나츠메. 그 표에 씌어진 역에 가보니, 그곳에는 지금껏 레이코를 기다리고 있는 털북숭이 요괴가 있었다. 나츠메는 레이코와 이곳에서 만나기로 약속했다는 요괴 ‘산토’에게 이름을 돌려주고, 자신에게 흘러들어온 기억을 통해 레이코가 산토를 도와주려고 했다는 사실을 알게 된다. 산토는 키리가누마에서 자신에게 화가 난 친구와 화해를 하고 다시 함께 사이좋게 지내기를 바랐는데, 레이코가 도와주기로 했던 것이다. 나츠메는 할머니가 못다 한 일을 하기 위해, 산토와 함께 약속의 장소인 키리가누마로 향한다. 그리고 드디어 호수에서 미쿠리라는 요괴를 만난 산토는 미쿠리와 화해를 하고 사이좋게 산으로 향한다.

낚시를 하려고 친구들과 함께 댐이 있는 호수를 찾은 나츠메는 수몰되어 폐허가 된 후타바 마을을 보게 된다. 그리고 돌아오는 길에 뭔가의 충격으로 의식을 잃는다. 후타바 마을을 나온 요괴가 나츠메에게 달라붙었던 것이다. 이 요괴는 가뭄으로 잠시 지상에 올라온 마을이 다시 물밑바닥으로 가라앉기 전에 멀리서나마 만나고 싶은 인간이 있다며 도움을 요청했다. 원래 제비였던 요괴는 자신에게 따뜻한 손길을 내밀어준 인간을 잊지 못하고, 단 한번이라도 그를 만나보고 싶었던 것이다. 나츠메의 도움으로 수소문 끝에 은인을 만나게 된 제비. 그러나 상대방은 제비의 모습도 보지 못하고 아무 얘기도 듣지 못한다. 어쩐지 안타까운 마음이 들었던 나츠메는 제비를 돕기 위해 요괴 축제에 참가해 위험천만한 게임에 도전한다. 그리고 야옹선생의 도움으로 우승을 하여 하루 동안 인간이 될 수 있는 유카타를 얻어 제비에게 선물하고, 인간의 모습으로 둔갑한 제비는 은인을 만나러 마을축제로 향한다.

학교에서 공부합숙을 떠난 나츠메는 숲 속에서 다른 요괴들에게 괴롭힘을 당하고 있는 꼬마 여우요괴를 도와준다. 엄마를 잃고 혼자 지내던 꼬마여우는 처음에는 겁을 먹고 도망쳤지만, 곧 자신을 도와준 나츠메에게 호감을 갖게 된다. 그리고 나츠메가 우인장을 갖고 있다는 사실을 알고, 자신의 이름을 우인장에 적어 부하로 삼아달라고 조른다. 그러나 꼬마여우가 정을 붙이게 될 것을 걱정한 나츠메는 꼬마 여우를 달래고, 합숙을 마치고 집으로 돌아온다. 얼마 뒤 나츠메가 보고 싶어진 꼬마여우는 배불리 먹을 물고기를 잡아다 달라는 어느 요괴의 부탁을 들어주고, 인간으로 둔갑할 수 있는 약을 받는다. 자신이 살고 있는 산을 떠나 씩씩하게 길을 나선 꼬마여우는 드디어 나츠메를 만나게 된다.

어느 늪에 반딧불이를 구경하러 온 나츠메와 야옹선생. 나츠메는 그곳에서 늪을 하염없이 바라보고 있는 한 남자와 그의 곁에 있는 요괴를 보게 된다. 나츠메를 쫓아온 요괴는 그 남자가 오래전 요괴를 볼 수 있는 인간이었는데, 어느 날 갑자기 요괴를 보지 못하게 되었다고 말한다. 그리고 매일 늪을 찾던 남자에게서도 사랑에 빠진 반디 요괴를 갑자기 볼 수 없게 되고 오랜 세월동안 그녀를 잊지 못해 괴로워했다는 사연을 듣는다. 남자는 긴 방황 끝에 사랑하는 여자를 만나 결혼을 하게 되었다며, 마지막으로 늪을 찾아왔다고 이야기했다. 반디 요괴는 남자를 떠나보내기 전에 단 한번이라도 그를 만져보고 싶어, 다시는 요괴의 모습으로 되돌아올 수 없음에도 반딧불이로 돌아가 그에게 마지막 빛을 전한다.

어느 날 갑자기 나츠메 앞에 나타난 ‘나토리’라는 남자. 그는 인기 배우인 동시에, 은밀하게 요괴를 퇴치하러 다니는 퇴치인이었다. 나토리는 나츠메도 요괴를 볼 수 있으며 강력한 요력을 가졌다는 것을 알고, 나츠메에게 자신의 일을 돕지 않겠냐고 제안을 한다. 그러나 나츠메는 나토리에게서 요괴를 증오하는 마음을 엿보고 제안을 거절한다. 한편 나토리가 의뢰를 받고 퇴치하려 했던 요괴는 어린 시절의 나토리가 우연히 도와준 적이 있었던 요괴 히이라기였다. 히이라기는 인간들에게 붙잡혀와 곳간을 지키라고 명령을 받았는데 유일하게 자신에게 상냥하게 대해준 나토리를 잊지 않고 그를 위해서라면 기꺼이 퇴치를 당하겠다고 마음을 먹는다. 그리고 마지막 순간, 히이라기의 저주를 풀어준 나토리는 어린시절의 기억을 떠올리고 히이라기는 자진하여 나토리의 수하 요괴가 되기로 한다.

갑자기 나타나 나츠메의 육체를 요구하는 우산을 든 요괴 아카가네. 아카가네는 온몸이 가루가 되어 무너져 내리는 병에 걸린 ‘아사기’를 위해 나츠메의 몸을 빌려달라고 고집을 부렸다. 아사기는 이소즈키 숲에서 미부 님을 위해 비파를 연주하는 미모의 악사였는데, 무서운 병에 걸리자 우산 하인이었던 아카가네와 숲을 떠나 떠돌아다닌 것이다. 그러다가 아카가네가 아사기의 목숨이 얼마 남지 않았음을 알고 나츠메의 몸을 빌려, 마지막으로 다시 한번 미부 앞에서 연주를 하게 해주려고 했던 것이다. 그리고 아카가네는 미처 나츠메가 허락도 하기 전에 아사기의 영혼을 나츠메에게 넣어버리고, 결국 나츠메도 이 둘을 돕기로 한다. 나츠메와 아카가네는 비파를 만들기 위해 숲을 다니며 재료를 구해 우여곡절 끝에 비파를 완성하고, 아사기는 미부 님이 아닌, 자신을 돌봐준 아카가네를 위한 비파연주를 시작한다.

나츠메와 싸우고 집을 나가버린 야옹선생. 한잔 하러 찾은 숲에서는 중급요괴들이 야옹선생에 대한 불만을 토로하고 있었다. 한바탕 행패를 부려 요괴들을 혼내준 야옹선생은 이번에는 여고생으로 둔갑하여 나츠메의 친구인 니시무라와 기타모토를 끌어들여 패밀리레스토랑과 게임센터를 전전한다. 한편 나츠메는 야옹선생의 빈자리를 느끼고, 야옹선생을 찾아 나서고, 어느새 소문이 돌았는지 야옹선생이 없는 틈을 노려 우인장을 빼앗으려는 요괴가 나츠메에게 접근한다. 그러나 야옹선생이 이를 놓치지 않고 요괴를 쫓아내고 나츠메가 기다리고 있는 집으로 돌아온다.

어느 날, 개구리 한 마리를 쫓아 숲으로 발을 들인 나츠메는 그곳에서 다른 요괴를 잡아먹는 악귀를 본다. 나츠메는 필사적으로 도망을 쳤지만 악귀에게 붙잡혔던 팔에 통증을 느낀다. 그리고 어찌된 일인지 그 자리에 멍이 생기더니 점점 커지는 것이었다. 그것은 닷새 인장이라는 표시로 닷새 후에 악귀에게 잡아먹히게 된다는 저주였다. 게다가 닷새를 기다리기에 조바심이 난 악귀는 그림자 요괴를 보내 나츠메를 쫓게 만들고, 점점 힘이 세진 그림자 요괴는 집 안으로까지 들어와 나츠메를 압박했다. 요괴가 집안까지 들어오자 자신을 돌봐주는 후지와라 부부에게 피해가 갈 것을 우려한 나츠메는 급기야 집을 나와 숲에서 노숙을 하며 닷새 동안 악귀를 피하기로 결심한다. 그리고 레이코와 인연이 있었던 요괴 히노에의 도움으로 악귀에게 잡아먹히는 위기의 순간을 모면하게 된 나츠메는 무사히 닷새인장의 저주로부터 풀려나게 된다.

우연히 타누마와 부딪힌 야옹선생. 요괴를 보지는 못해도 기척을 느끼는 타누마는 말을 하는 야옹선생을 보고 놀라고, 뒤늦게 나타난 나츠메가 자초지종을 설명한다. 그리고 셋은 가을축제가 열리는 마을로 향하게 되고, 축제 소식을 들은 꼬마여우도 나츠메를 만나기 위해 가을축제가 열리는 마을로 찾아온다. 한편 히이라기와 함께 마을에 들른 나토리는 위기에 빠진 꼬마여우를 구하고, 히이라기가 남아서 소중한 주머니를 잃어버린 꼬마여우를 도와준다. 어렵사리 꼬마여우와 재회한 나츠메는 타누마, 야옹선생과 함께 불꽃놀이를 구경하며 깊어가는 축제의 밤을 즐긴다.

어려서부터 요괴가 보였고 그로 인해 주위에서 소외되었던 나츠메 타카시. 타카시는 경호원을 자처하는 요괴 야옹 선생과 함께 할머니 레이코의 유품 “우인장”에 쓰여 있는 요괴들의 이름을 되돌려주면서, 다정한 후지와라 부부와 친구들 사이에서 자신의 자리를 찾아간다. 그러던 어느 날 나츠메는 재앙을 알린다는 요괴 카게쟈완이 뛰어다니는 것을 목격한다. 나츠메는 겨우 손에 넣은 소중한 장소를 지키기 위해 요괴와 얽히지 않겠다 다짐하지만 우연히 만난 노파 요괴를 돕게 된다.

이름을 돌려달라며 나츠메 앞에 나타난 여자 요괴. 환상의 세계 “우키하루”의 주민이라는 그 요괴는 고향에 돌아가기 위해 오라버니를 찾고 있다고 말한다. 한편 야옹 선생은 이전 야츠하라에서 독기를 뿜고 다니던 요괴가 부활했다는 소문을 듣는다. 레이코에게 져서 긴 잠에 빠져들었다는 그 요괴 또한 “우키하루”의 주민이었다. 그때 아버지가 부재 중인 타누마의 집에 요괴가 나타난다.

니시무라, 키타모토와 하교하던 중 만난 옛 동급생 시바타. 그는 요괴가 보이는 나츠메의 비밀을 발설할 것처럼 나츠메를 위협한다. 시바타에게 이끌려 옆 마을 공원에 간 나츠메는 그곳에서 무라사키라는 여고생을 만난다. 그 여고생에게 마음이 있던 시바타는 나츠메에게 그녀가 인간인지 아닌지 묻고 싶었던 것이었다. 바보 같다며 웃어넘긴 나츠메였지만 그날 밤 무라사키가 요괴로 나오는 꿈을 꾸는데….

중간고사도 끝나고 친구들과 함께 외곽에 있는 미술관에 놀러 가기로 한 나츠메. 전철에서 바라본 풍경이 왠지 낯이 익다 했더니, 친척집을 전전하던 어린 시절에 잠시 거쳐갔던 곳이었다. 갑자기 어린 시절의 기억을 떠올린 나츠메는 추억의 장소에 가보기로 마음 먹는다.

탸누마와 함께 타키의 집 창고 정리를 돕게 된 나츠메. 창고에는 요괴를 연구하던 타키 할아버지의 물건들이 쌓여있었다. 나츠메는 그 중 액막이 기모노가 한 벌 사라졌다는 걸 눈치채지만 친구들에게 말하지 못한다. 그때 타키의 할아버지를 알던 요괴들이 나타나, 그 기모노가 낡은 인형 요괴이며 봉인될 때 흩어진 팔다리를 찾고 있다고 알려준다.

사당에서 피를 흘리며 쓰러져 있는 요괴들을 목격한 나츠메. 기모노를 입은 자에게 습격을 당하지만, 날개 요괴의 도움으로 무사히 탈출한다. 상대는 요괴의 피를 빼았는 엽기적인 적. 도와달라는 요괴의 말에 동요하던 나츠메도 범인이 인간일지 모른다는 말에 더 이상 모른 척하지 못 하는데….

요괴의 피를 빼앗아가는 사람과 그를 막으려는 나츠메. 어느 날 퇴치사인 마토바를 만나게 된다. 나토리의 일을 도와줄 겸 사건을 조사하던 나츠메는 마토바에게 잡혀 가게 되고 그곳에서 요괴의 피는 다른 거물 요괴의 봉인을 풀기 위해 사용된다는 것을 알게 된다. 나츠메는 거물 요괴를 찾아나서는데….

자신을 거두어준 시게루 아저씨와 같이 도예교실을 가게 된 나츠메. 하지만 마토바의 화살에 맞아 상처를 입은 야옹 선생이 걱정이 된다. 그때 나타난 히에이에게서 여행지에 요괴의 상처에 잘 듣는, 롱초라는 풀이 있다는 이야기를 듣고 야옹 선생도 같이 데리고 가기로 한다. 한편, 나츠메가 가기로 한 도예교실은 강해져서 나츠메를 도와주고 싶다고 생각하는 꼬마 여우가 살고 있는 곳이었다.

가방 안에서 굴러 나온 작은 돌멩이가 소리를 내자 히에이가 창 밖으로 차버렸지만 나츠메는 불길한 예감에 사로잡힌다. 한편 나츠메가 다니는 학교는 학교 축제 준비를 시작하고 이에 나츠메도 친구들과 같이 바쁜 나날을 보낸다. 그러던 중 한 여학생이 나츠메에게 그 돌을 전해주는데….

숲의 나무 위를 살펴보던 나츠메의 눈에 빛나는 뭔가가 들어간다. 순간 누군가가 다가오는 듯한 기척과 함께 돌풍이 불지만, 곁에 있던 타누마가 나츠메를 감싼다. 그 후 타누마는 감기에 걸렸다며 나츠메를 피해 다니고, 학교에서 흙을 파는 등 수상한 행동을 보인다. 그리고 타누마를 쫓던 나츠메의 눈이 아프기 시작한다.

요괴에 씌인 타누마. 요괴는 친구를 위해 거울 조각을 찾고 있으며, 그걸 다 모을 때까지 나가지 않겠다고 말한다. 어쩔 수 없이 거울 찾기를 돕게 된 나츠메는 타누마가 걱정되어 그의 집에 묵는다. 그날 밤 꿈속에 나온 요괴의 친구라는 자는 병을 앓고 있는 듯했다. 나츠메는 타누마에게 요괴를 보여주고 위험한 일을 시켰다며 요괴에게 화를 내지만, 요괴는 타누마가 원한 일이라며 자신과 친구의 일을 이야기해준다.

나츠메 앞에 나타난 또 하나의 요괴. 그의 목적은 이름의 반환이 아니라, 나츠메이다. 요괴는 나츠메가 후지와라 부부의 집에 오기 전에 만난 적이 있었고, 나츠메의 외로움과 슬픔을 마음에 들어하며, 자신이 나츠메 옆에 있겠다고 했었다. 하지만 나츠메는 후지와라 부부의 집으로 가길 원하는데….

기말시험이 끝나고 나츠메와 친구들은 놀러 갈 계획을 짜느라 정신이 없다. 그러던 중 어릴 때 했던 놀이에 대한 이야기가 나오고, 나츠메는 늘 구경만 했던 그림자 밟기라는 놀이를 생각해낸다. 한편 집에 돌아간 나츠메를 기다리고 있는 건 술 맛이 좋아지는 날이라며 파티를 하자는 요괴들. 요괴들은 나츠메에게 인간들의 놀이를 하자고 하는데….

나츠메는 어렸을 때부터 요괴를 보는 탓에 여러 가지 사건에 휘말리게 된다 어느 날, 원숭이 가면을 쓴 요괴들이 나츠메를 어떤 숲으로 끌고 가게 되고 야옹선생은 그를 구해준다. 하지만 그들 앞에 나타난 건 퇴치사 마토바. 마토바 식신에게 사로잡힌 나츠메는 도망치려고 하지만 우인장이 든 가방이 없다 가방을 찾아 별장 안을 뒤지는데....

마토바에게 다시 붙잡힌 나츠메. 마토바의 요구에 따라 대화를 나누는 중 마토바는 나츠메에게 자신의 가문으로 들어오라고 한다 한편 나츠메가 사라진 것을 알게 된 히노에는 미스즈와 같이 나츠메를 찾으러 나서면서 동쪽 숲의 원숭이 가면 요괴들이 왜 우인장을 노리는 지 알게되는데....

야옹 선생과 산책하던 도중 까마귀에게 공격당하는 새끼고양이를 구한 나츠메. 그런데 알고 보니 그것은 털뭉치 요괴였다. 다음날, 이름을 돌려줬던 아마나라는 요괴가 찾아와 나츠메의 방에 반지를 떨어트렸다며 사흘 내로 찾아내지 못하면 집을 불태우겠다고 협박한다. 그러나 온 방을 뒤져도 반지는 나오지 않고, 나츠메는 어젯밤 집에 재운 털뭉치 요괴의 털에 반지가 걸려있을지 모른다고 추측한다.

아주머니의 목소리를 흉내 낸 요괴가 집에 들어오고 말았다. 요비코란 이름의 그 요괴는 나츠메에게 우인장으로 카리카미라는 요괴를 불러달라 청한다. 카리카미는 낡은 종이를 복원하는 힘을 가진 요괴인데 비바람을 맞아 펼칠 수 없게 된 편지를 복원하고 싶다는 것이었다.

나츠메가 중학교 시절 잠시 머물렀던 동네에 사는 유리코. 낙제점을 받을 때마다 신사에 가는 유리코는 그날도 한숨을 쉬며 신사로 가는 계단을 올랐다. 그곳에서 만난 전학생 나츠메. 그는 자신을 보자, 놀란 눈으로 자신을 걷어차고는 어디론가 달려갔다.

친구들과 축제를 보러 간 나츠메. 그곳에서 어떤 요괴를 만나게 된다. 그런 후 집에 돌아 온 나츠메는 갑자기 던져진 유리 병 안에 갇히게 된다 나츠메의 그런 모습을 본 야옹선생은 자신이 나츠메 모습으로 변하여 나츠메를 꺼낼 방법을 찾아 나서는데....

나츠메가 요괴에게 잡혀가자 타누마는 요괴들인 모인 저택으로 몰래 숨어들어간다. 머리를 써 나츠메를 병에서 꺼내 준 순간 요괴들에게 들켜 위기에 처한다. 그 순간 어디선가 나타난 요괴가 그들을 구해주는데, 그 요괴는 요괴가 아니라 퇴치사인 나토리였다 그 후로 그들은 저택에서 빠져나갈 방법을 찾기 시작하는데….

십 년에 한 번 풍작의 신 풍월신과 가뭄의 신 불월신이 승부를 겨루는 축제 월분제. 하지만 승부를 앞두고 풍월신이 퇴치사에게 봉인돼버리는데,불월신의 승리가 될 경우 미스미 산은 메말라버리게 된다. 때문에 나토리는 축제까지 풍월을 찾아달란 의뢰를 받고 미스미 산으로 향한다. 그런데 봉인된 줄만 알았던 풍월신이 나토리 앞에 나타나고, 게다가 가면 아래의 얼굴은 나츠메였는데….

드디어 시작된 월분제. 풍월신의 대역을 맡은 나츠메는 의뢰를 받고 온 나토리와 함께 봉인된 풍월신을 찾아 강가 벼랑으로 향한다. 하지만 풍월신을 찾는다 해도 불월신이 승리하면 산이 메말라버리게 된다. 이번 대결 내용은 항아리에서 나온 짐승을 사냥하는 것. 나츠메는 나토리가 준비한 병에 짐승을 봉인하여 대결에서 승리하지만…

친구들이 놀러와 라무네가 솟아나는 곳이 있다며 그곳을 찾으러 가자고 한다 그러던 중 나츠메에게 걸려온 전화 한 통. 나츠메의 친척이 나츠메가 어렸을 때 살던 아버지 집을 팔겠다며 괜찮으면 집을 한 번 보러가라고 한다. 한편 이젠 봐도 마음이 아프지 않다며 한 장의 사진을 꺼내든 나츠메. 하지만 라무네가 솟아나는 곳을 찾아 가는 도중 사진을 잃어버리는데….

곧 팔리게 될 집을 보기 위해 길을 나선 나츠메와 야옹선생. 집에 가기 전, 열쇠를 받기 위해 어렸을 때 신세를 졌던 집에 들리게 된다 그리고 그곳에는 오래 전 보았던 요괴가 여전히 살고 있다. 그 요괴는 마음의 어두운 부분을 키워 사람의 마음을 집어삼키는데….

요괴에게 씌인 나츠메는 오래 전 기억 속을 헤맨다. 그것은 미요코의 집에 살던 때의 슬프고 괴로운 기억이었다. 어디에도 기댈 곳 없던 나츠메는 부모님 사진을 보는 것까지 참으며 외롭지 않다고 되뇌고 있었다. 하지만 사실은 몇 번이고 불렀던 엄마 아빠... 아무리 불러도 닿지 않는 것이 있다. 그렇게 나츠메는 부모님을 부르는 것을 그만둔 것이었다.

하늘에서 나타난 요괴에게 갑자기 납치당한 나츠메. 나츠메를 레이코로 착각한 그 요괴는 우인장에 이름이 적힌 친구를 불러달라 부탁한다. 한편 나츠메와 떨어진 야옹 선생은 산속 폐가의 우물에서 묘한 기운을 느끼고 들여다보다 발을 헛디뎌 그 속에서 퇴치사 마토바 가문의 나나세와 만난다.

항아리 요괴가 나츠메를 레이코로 착각해 과거 자신에게서 훔친 보물을 돌려달라며 협박을 해온다. 나츠메는 항아리 요괴로부터 자신의 소중한 사람들을 지키기 위해 야옹 선생과 함께 그 보물에 대해 찾아 나선다.

맑은 하늘에 돌연 비가 내리던 날 나츠메 앞에 나타난 한 요괴는 사람을 찾고 있다며 나츠메에게 도움을 요청한다. 하지만 그 요괴가 찾는 인간은 50년도 더 된 사람. 일단 감사의 마음을 전하기 위해 생사를 알 수 없는 그 사람을 찾아 나선다.

나츠메 앞으로 퇴마사 마토바로부터 편지 한 통이 도착한다. 직감적으로 불길함을 느낀 나츠메는 곧바로 야옹 선생을 찾아 나서지만 갑작스러운 비명에 발길을 돌려 숲 속으로 뛰쳐 들어간다.

나츠메는 마토바의 요구에 어쩔 수 없이 회합에 참여하게 된다. 그리고 다른 퇴마사들이 마토바 가에 대해 뒷이야기를 하는 것을 엿듣게 된다. 그 후 인간의 몸에 기생하는 흉면 요괴와 마주치게 되는데…

요괴의 기척을 느끼게 된 타키는 할아버지의 진을 사용해 집에 들어온 요괴를 보게 된다. 진을 통해 처음으로 인간의 눈을 보게 된 요괴는 그만 타키에게 마음을 빼앗겨 버리지만 이루어질 수 없는 인연임을 알고 결국 타키 곁을 떠날 결심을 하게 된다.

나츠메는 토우코 씨의 심부름을 하고 집으로 돌아가던 중 요괴들에게 습격을 받게 된다. 우인장을 노리는 요괴들 때문에 결국 목소리 마저 잃게 된 나츠메는 우인장을 지키기 위해 요괴들과 실랑이를 벌인다. 그러던 중 정체를 알 수 없는 거대 요괴가 나타나 나츠메를 레이코라 부르며 어디론가 데려가는데…

나츠메는 친구들과 함께 타누마네 친척이 운영하는 온천여관으로 향한다. 그곳에서 곧 있을 축제를 기대하며 열심히 여관 일을 도와드리지만, 나츠메와 야옹 선생은 왠지 모르게 여관 손님들 중 무언가가 섞여서 들어온 느낌을 받게 된다.

보이는 자가 사라지자 폐업을 하게 된 나토리 일가는 퇴마사 일에 일제히 손을 떼게 된다. 하지만 나토리 슈이치는 그런 환경 속에서 꿋꿋이 퇴마의 길을 선택하여, 강하고 올바른 퇴마사로 거듭나기 위해 자신만의 길을 나아가기로 마음먹는다.

표고버섯 요괴는 슈온 님이라는 고귀한 존재의 수행 행렬에 함께 하기 위해 화려한 꽃으로 몸을 장식해 보지만, 작고 힘이 약한 이 요괴는 그 행렬에 들어갈 수 없음을 이내 깨닫게 된다. 하지만 이에 굴하지 않고 슈온 님에게 은혜를 갚기 위해 끊임없이 수행 길에 오른다.

시게루는 먼 친척의 장례식장에서 쓸쓸히 홀로 앉아 있는 나츠메를 보게 된다. 하지만 그곳에 모인 친척 모두 나츠메를 꺼린다는 걸 알게 되자, 집으로 돌아와 토우코와 오랜 논의 끝에 나츠메를 데리고 오기로 결심한다. 그 후로 후지와라 부부와 나츠메는 그들이 안고 있었던 빈자리와 외로움을 서로를 통해 채워나가기 시작한다.

중급은 나츠메에게 아름답게 피어났다가 덧없이 져버리는 백무화가 있다며 미츠바다케로 함께 보러 가자고 한다. 마치 인간 나츠메를 닮은 듯한 이 꽃은 요괴들 마음속에서 덧없는 존재임을 알면서도 다시 또 인간 나츠메를 찾게 되는 애틋한 마음을 나타낸다.

토우코 씨가 사다 두었던 손님용 경단을 야옹 선생이 다 먹어버리자 나츠메는 야옹 선생을 데리고 급히 가게로 다시 달려간다. 그러던 중 다리 밑에서 항아리를 뒤집어쓴 요괴를 만나게 되는데, 요괴의 사정이 딱하여 나츠메는 항아리에 낀 요괴를 도와주게 된다. 하지만 그 츠키히구이라는 요괴는 답례를 하겠다며 나츠메에게 젊음을 되돌려 주고 유유히 떠나려는 순간, 나츠메는 모든 기억을 잃고 어린아이가 되어버린다.

어느 날 나츠메는 중급 애들에게 돌을 정화하는 요괴, 이시아라이에 대한 이야기를 듣게 된다. 그리고 다음 날 이시아라이인 나나마키를 만나게 되면서 연락이 끊긴 제자를 찾는 것을 도와주게 된다. 그리고 얼마 있다 어느 요괴로부터 나나마키의 제자, 아즈마가 어느 퇴마사로부터 봉인되었다는 사실을 알게 되어 그곳에 가보는데…

타누마 아버지의 회합 일정으로 빈 절을 지키기로 한 타누마와 나츠메. 하지만 갑작스러운 시바타의 연락으로 셋이 함께 만나게 된다. 그리고 얘기를 나누던 중 나츠메와 타누마는 시바타로부터 '소토기의 인형의 집'이라는 소문을 듣게 된다. 그 소문에 의하면 아무도 살지 않는 집에서 밤마다 무언가가 움직이는 소리가 들린다고 하는데…

우연히 나토리의 종이 인형을 발견한 나츠메는 종이에 적힌 장소로 나가보지만, 나토리가 아닌 한 여성과 마주하게 된다. 그녀는 폐업한 퇴마사인 타쿠마의 여식으로 최근 집에서 일어나는 기이한 일 때문에 나토리에게 상담을 의뢰한 상태였는데…

츠키코가 난잡하게 붙여둔 부적 탓에 타쿠마의 식신 두 마리가 집으로 들어오지 못하게 되자, 그들은 타쿠마가 집을 봉인했을 것이라 생각하고 그를 원망하게 된다. 하지만 더는 요괴를 볼 수 없는 타쿠마는 그들의 자유를 원하게 되면서 해약의 의식을 하기로 결심하게 되는데…

니시무라와 키타모토는 고등학교에 막 진학했을 무렵, 전학생이었던 나츠메를 처음 알게 된다. 그 당시 어딘가 모르게 벽을 두고 있는 나츠메의 행동에 그들은 나츠메를 조금 오해하지만, 이내 여러 가지 사건들로 나츠메의 진심을 알게 되고는 그와 친해진다.

나츠메 집으로 찾아온 고모치라는 요괴. 그는 레이코에게 신세를 졌다며 감사 인사를 하기 위해 레이코를 찾아오지만, 레이코는 이미 죽고 없다는 말을 듣고 고모치는 상심한다. 그리고 나츠메는 그로부터 나나후사 숲에서 벌어진 이야기를 듣게 되는데...

하굣길에 참고서를 사기 위해 옆 마을까지 왔다가 아오이라는 한 고등학교 남자애를 만나게 된 나츠메. 그는 나츠메에게 편지의 주인을 찾고 있다며 자신을 학교까지 데려다 달라고 하지만, 그 편지는 다름 아닌 전에 만나던 여자아이로부터 온 결혼식 청첩장이었다.

학교 행사로 2박 3일간 산속에서 스터디 합숙을 하게 된 나츠메와 친구들. 나츠메는 신사 주변을 청소하던 도중 네 개의 가면에 대해 얽힌 이야기를 듣게 된다. 그리고 다음 날 한 여인이 강가에 머리를 박은 채 나룻배를 타고 내려오는데...

요괴와 주술에 관한 연구를 해왔던 하코자키가 죽자 그의 연구자료를 손에 넣기 위해 퇴마사들은 하코자키 저택에 모이게 된다. 그리고 나토리와 나츠메 역시 이 일에 참여하게 된다. 한편 나츠메는 우인장을 노리는 요괴 때문에 곤경에 처하게 되면서 본의 아니게 그 존재를 나토리가 알아버리게 되는데…

하코자키의 식신과 마주하게 된 나츠메는 그로부터 주인과 행복했던 나날들에 대한 이야기를 듣게 된다. 그리고 저택 탐색이 끝나고 집으로 돌아오는 길에 나츠메는 할머니, 레이코도 소중한 자들과 함께 행복한 나날을 보냈을 거라고 추측하며 야옹 선생과 후지와라 부부가 기다리는 집으로 돌아간다.