요괴의 기척을 느끼게 된 타키는 할아버지의 진을 사용해 집에 들어온 요괴를 보게 된다. 진을 통해 처음으로 인간의 눈을 보게 된 요괴는 그만 타키에게 마음을 빼앗겨 버리지만 이루어질 수 없는 인연임을 알고 결국 타키 곁을 떠날 결심을 하게 된다.

보이는 자가 사라지자 폐업을 하게 된 나토리 일가는 퇴마사 일에 일제히 손을 떼게 된다. 하지만 나토리 슈이치는 그런 환경 속에서 꿋꿋이 퇴마의 길을 선택하여, 강하고 올바른 퇴마사로 거듭나기 위해 자신만의 길을 나아가기로 마음먹는다.

우연히 나토리의 종이 인형을 발견한 나츠메는 종이에 적힌 장소로 나가보지만, 나토리가 아닌 한 여성과 마주하게 된다. 그녀는 폐업한 퇴마사인 타쿠마의 여식으로 최근 집에서 일어나는 기이한 일 때문에 나토리에게 상담을 의뢰한 상태였는데…

츠키코가 난잡하게 붙여둔 부적 탓에 타쿠마의 식신 두 마리가 집으로 들어오지 못하게 되자, 그들은 타쿠마가 집을 봉인했을 것이라 생각하고 그를 원망하게 된다. 하지만 더는 요괴를 볼 수 없는 타쿠마는 그들의 자유를 원하게 되면서 해약의 의식을 하기로 결심하게 되는데…