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一次任務結束後，零正駕駛雪風返回。途中遭遇一架酷似 Super Sylph 的未知戰機，由於雪風判斷其為 JAM（迦姆），零將其擊落。因為爆炸距離太近，零被彈片擊傷，後座的武器操作官跳傘後失蹤。修養結束後，零返回了部隊。傑克為零的復出開了一個小型派對，在酒醉的酣夢中，零看到一個長翅膀的女妖被鎖在牢房裡，而鑰匙就在他手中。其後的另一次任務中，零又遇到那架神秘的戰機。追擊中雪風的系統不但被入侵，更遭到 JAM（迦姆）超級對空飛彈的攻擊，但最終在雪風的保護下零奇蹟般地躲過了死亡。為了彌補高昂的人員損失，SAF（特殊戰）準備採用無人機代替現有戰機，首先是雪風，但遭到零的反對。在和傑克的一番爭吵後，零不快離去。為查明事件真相，零與搭檔再次前往調查，不料中途與基地失去聯繫。傑克冒著上軍事法庭的危險帶同 FRX-99 一同前去搜索，但一無所獲。原來雪風被不明機擊傷，零駕機迫降在沙漠中並昏了過去。他醒後被告知正在一座前線基地，一個神秘軍人以修好雪風為藉口向零套取系統密碼。零在得到雪風的警告後立刻反抗，並駕駛傷痕累累的雪風逃離了 JAM（迦姆）製造的數據空間。不料零又遭到神秘戰機的追殺，雪風被擊落。就在零絕望之時，雪風控制 FRX-99 前來相救，並把轉所有數據轉移到 FRX 上。在將零彈射出去後，FRX 將雪風擊毀。面對這一幕，零癱倒在沙漠中。

雪風有了新機體 FFR－41 Mave 「風之女王」，而零仍然坐在輪椅上神志不清。在一次無人駕駛的試飛中，雪風的控制系統神秘失控，並將己方基地上的戰機全部擊毀，在那一剎那，零恢復了神志。無奈下 SAF（特殊戰）決定仍由零駕駛雪風，並與 TX-1 進行協同作戰訓練。正當訓練結束正準備返航時，編隊突然遭到 JAM（迦姆）的偷襲，為掩護指揮機撤離，沒有武裝的零隻能徒手同 JAM（迦姆）周旋。禍不單行，雪風的發動機竟突然熄火，形勢立刻變得緊張起來。就在此時，雪風控制 TX-1 前來相救，並撞毀一架 JAM（迦姆）。這邊雪風仍在下墜，身後有還 2 架 JAM（迦姆）追擊。就在觸地前的瞬間，零幫助雪風成功地重啟了發動機並將機身拉起，而 JAM（迦姆）則墜地爆炸。雪風安全返航。

FAF 宇宙防衛軍團所屬的巨型核動力空母「Banshee（女妖）」IV 號機遭到JAM（迦姆）侵染後失控，將所有返航的己方戰機擊落，並向基地襲來。SAF（特殊戰）命令零駕駛雪風將程式設計師湯姆上尉送上 Banshee，試圖奪回這個龐然大物。降落到 Banshee 後，兩人隨即展開行動。隨著調查的深入，零遇到了一系列怪事，更驚恐地發現，JAM（迦姆）竟在複製艦上的人員！陰謀初露端倪，JAM（迦姆）正在利用複製人逐步滲透瓦解 FAF，直到有一天徹底從內部顛覆人類！了解到相關情況的 FAF 決定擊毀 Banshee IV，零和湯姆被要求立即撤離。將零送上雪風後，湯姆坦言自己正是一個 JAM（迦姆）的複製人並從容赴死，留下萬分驚愕的零獨自駕機返航。湯姆死前喃喃自語，「我…是個人類吧。」降落後，零蜷縮在坐艙裡開始深思。

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雪風換裝了新型的衝壓發動機，傑克獲命隨同零前往南極上空進行超音速測試。在穿越「通路」時，3 架 JAM（迦姆）悄悄尾隨而來。「通路」的地球一側此時由日本「海軍」負責守衛，大型核動力航母 CVN56 擔任旗艦。在與突然出現的 JAM（迦姆）交火中日軍損失慘重，升空的戰機幾被全殲，另有一艘驅逐艦被重創。殘存的一架 JAM（迦姆）突破防線向日航母疾衝過去，幸好雪風及時趕到，在幾乎撞到航母時將其擊落。由於燃料耗盡，雪風被獲準在航母上降落加油。在航母上零邂逅了隨軍嵌入採訪的作家傑克森女士。加油完畢後，雪風一路順風地返回了 FAIRY（菲雅利）。剛穿過「通路」，機上的 IFF（敵我識別裝置）突然響起警報，雪風轉入自動駕駛。那架熟悉的不明機慢慢靠了過來，而它上面的駕駛員竟和零一模一樣。

原來 JAM（迦姆）一直以來的目標是要得到雪風和它上面的零。雪風發射飛彈後卻控制其向自己襲來，似乎以此要脅 JAM（迦姆）。後者暫時罷手，飛彈在命中前一瞬和不明機同時消失。零僥倖躲過了一劫，殊不知空前的危機正悄悄逼近。當初 FAF 為扭轉戰局，曾命系統裝備部的倫巴特上校將各部隊的富餘人員以「再教育」的名義召集起來，組成一支特殊部隊，從地面上直接攻擊 JAM（迦姆）的基地。不料倫巴特手下所有隊員竟都是 JAM（迦姆）的複製人，他們隨即發生叛亂。裝備精良的叛軍快速佔領了地下空洞，並大肆屠殺非戰鬥人員，保安部隊根本無力抵擋叛軍的猛攻，偌大的基地化為一片火海。FAF 陷入了前所未有的混亂，司令部連同倖存人員被緊急轉移到空母 Banshee III 號上。自動駕駛的雪風隨後出擊，對叛軍瘋狂掃射後用雲爆彈將地下城夷為平地（實際上是 FAF 的計謀，陣亡的非戰鬥人員皆為雪風用數據模擬，以此為大撤退爭取時間。倫巴特為 JAM 複製人）。失去基地的 FAF 傾其所有同 JAM 作最後一搏，計劃在撤退到地球時用戰術核彈將「通路」徹底摧毀。JAM 終於露出猙獰面目，整個 FAIRY（菲雅利）星球都是敵人設下的陷阱。人類被玩弄了 33 年，遊戲結束了，成千上萬的 JAM 如火山爆發般從四面八方湧出，直接向 FAF 的機群撞去。敵人還首次動用了電子支援機，在強烈幹擾下 FAF 的無人機系統失效，成批的無人戰機被瞬間秒殺，場面極為慘烈。面對絕對優勢的敵人，人類作著毫無指望的掙扎。形勢異常危急，零帶著傑克「一定要回來」的囑託率領三架搭載先進雷射武器的無人機毅然殺向敵陣，引開了 JAM 的主力。FAF的殘部籍此終於逃回地球，而零，如悲風騎士般被淹沒在 JAM 的汪洋中。傑克來到美國做了一個默默無聞的平民。對他來說，零永遠活在心裡。