Haruto Kirishima vivió una vida tranquila en el campo, lejos de la vida acelerada de la ciudad. Entonces Yuzuki Eba apareció en su vida de la nada, habiendo venido de Tokio para vivir brevemente con su familia. El tiempo que pasaron juntos lo dejó enamorado de los recuerdos de ese corto período antes de que ella desapareciera de su vida con la misma rapidez y lo dejó lleno de preguntas. Kimi no Iru Machi comienza algún tiempo después, después de que Haruto se mude a Tokio para vivir con su hermana, para seguir una carrera como cocinero. En realidad aunque desea estar con Yuzuki. Aunque las cosas no empiezan bien. Cuando llega, lo confunden con un ladrón y lo ataca el vecino de su hermana, Mishima Asuka. Una vez que se ha aclarado el malentendido, sus sentimientos comienzan a vacilar. ¿Es Eba, quien sigue evitándolo por aparentemente sin razón, la única para él o es Asuka?