在人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类，而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”。某天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。

樱花对杂鱼小队心怀不满，学院长称其中有噬魔圣物的候选人。而另一边，“大魔女之女” 二阶堂真理与“幻想教团”的干部之一凶煞会面，并将魔法遗产的碎片交给了他，幻想教团的目的是消除世人对魔女的歧视与偏见，而他们的敌人正是异端审问会。凶煞召唤食尸鬼袭击对魔导学园，樱花和哮陷入苦战……

拉碧丝是唯一的刀剑型噬魔圣物，只有哮能够驾驭她。由于拉碧丝喜欢保持人形，学院长将她编入哮的班级，并让35小队负责保护成为异端审问官的魔女二阶堂真理。对魔女怀有憎恶之情的樱花和真理大吵起来，两人处处较劲互不相让。而另一边，凶煞准备以救出真理的名义对学园进行攻击。

对魔导学园淘汰赛开始，35小队与15小队进行对战。樱花将有关真理的真相告诉哮，真理出于某种原因协助幻想教团，成了杀人犯，尽管如此哮还是坚持保护真理。15小队的队员突然发生异变，凶煞从其体内钻出，并声称要带走真理。凶煞展开结界，哮和真理等人大战死灵术师。

对魔导学园恢复了被长期废止的魔女狩猎祭，一听到这次魔女狩猎祭能够赚钱，哮立马精神百倍，决定全力出击。23小队向35小队提出同盟请求，哮欣然答应。兔被母亲命令结束学业回家结婚，就在她烦恼时，遇到了执行委员长天明路礼真。礼真是兔的青梅竹马，但兔似乎特别惧怕礼真……

哮下决心要拯救兔，这让兔有了反抗礼真的勇气。在礼真的指挥下，学园进行狩猎祭的装饰，樱花从半空发现这些所谓的装饰其实是大型精神控制类的魔法阵。樱花孤身犯险，却恰巧误入敌人的圈套，被梅菲斯特控制。梅菲斯特的目标是抢走被保管在学园中的她自己的肉身，为了救出樱花和兔，哮只身对敌。

斑鸠被学园长传唤，询问有关亚人结晶的事。Alchemist公司正在计划利用亚人结晶制造兵器，斑鸠之前为Alchemist公司工作，是Alchemist的人造天才，但她对此事却闭口不谈。任务成绩公布，杂鱼小队依旧是吊车尾，就在大家商议如何提高分数时，斑鸠却意外提出自己要请假一段时间……

在酒店，斑鸠和哮孤男寡女同处一室。一番告白后，斑鸠用药物麻醉了哮，自己则孤身一人与妹妹伊砂交易。随后，遭到绑架的樱花、兔、真理三人被释放，斑鸠身处险境，在兔的真情流露下，樱花等人决定去救斑鸠。而另一边，恢复神智的哮装备上噬魔圣物，也前往Alchemist公司救人。

斑鸠找到了新的任务，有顾客要在今晚进行非法的魔导遗产交易，杂鱼小队潜入犯罪现场。没想到这次的交易地点竟是夜店，真理、兔和樱花三人假扮夜店小妹，哮则假扮酒保。拘谨的樱花被人吃了豆腐，一怒之下她开枪射击，幸好大家还是趁乱完成了任务。收缴的魔导遗产只是魔力低下的指环而已，而这个指环似乎大有用处……

哮去看望被囚禁的妹妹树夕，然而两人没说上几句话探视时间就结束了。杂鱼小队的任务顺利完成，哮略显疲惫。理事长来到关押树夕的监狱，树夕天生就拥有不确定古代属性“鬼”的异质力量，就算被杀害也能无限复活。与哥哥会面之后，树夕的力量全面暴走，她追随着哮的心跳声而来……

树夕向哥哥提出杀死自己的请求，哮称愿意守护树夕直到极限来临之际。幻想教团下达了新的命令，要残烛抓住要人草薙树夕。就在树夕和哮兄妹俩逛街时，对魔导学园的京夜以“狩猎魔女”的名义对他们展开攻击。就在二人准备大战一场时，理事长带人找到树夕，并称要将树夕转移到别的地方。

凶煞为了夺走树夕而来，一出手就重伤了哮，哥控树夕见此立马大暴走，整个城市都跟着遭殃。理事长与Alchemist董事长暗地联合，他们也是造成如此局面的元凶。凶煞将哮视为“百鬼夜行”的饲料，樱花为了夺回哮与凶煞决斗。哮在潜意识中与拉碧丝缔结契约，舍弃灵魂获得了弑神的力量。