외진 깊은 숲, 맹렬한 비바람이 휘몰아치는 속을 달리고 있는 금발의 소녀. 그런 그녀를 쫓는 자들, 그리고 그녀에게 손을 내미는 자들. 여러가지 기대가 격렬하게 교착하는 가운데, 「사나」라고 하는 이름의 그 소녀는, 태어나 처음으로 바깥 세계로 뛰쳐나간다. 그렇게 사나가 당도한 것은, 많은 사람들이 왕래하는 도쿄의 번화가·신쥬쿠 가부키쵸. 그 일각에 있는 편의점에서 카시무라 조로쿠라는 그림에 그린 듯한 "고집 영감"과 그녀가 만나게 되는데...

갈 곳이 없는 사나를 우선 자택으로 인수하기로 한 조로쿠. 어제의 소동이 어디에도 보도되지 않은 것을 확인하자 그는 친분이 있는 남자에게 연락을 취한다. 한편, 그 무렵, 눈을 뜬 사나의 앞에 나타난 것은, 조로쿠의 손녀인 사나에. 그녀는 일을 하러 나간 조로쿠를 대신해, 사나의 보살핌을 부탁받고 있었다.처음에는 사나에에게 경계심을 가지고 있던 사나였지만, 점차 마음을 열게 된다. 그리고 그녀는, 연구소에서의 생활을 되돌아 본게 되는데...

「앨리스의 꿈」을 사용해 돌연, 모습을 나타낸 사나와 사나에에 카시무라 이쿠카는 큰 소동을 피웠다. 일단 소동은 진정되었지만 앨리스의 꿈을 사용하지 않겠다는 약속을 깬 사나를 조로쿠는 호되게 꾸짖는다. 거기서 중재에 들어간 것은, 조로쿠의 옛부터의 안면이 있는 나이토. 그는 조로쿠에게 어떤 제안을 한다. 한편, 사나의 행방을 쫓아, 연구소 관계자들은 착실하게 포위망을 좁혀 나가게 되는데...

한순간의 틈을 타서 사나가 미니C등에 납치되어 버렸다.사무실에 남겨진 조로쿠는 나이토에게, 사나의 정체가 도대체 누구인지, 엄한 어조로 추궁한다. 한편 그 무렵, 미니 C가 조종하는 거대한 「팔」에 의해서, 꼼짝할 수 없는 상태에 빠진 사나. 그녀에게 미니C는 이렇게 묻는 것이었다.「당신은 자신을 인간이라고 생각하고 있습니까?」라고... 모든 것이 절망적으로 보였던 그 때, 사나의 강한 생각이 생각지도 못한 전개를 가져오게 되는데...

컨테이너선에 실린, 사나와 조로쿠의 구조에 달려간 것은, 내각 정보 조사실에 소속된 이치죠 레이와 야마다 노리코였다.이들과 함께 탈출을 노리는 사나의 앞을 다시 미니C가 가로막는다. 투명하고 자유자재로 움직이는 「팔」로 덮친 미니 C, 야마다와 연계하여 여러 능력을 사용해서 막는 이치죠.「앨리스의 꿈」끼리의 격렬한 싸움이 계속 되는 한편, 사나는 어떤 생각을 조로쿠에게 전하게 되는데...

계절은 흐르고 이미 겨울크라이스&클라크 재팬의 연구소의 한 건도 어떻게든 무사히 종결해, 조로쿠의 집에도 평온한 일상이 돌아왔다. 카시무라 가문의 일원으로서 완전히 친숙한 모습의 사묘. 사나에를 학교에 내보낸 후는, 조로쿠와 함께 가시무라 생화로 향해, 때로는 일을 돕기에 땀을 흘린다…….아직 체력적으로는 문제를 안고 있지만, 사나는 "바깥"의 세계에 적응하기 시작하고 있었다. 그러던 어느날, 사나는 너무 긴 머리를 자르러 나가지만...

어디에나 있을 것 같은 극히 평범한 초등학생 여자아이, 시키시마 하토리. 그는 어느 날 앨리스의 꿈의 힘을 발현시켰다. 자신의 진학으로 사이가 틀어지게 된 부모님의 모습에 마음 아파하며 하나님께 [착하고 단짝인 아빠와 엄마에게 돌아가세요]라고 비는 하토리. 그 기도는 뜻하지 않은 형태로 성취되는 것이었다. 한편, 언제나처럼 카시무라 이쿠카에서 돕는 사묘. 그녀는 아사히와 요나가 사무소를 찾아 오는 것만을 손꼽아 기다리고 있었지만...

하토리들과 조우한 뒤 쓰러져버린 사묘. 아사히와 요나가의 도움을 받은 그녀는 조로쿠의 집으로 옮겨진다. 오랜만에 만나 즐거운 한때를 보내는 일동. 그러나 사나는, 조로쿠를 혼내준 하토리를 혼내기 위해, 어떤 작전을 세운다. 한편, 하토리의 심경 또한 사야나와의 만남을 계기로 크게 변하려 하고 있었다. 능력을 주체하지 못해 다시는 학교에 가지 않겠다는 하토리를 걱정하는 절친한 친구 미포유는 다시 한 번 사나와 만나기 위해 다시 하라주쿠 거리를 찾게 되는데...

자신을 만나러 하라주쿠에 온 걸음을 자신이 만들어낸 세계 원더랜드에 가둬버린 샤나. 처음부터 하토리의 집을 묻기 시작한 그녀는 이번에는 하토리를 원더랜드로 유인한다. 하토리를 놀래켜서 혼내주려는 사묘. 그러나 대하는 하토리는 '나는 나쁜마녀', '너 따위, 조금도 무섭지 않아'라고 단언한다. 더욱이 사나와 하토리, 서로 간섭하는 두 사람의 「앨리스의 꿈」은 생각지도 못한 사태를 일으키게 되는데...

「앨리스의 꿈」의 힘의 충돌에 의해, 원더랜드의 최심부에 갇혀 버린 사나와 하토리. 어디까지나 계속 되는, 현실과 동떨어진 세계를 걸어 다니는 2명이었지만, 출구는 전혀 발견될 기미가 없다... 한편, 사나의 상황을 안 조로쿠와 사나에는 이치조와 함께 원더랜드로 향하게 된다. 처음으로 보는 사나가 태어난 세계에, 무심코 눈을 크게 뜨는 2명. 그러나 탐색을 시작한 지 얼마 되지 않아, 뒤떨어져 버리게 되는데...

사나와 하토리가 원더랜드에 갇힌 뒤 바깥 세계에서는 열흘이 다 되어가고 있었다. 옛 약속을 떠올리며 하토리가 다시는 돌아오지 않을까 하는 두려움. 사나에와 함께 원더랜드에서 사나의 행방을 찾으면서, 지금까지 일어난 사건을 재차 되돌아 보는 조로쿠. 한편, 사나와 하토리 두 사람은 드디어 원더랜드 밖으로 나가는 실마리를 찾아내지만, 팽창 속도를 높인 원더랜드가 바깥 세계에 영향을 미치게 되는데...