由於父親調職的緣故，里見孝太郎從高中入學後開始獨自一人的生活。】他找到的《可樂娜莊106號房》是房租僅5000元的超便宜問題套房。】那天晚上，「幽靈」東本院早苗出現在孝太郎的面前主張自己的先住權！】緊接著「Cosplayer」打破窗戶闖入、地下底下還出現了「地底人」，而「外星人」竟然也從牆壁上出現了！？】接二連三出現的可愛侵略者們與孝太郎之間壯烈（？）的戰鬥，就此展開了序幕！？

由於在《可樂娜莊》的房東靜香的強迫下簽署了「可樂娜陸戰規定」，侵略者們也開始思考因應之道。而在入學日當天加入的「編織物研究會」中，讓會長櫻庭晴海教導編織也成為了支持孝太郎吉祥春風高中生活的心靈綠洲。然而在這時卻出現了四名轉學生…。使出各種手段的她們，現在終於連孝太郎的高中生活都要開始侵略了！？

為了參加兩人一組才能報名的社團障礙馬拉松對抗賽，孝太郎向編織研究會的學姐櫻庭晴海提出一同參賽的請求。另一方面，提亞與奇莉華為了獲得比賽的勝利，也都各自在私底下默默地準備著。比賽當天，孝太郎與可樂娜莊106號房的侵略者們都躍躍欲試，但沒想到在比賽開始沒多久就發生了出乎意料的大騷動！？

露絲在商店街抽獎抽中了海邊的溫泉旅館住宿券，於是孝太郎等人決定先暫時休戰出門旅行。為了挑選泳裝，興致勃勃的一行人在暑假期間一同來到泳裝店，然而早苗似乎有些不太開心的樣子…。來到海邊後，孝太郎意外遇見了前來避暑的櫻庭晴海，而在此時，在海灘嬉鬧著的美女軍團身後，卻出現了可疑的身影！？

「我們是敵人。」聽到孝太郎的話而大受打擊的早苗獨自一人從宿舍飛出去，卻被幽靈獵人給抓走了！根據由莉佳所告知的情報，動身前往拯救早苗的一行人在敵人的基地內開始展開戰鬥…。而在這時，被女惡靈看透內心的早苗也變得更加疑神疑鬼。到底惡靈們的目的究竟是？而孝太郎拿出的最後王牌又是！？

眼看文化祭的日子就要到了，為了幫助還沒有決定好演出主題的戲劇社，孝太郎決定賭上侵略點數開始進行劇本對決。以些微之差獲得採用的是提亞所寫的「白銀公主與青騎士」。被提拔為主角的公主的櫻庭晴海，展現了任誰都會看得目不轉睛的出乎意料的才能。而提亞則在陪晴海一起練戲的孝太郎身上看見了真正的青騎士的影子…。另一方面，由莉佳從外面將某個東西帶進了三坪房間中…房間內即將引發一陣騷動！？

眼看文化祭的公演就快到了，孝太郎正接受著提亞所主導的青騎士的嚴厲特訓。】正當大家都忙著在做準備的時候，在舞台角落出現了沒見過的人物…？】在某一天的彩排途中，孝太郎為了保護提亞而被戲劇設備壓倒受傷，而這乃是企圖剝奪提亞的皇為繼承權的競爭對手可藍所設下的陷阱。對彼此都瞭若指掌的提亞和可藍，兩人即將開始激烈的戰鬥！另一方面，甲蟲海克力士也陷入了生命的危機之中！？

直到現在都沒有人相信由莉佳是魔法少女，而在這時，「邪惡魔法少女闇藍真希」轉到了吉祥春風高中！即使將同身為魔法少女的真希的真實身分，以及可樂娜莊106號房即將面臨的危機告訴孝太郎等人，但他們依舊是充耳不聞。甚至還在可樂娜莊舉辦起真希的歡迎會…。】得到晴海鼓勵的由莉佳，為了守護三坪房間與夥伴們，決定一個人獨自戰鬥…！？

由莉佳為了保護晴海而倒下了。而在這時，孝太郎從被不可思議的光芒所籠罩的晴海手上獲得了魔法之劍。手持魔法之劍的孝太郎挺身戰鬥，但仍讓真希逃走了。另一方面，在學校的提亞與奇莉華等人因為連絡不到孝太郎等人而非常擔心他們。從由莉佳口中得知她成為魔法少女的經過的孝太郎與晴海決定與她一同戰鬥，而動身前往可樂娜莊106號房。已經控制了魔力的真希，與已經渾身是傷的由莉佳的戰鬥最後結果會是！？

受到奇莉華的拜託，孝太郎等人開始在幼稚園演出英雄秀。正當英雄秀順利進行的時候，「太陽部隊Sun【ranger」突然亂入到表演舞台上？然而無視這群充滿吐槽點的敵人，英雄秀最後在一片盛況之中平安落幕。在英雄秀結束後便匆匆忙忙地消失了蹤影的奇莉華，原來她是在商店街幫忙做清掃志工…。孝太郎看著總是主張要進行地面侵略的她和城鎮上的人們熟絡的模樣，於是將過去一直感覺到的不協調之處講了出口，「奇莉華身為侵略者實在太過溫柔了」――！？

奇莉華邀請孝太郎一起去的地方，是她過去只有來過一次的遊樂園。尾行在兩人身後的早苗等人進入電影院後，裡面竟然是「甲蟲王者超戰士」的英雄秀會場！？一行人因為露絲這時突然的消失而戰戰兢兢。另一方面，孝太郎跟奇莉華則像孩子一般乘坐著摩天輪。而孝太郎這時從奇莉華口中得知了她侵略地面的目的，以及她初戀的故事。然而這時從地底傳出了奇怪的轟隆聲響！？

孝太郎等人在可樂娜莊106號房的共同生活進入十二月，如今已經變得十分平穩了。而同時，學校內到處都在討論聖誕節的話題。】正當準備要開始進行「青騎士」的舞台劇續集的練習時，孝太郎卻瞞著大家私底下偷偷開始接新的打工。】「會不會是交女朋友了？」，既是興奮又是嫉妒的想法圍繞在孝太郎周圍。在三坪房間中進行的攻防戰最後結果究竟是⋯！？