教會曆526年。在威尼亞斯王國這塊地方，教會以正義之名，不斷狩獵魔女。當偉大的魔女索蕾娜被當成罪人處刑，魔女們隨即掀起叛亂。王國為了對付她們，招募了傭兵來討伐魔女。在這樣的時代裡，有個被稱作「墮獸人」，半人半獸、受眾人唾棄的傭兵。傭兵為接受招募，前往王國途中，在森林被一名自稱零的美麗魔女委託當她的護衛。

零尋找著可能毀滅世界的魔法書，傭兵則是以「變回人類」為條件，擔任零的護衛。墮獸人的首級能當作魔術的祭品，他們從盯上傭兵首級、自稱阿爾巴斯的魔術師口中，得知將零正在尋找的魔法書奉為聖典的「零之魔術師團」的存在。零主張魔法書的持有人是她，阿爾巴斯於是決定帶她前往魔術師團的隱匿處。可是在他們前往目的地的途中，卻在遭到魔女攻擊的村莊中發生事端。

零等人逃過一劫後，來到商業中心佛米加。因為他們帶著墮獸人，找旅店住宿就花了很大的功夫。途中，他們遇見帶著奴隸少女的狗臉墮獸人。當晚，零和傭兵在酒館遇上這名狗臉男，並從他口中得知少女們是魔女，是他把少女們藏起來，免於教會的制裁。然而傭兵看穿少女們並非魔女，於是趁夜溜進狗臉男的寢室，想讓少女們逃走。

零等人在佛米加享受短暫的休息後，出發前往零之魔術師團的隱匿處拉提特。對只在故鄉森林洞穴生活過的零來說，往目的地的路途無比新鮮，並且充滿光輝。在這樣的旅途中，零將自己孕育出的魔法技術的本質告訴阿爾巴斯。後來一行人以輕快的腳步抵達目的地。然而當他們踏入拉提特的入口，狀況卻瞬間改變。

零等人抵達拉提特後，眼前所見，卻是一幅殘忍的景象。包含村人，還有幾個疑似魔術師的人遭到攻擊，所到之處都是屍體。零看見這幅異樣的光景，斷定「這是魔女所為」。阿爾巴斯於是告訴零和傭兵，有一批「脫團魔女」被零之魔術師團放逐，不斷掠奪村莊和城鎮。此外，阿爾巴斯還說，有個國家魔術師，向國家宣示忠誠，並幫助國家狩獵魔女。

零等人受到強制召喚，來到王都普拉斯塔的王城。十三號追查著《零之書》，知道魔法已經在王國流傳，為了奪回書籍並恢復魔女的秩序，成為了國家魔術師。阿爾巴斯憤而反駁，十三號卻巧舌如簧地攻訐，還告訴他，如果不提供協助，就要處以火刑。另一方面，過去遭到同伴背叛的傭兵，見到零絲毫沒有幫助阿爾巴斯，開始心存猜忌。

傭兵離開零後，在城下町看到墮獸人粗暴的行為舉止，以及戰戰兢兢生活的人們。他親身體會到自己也不過是個墮獸人，便一個人離開了王都。然而卻被在佛米加決鬥的狗臉男設計，遭到魔女們攻擊。因旁人蔑視自己是個怪物的壓力，讓思緒處於煩躁之中，在傭兵將一名魔女逼到無路可退，忘我地就要痛下殺手。這時，零說過的話語掠過他的腦海。

遭到魔女背叛而負傷的狗臉男霍登，意外提及索雷娜之名。他說他是索雷娜的僕人，想找到為了替枉死的索雷娜報仇，而離家出走的孫女。傭兵下定決心要和霍登一起尋找孫女，以獲取《零之書》的線索，此時卻得知有一名魔女即將要在王都被處死。傭兵明白阿爾巴斯拒絕幫助十三號後，前往處刑場救人。

阿爾巴斯被傭兵和霍登從處刑場救出後，想到了某個策略，可以打倒不分善惡掃蕩魔女的十三號，並對抗胡亂攻擊人類的脫團魔女們。為了實行這個策略，就必須得到零的幫助。但她卻遭到十三號攻擊，並被十三號帶走了。為了進行尋人占卜，鎖定零的所在地，他們三個人前往佛米加，找回零之前穿在身上的長袍。

傭兵抵達王城曉之塔的頂端後，眼前卻是一臉冷淡的零。她執拗地拒絕傭兵……兩人才剛重逢，傭兵正想說出作戰策略，而提及「阿爾巴斯」時，零和傭兵再度受到強制召喚，前往十三號的身邊。另一方面，阿爾巴斯和霍登被零之魔術師團抓住，得知「那位貴人」下達一道指令，要「所有魔術師群起討伐十三號」。

零和十三號互相釋放出驚人的魔力。正當傭兵以為兩人勢均力敵時，零的魔力開始壓過十三號。傭兵察覺零面無表情地將十三號逼入絕境，為了阻止零，他突然衝到十三號面前。另一方面，阿爾巴斯試圖說服接獲「那位貴人」的指令，開始準備討伐十三號的零之魔術師團。然而魔術師們滿心認為這場戰爭贏定了，根本聽不進阿爾巴斯的聲音。

零從危機之中，救出阿爾巴斯和霍登後，將十三號的企圖全部告訴阿爾巴斯。阿爾巴斯無法原諒十三號製造出逼死索雷娜的原因，但如果要讓策略成功，就必須得到十三號的幫助。阿爾巴斯身為索雷娜的直系血親，做出了她的決斷。同時，脫團魔女、騎士團、零之魔術師團為了各自的信念，開始彼此交鋒。這時候，一項最大的危機，出現在進行封魔儀式的零等人面前