自分にだけ見える謎の影に“ゴースト”と名づけたボルトは、仲のよいシカダイやミツキと協力して“ゴースト事件”を解決しようと張り切る。そんなボルトを陰ながら応援しようと、シノが授業の一環として各自興味のある職場を見学するよう指示。ボルトは、シカダイ、ミツキとともに郵便配達員の仕事を間近で見学しながら里中を見回ることにする。

一方、かつて、特殊部隊“暗部（あんぶ）”の“根（ね）”に所属していたことがあるサイは、火影の命令で同じ事件を調べていたが、調査中にある重大な発見をする。

母・サクラにかわり、サラダが入院中の女の子にお気に入りのぬいぐるみを届けることになった。ところがうっかりして、“雷車（らいしゃ）”の中にぬいぐるみの包みを忘れてしまい慌てて追いかけることに。雷車の座席ではなく屋根に乗って移動するボルトたちをバカにしていたにもかかわらず、自分自身が雷車の屋根に登ったりぬいぐるみを追いかけて必死で里の中を駆け回るハメになるサラダ。そんなサラダを見かけたチョウチョウの助言で遺失物センターを訪れたサラダは、無事に包みを受け取るのだが……。

かぐらによって保管庫が開かれ、屍澄真たちが里に伝わる妖刀を手に入れた。霧隠れをかつての血霧の里に戻すため、ついに新たな忍刀七人衆による反乱が始まる――！

一方ボルトは、事情を知ったサラダと協力して、友達であるかぐらを助けようとする。だが、反乱分子の情報をつかんだ水影・長十郎と、先代、五代目水影・照美（テルミー）メイは、首謀者である屍澄真と仲間はもちろん、それに加担したかぐらをも処断する構えで……。　そんな長十郎たちを思いとどまらせるため、ボルトが突拍子もないことを口にする。

ボルトは、「一度食べたら永遠に忘れられない美味しさ！」と言われる幻の魚“エイエンゴイ”を釣り上げるため、クラスメイトたちと一緒にキャンプにやってきた。もうすぐ卒業を控え、おそらくこれがクラスのみんなで集まる最後の機会になると考えるボルトは、思い出作りのためにも、何としてもエイエンゴイを釣り上げようとする。だが、“幻”と言われる魚がそう簡単に見つかるはずも捕まるはずもない。クラスメイトたちがあきらめ始める中、それでもあきらめたくないボルトは？

白夜団がけしかけたことにより、デンキの父の会社“雷門（かみなりもん）カンパニー”を批判するデモが拡大化。混乱を鎮めるため、下忍を含めた里の忍者たちに招集がかかる。だがデモ隊は忍者ではなく里に住む一般の人々。手荒なことはできないため、班ごとに決められた場所でデモ隊を押しとどめる策がとられる。シカダイも“第十班”としていのじんやチョウチョウとともに配置につくが、配置図を見てあることに気づいたシカダイは、勝手に持ち場を離れ飛び出してしまう！

雷車強盗一味が隠れていた廃坑を調べるため、中に入ったボルトたち第七班。だがそこで一同は、高い戦闘力を持つ異形の“白ゼツ（しろぜつ）”に襲われる。白ゼツは、かつて忍界（にんかい）を恐怖に陥れた敵、大筒木（おおつつき）カグヤが造り出した生体兵器で、廃坑は大筒木一族の遺跡とつながっていた。今後のためにも遺跡を詳しく調べ、手を打つ必要があると考える第七班は、木ノ葉丸を中心に協力して白ゼツに立ち向かい、さらに奥へと進んでゆく。そしてたどり着いた場所で目にしたのは!?

ボルトが見守る中、さらなる力を得たモモシキと、ナルト、サスケの戦いが始まった！　かつて、モモシキと同じ大筒木一族のカグヤを倒した“英雄”のふたりが、そのすさまじい強さでモモシキを追い詰める。ところが思いがけない乱入者が現れたせいで状況は一変。逆に窮地に立たされることとなり、ボルトが、師に任された起死回生の作戦に出る!!　そしていよいよ、決着のときが――!!

里が厳重警戒態勢に入る中、ミツキを探し出すため密かに里を出たボルトとサラダは、ミツキの手がかりを求めてミツキの“親”である大蛇丸（オロチまる）の研究所へ向かう。　入り口を見張る忍者たちのスキをつき中に忍び込んだボルト。そこで見たものや大蛇丸から聞いた話によって、ボルトは、ミツキのことを本当は何も知らなかったことにあらためて気付くことになる。

一方、ボルトとサラダがミツキを追って里を出たことがわかり、ふたりを連れ戻すために、シカダイたち第十班に追跡任務が言い渡される。

何としても逆鱗を手に入れるため、協力してガラガを追い詰めようとするボルトたち。だが敵の居場所を敏感に察知し、相手を石に変えてしまう力を持つガラガに苦戦する。

戦いの最中、ガラガの動きにある違和感を覚えたボルトたちは、作戦を立て、やっとのことでガラガを追い詰めることに成功。そんな中、不思議な感覚にとらわれたボルトが垣間見たのは――？　そしてボルトは、ガラガにある提案をする。

ボルトとオオノキのもとにコクヨウやセキエイの仲間、カコウが現れた。空の指示でオオノキを迎えに来たカコウを相手に戦うことになるボルト。だが戦うために産み出され、戦うことを生き甲斐とするカコウは、珍しい“塵遁（じんとん）”を使うことができ、ボルトは苦戦を強いられる。　その頃、密かに里の様子を探っていたシカダイは、いたるところに出没する “芥”たちの目をかいくぐり、岩隠れの里で起きていることを何とかして木ノ葉隠れの里に伝えようとしていた。

ボルトたちの前に、再び空が現れた。　何があってもミツキを信じようとするボルトをあざ笑い挑発した空は、ボルトに攻撃を仕掛けようとするが、それを止めたのは!?

その頃オオノキは、難を逃れたセッキの助けを借りながら、何とかして空のもとへとたどり着こうとしていた。　自分自身の本当の意志のありかを見つめ直したオオノキが、空をこれ以上暴走させないために、決死の戦いを覚悟する。

村人たちの証言を頼りにたどり着いた場所で、ボルトとサラダは、以前サラダが大蛇丸の研究所で出会った重吾（ジュウゴ）の姿を見つける。だが重吾は“呪印（じゅいん）”の影響を受け凶暴なバケモノへと変貌。呪印は大蛇丸の研究材料のひとつで、生物の攻撃本能を刺激し力を増幅するとされ、重吾は生まれつきその呪印の力を持つ者だった。　我を忘れ襲い掛かる重吾に苦戦するボルトたち。そこに駆けつけた木ノ葉丸やミツキの助けで何とか重吾にダメージを与えたボルトたちは、彼を追ってたどり着いた場所で思いがけない光景を目にする。

レモンを救い出すため、カンキツのことを調べていた木ノ葉丸がつかまり、木ノ葉隠れの里へ強制的に送り返されることになった。木ノ葉丸とは別行動をとっていたボルトは、何事もなかったようにカンキツがひとりでいるのを見て嫌な予感を覚え、こっそり様子を探ることにするが、そんなボルトの目の前で驚くべき光景が繰り広げられることになる!!

一方、里に送り返された木ノ葉丸は、村から抗議があったとして火影から謹慎を言い渡され、処分を受け入れるが、レモンのために何もできなかったことに悔しさをにじませる。

中忍試験の折、サスケの弟子になったボルトだったが、留守がちでなかなか修業をつけてくれない師匠の帰りを待ちわびていた。そんなとき里にサスケから伝言が届く。こっそり内容を盗み聞きしたボルトは、サスケが“風の国（かぜ　の　くに）”のとある場所に立ち寄ることを知り、何とかして修業をつけてもらうため、内緒で里を飛び出す。ところがさまざまなアクシデントが重なってなかなか目的地にたどり着けない。このままではまたサスケはどこかに旅立ってしまう！　果たして、ボルトは師匠に会えるのか!?

作戦を実行したボルトたちだったが、ついにウラシキに追いつかれてしまう。守鶴のチャクラを手に入れようと、容赦ない攻撃をしてくるウラシキに立ち向かうため、それぞれが得意とする術を駆使した共闘を開始するボルトとシンキ。だがウラシキは、サスケや我愛羅でさえ倒せなかった強敵で、さらには異空間を行き来する能力を持っている。　果たしてボルトとシンキは、ウラシキに対抗するすべを見出すことができるのか!?

ボルトの機転で、ウラシキの「未来を見通す」カラクリは暴かれ、何とかダメージを与えることに成功したボルトたち。だが安堵したのも束の間、再び立ち上がったウラシキがさらなる奥の手を繰り出し、またもや窮地に立たされることに！　これまでの戦いでの疲労も激しい中、ボルトたちは、圧倒的な力を持つウラシキを倒し、ナルトが秘める“九尾”のチャクラと“忍界の未来”を守ることができるのか!?

コクリの護衛を始めて数日、ボルトたちは何とか順調に任務を進めていた。だがボルトたちにはコクリが何か隠し事をしている気がして仕方がない。そこでボルトたちは、「コクリは信用できるのかを確かめる」というもうひとつの任務を進めることにする。

一方、コクリと同じく“鬼灯城”に囚われている“狢”幹部のツキヨは、看守長のベンガを使って、手下が囚われている“第二鬼灯城”にコクリを移送する手はずを整えようとたくらんでいた。

ある雨の日、猫のミカヅキに導かれ、ミツキがケガを負ったひとりの男を助けた。どういうわけかミカヅキになつかれたその男は、木ノ葉隠れの里で働く妹に会いに来たと言い、ミツキとも親しくなる。そんな中、第七班が警務部から護衛任務の協力を頼まれる。護衛対象は「雨の殺人鬼（あめ　の　さつじんき）」と呼ばれる連続殺人犯に命を狙われている会社の社長。ところがなぜか社長は「身に覚えはない」と言い放ち、警務部の護衛を断ろうとする。

Boruto and the team are determined to reach Asaka, the eldest brother of the Land of Silence Ninja, before Deepa does. They catch up to him, but Deepa arrives soon after and attacks ruthlessly. They try to counter, but nothing seems to work. In the midst of their panic, Victor appears!

Separated from Boruto and Sarada, Konohamaru battles Victor. But someone unexpected shows up to fight alongside him. Meanwhile, Boruto and Sarada are trying to defeat Deepa to even the score, but he still proves to be a formidable opponent despite all of their training.

The Yamanaka Clan, who have been tracking the village’s ingoing and outgoing traffic with their advanced sensory abilities, spearheads a plan to create a new sensory system and an operational test is conducted.

The showdown between Team 7 and Ao begins. Team 7 works together to bring Ao down with various attacks and jutsu, but he proves to be a difficult adversary due to his use of scientific ninja tools.

Delta uses her destructive beam that can neutralize any regenerative power. Undaunted, Naruto forcefully suppresses it with a Giant Rasengan. He then turns up the power of his jutsu and propels it towards Delta. Unfortunately, Delta has been fitted with Scientific Ninja Tools and is able to absorb any jutsu, no matter how powerful… What will be the outcome of this battle?!

Boro goes on a rampage and attempts to eliminate Boruto and the others. Boruto is beat down and falls unconscious. Then suddenly, his Karma activates and he becomes possessed by Momoshiki's spirit.

Naruto and Sasuke are greatly overwhelmed by Isshiki's abilities. As a last resort, Kurama offers Naruto a chakra mode called Baryon Mode, which grants him immense power. The intensity of this power, however, could end his life.

最終試験となる個人戦の勝者が続々と決まってゆき、試合も残すところあとわずかとなった。ところがいまだにボルトとミツキは会場に現れない。このままではふたりとも“失格”になってしまうと焦るサラダだが……？　そんな中、試合はデンキVSツバキの対戦へ。　忍者とは戦い方の異なる侍であり、実力のあるツバキを相手に自ら開発した科学忍具をひっさげ試合に臨むデンキ。　“科学忍具使いVS侍”――　異色の対戦カードの幕が開く！

水の国付近の海が海賊たちに占拠され、デンキたち第五班が任務中の鉱山の島、“ドトウ島（じま）”とも連絡が取れなくなってしまう。島の人々の救出と第五班の援護のため、新生第七班はかぐら率いる隊とともにドトウ島へ向かうのだが、その隊のメンバーとは、かつて“新・忍刀七人衆（しん・しのびがたな　しちにんしゅう）”を名乗り、修学旅行中のボルトたちと戦いを繰り広げた文淡（ブンタン）、蛇苺（ヘビイチゴ）、巨峰（キョホウ）の３人だった。罪人である彼らを警戒しつつも協力することになったボルトたちは、偵察隊としてサラダとミツキを島に上陸させ、残りのメンバーで島付近の様子を探ることにする。

ボルトたちが着々と作戦の準備を進める中、敵の部隊の一部が一足先に村に向かっていることがわかる。まだ準備が整わないうちは村を危険にさらすことになるため、人々の避難を急ぐボルトたち。さらに、戦力不足を危惧するかぐらは、もしもの場合に備え、文淡、蛇苺、巨峰に刻んだ、術者が死ぬことで術をかけられた者もともに命を落とす“呪印”を解除。一時的なこととはいえ自由の身となった３人は、戸惑いつつもかぐらやボルトたちとともに戦うことを承知するが……？

Araumi is furious about the loss of family members and many of his subordinates during the battles so far. He officially declares war against the Land of Water. Upon hearing this, Mizukage decides to fight him to the bitter end. As war between the Land of Water and the pirates becomes inevitable, Boruto is confused by Ikada’s decision to fight the Land of Water. He does everything he can to prevent any more casualties, and Sarada and Mitsuki assist him in his efforts.

Naruto has been asked to play himself in the popular Evil Jammer Kagemasa shinobi movie series. Konohamaru ends up playing the role in his place. Since this is his first movie appearance and the fact that he will be playing the Seventh Hokage, someone he looks up to, Konohamaru goes all out. However, he’s troubled when production doesn’t quite go as he expected. Upon hearing something from the assistant director, he proposes something to make the movie more enjoyable.

Kawaki has a hard time getting used to school life, but he succeeds in becoming friends with Princess Kae, the object of his guard mission. Meanwhile, Kae wants to get to know her classmates and invites them all to a tea party at her mansion. Since Kawaki has his mission and cannot let Kae out of his sight, he goes along. Despite feeling out of place at the party, Kawaki does his best to fit in, but then he senses something unusual…

連絡用の鷹を手に入れようとするサスケとともにボルトが鷹の訓練士のところにやって来た。ボルトたちはそこで、珍しい動物を売りさばいて金儲けをしている人物がいるという話を聞き、その人物について調べてみることにする。そんな中ボルトは、動物好きな少年、舌切（したきり）ツヅラと出会い仲良くなるのだが、ツヅラは母の方針で学校にも行かず、本当にやりたいこともあきらめてしまっていた。そんなツヅラはケガで飛べなくなった一羽の鷹だけを友達にしており、この鷹が再び大空を飛べるように大切に世話をしていた。

研究所の監視役・瑪瑙に襲われた上、毒を盛られて窮地に陥るサスケ。万事休すかと思われたそのとき、それを救ったのは妻のサクラだった。医師として研究所に潜入したサクラは、サスケに任務の変更とこれを補佐することを伝え、夫婦による潜入捜査が始まる。　サクラが持ち込んだ資料から、六道仙人の病を治したのは“極粒子（きょくりゅうし）”と名付けられた物質であること、そのありかを知るためには“天体絵図（てんたいえず）”という書物を手に入れる必要があることを知ったふたりは、研究所の書庫を調べることにする。

激闘の最中、カワキの不安が的中し、突如ボルトがモモシキに意識を乗っ取られてしまった。“大筒木モモシキ”としてコードを圧倒するその力に目を見張るカワキ。そこにシカマルを伴ってナルトが到着した。カワキはコードの標的であるナルトの身を案じるが、そんな思いをよそに、ナルトは“火影”としてコードに立ち向かおうとする。ところが、シカマルを人質にとったコードにモモシキが味方をし、かつての恨みを晴らそうとしたことで、ナルトは絶体絶命の危機に立たされてしまう。