Il Villaggio della Foglia si trova nel Paese del Fuoco, una delle cinque Grandi Nazioni Ninja. E' qui che vive Boruto Uzumaki, figlio del capovillaggio e Settimo Hokage, Naruto Uzumaki. Un giorno, Boruto difende Denki Kaminarimon, ricattato da dei compagni e troppo debole per affrontarli. Il primo giorno di scuola Boruto rivede Denki, e nota che il suo chakra è anomalo e il ragazzo ha dei comportamenti strani.

Chocho è convinta che qualcuno la segua, e decide di coglierlo sul fatto. Una volta catturato, il colpevole svela che in realtà stava seguendo Sumire, la capoclasse, di cui è innamorato. Chocho lo invita a dichiararsi, ma il risultato...

Sumire e alcune sue amiche finiscono coinvolte in una delle apparizioni del Fantasma e vengono ferite. Boruto si sente responsabile e vuole ora più che mai risolvere la questione. Aiutati dal portalettere che fa loro da guida nell'esperienza di lavoro, i ragazzi monitorano il Villaggio. Ma è una frase di Boruto a far balenare nella mente di Mitsuki e Shikadai una certa possibilità.

Le indagini rivelano che gli incidenti avvenuti nel Villaggio sono dovuti alle trame di qualcuno che agisce per portare avanti le volontà di Danzo Shimura, creatore e leader della Radice. Boruto riesce a usare il potere del suo occhio per entrare nel mondo parallelo in cui si è nascosto il colpevole, possessore del Gozu Tennou, un'arma che utilizza la Nue, una bestia in grado di distruggere il Villaggio. Boruto cerca di convincerlo a cambiare idea, ma riuscirà a cambiare il passato con la forza delle sue parole?

Sarada si impegna a consegnare un orsacchiotto a una bambina in ospedale, ma lo dimentica sul treno e va nel panico, tanto che arriva a salire sul tetto del treno, cosa inaudita per lei, che aveva sempre criticato Boruto per questo motivo. Ma Chocho si accorge di Sarada, e la accompagna all'ufficio oggetti smarriti. Il bagaglio viene recuperato, ma...

Sarada è decisa a salvare Sakura, e si lancia all'inseguimento di Shin con Sasuke, Naruto e Chocho. Dopo una serie di brutali vattaglie con i cloni di Shin, la ragazza è sorpresa nel vedere l'intesa tra Sasuke e Sakura, che non si vedevano da anni. Improvvisamente però, Shin ordina ai suoi cloni di uccidere gli intrusi. La scoperta del legame tra i suoi genitori porterà Sarada a scoprire anche il segreto sulla sua nascita?

Boruto e compagni vanno in viaggio d'istruzione al Villaggio della Nebbia nel Paese dell'Acqua. A far loro da guida è Kagura Karatachi, un ninja della stessa età di Boruto, che ha però già un incarico ufficiale come consigliere di Chojuro, il Mizukage. Una volta noto come Villaggio della Nebbia Insanguinata, adesso invece è una città inaspettatamente moderna e vitale: tuttavia il malcontento e la nostalgia per il passato persistono in alcuni dei suoi abitanti.

Boruto implora Kagura di cambiare idea e rinunciare alla rivolta, ma il ragazzo rifiuta e lo attacca. Boruto fa di tutto per risparmiarlo, ma Kagura sembra incapace di resistere alle parole di Shizuma. Tuttavia qualcuno interrompe la loro battaglia: è Mitsuki, che avuto una soffiata su quanto sta succedendo. Chi è stato a informarlo e riuscirà Boruto a salvare Kagura?

Originally from the Village Hidden in the Sound, Mitsuki has made up his mind to become a Hidden Leaf Shinobi. In the past, having lost his memory, Mitsuki finds himself in unfamiliar surroundings, unsure of his identity and motive. Mitsuki faces a difficult decision, but his thoughts and feelings that had once been shrouded in mystery, now come to light

During the protests, the Byakuya Gang attacks Katasuke's research center, which has been developing new technology for Scientific Ninja Tools. Shikadai figures out what the Byakuya Gang's goal is and rushes after them in pursuit with Boruto close by. Even a weak "pawn" can become strong in one move—what are the two friends who bonded through shogi seeking?

The Chunin Exams are about to begin and genin from the other villages arrive in droves. The Hidden Sand's hopefuls include the Kazekage's adopted son Shinki, and his team mates Yodo and Araya. The Hidden Mists send the Senka triplets, the Hidden Cloud sends Yurui, Iroi, and Tarui. And finally, the Hidden Rock send the Genbu Three. As formidable rivals arrive on the scene, tensions run high as every participant sizes each other up, and prepare for the first round of the Chunin Exams!

The third round of the exams begins, consisting of individual battles held tournament style. Boruto’s first match is against Yurui of the Hidden Cloud, and Shikadai is matched up against Yodo of the Hidden Sand. Sarada and Mitsuki are up against Tarui and Toroi of the Hidden Cloud, while Inojin and Cho-Cho pull Araya and Shinki of the Hidden Sand, respectively. After honing their skills in jutsu and strategy, the intense battles between the young shinobi begin!

The final battle of the tournament begins with Boruto, Sarada and Shinki participating in a battle royale. As the lone representative remaining from the Hidden Sand, Shinki is determined to preserve the pride of the Sand, and goes on the offensive against Boruto and Sarada. Boruto and Sarada team up to fight Shinki, but he puts up an impenetrable defense. Sarada falls, and Boruto's chakra is nearly exhausted, but he refuses to give up!

Naruto and Sasuke fight against Momoshiki Otsutsuki. Momoshiki gets defeated, but he's helped by Katasuke and his Scientific Ninja Tool. In the end, Boruto puts an end to Momoshiki's life. While dying, Momoshiki talks to Boruto and gives him the Karma Seal.

Orochimaru tells Boruto and Sakura about the White Snake Sage who lives in Ryuchi Cave. On their way there, the two are confronted by Team 10, which is determined to take the two back to the village so that they are not labeled as "rogue" ninja. But there's no way Boruto or Sarada will oblige until they find out the truth from Mitsuki, so they are forced into confrontation using everything they've got!

Boruto and the others work together to obtain the Reverse Scale from Garaga. But the battle proves difficult, as Garaga has the power to sense the location of its enemies and turn them into stone. In the midst of battle, the team notices inconsistencies in Garaga's moves and comes up with a successful strategy to subdue him. Boruto is seized with a strange feeling and makes Garaga a proposition.

Kokuyou confronts Boruto and the others. Kokuyou, whose only goal is to become strong, is so powerful that he's taken down the Leaf ninja pursuing Mitsuki. He easily drives Boruto and his team into a corner. Just then, backup appears. Boruto and his friends manage to overcome Kokuyou, and finally catch with up Mitsuki.

In order to get out of the barrier, Boruto desperately searches for his heart of stone, but he has little success. Then he encounters Sekki, one of the Genbu Three that participated in the recent Chunin Exams. Sekki has also come to the training ground in order to find his heart of stone. Seeing their predicament, Ohnoki tries to help them.

Boruto and Sarada are caught and taken back to the Hidden Stone headquarters along with Ohnoki. There, they find that Ku and his supporters have taken the village, and that things have changed drastically. Kokuyou and Kirara swoop down on Boruto and Sarada, but Shikadai comes to the rescue!

Jugo is suffering from the effects of the drug that activates the power of the cursed seals. Somehow or another. Boruto and Suigetsu want to try to save him, but they are rendered unable to move because of being injected with a tranquillizer. Meanwhile, it’s time for the migratory birds to set off.

One day, Boruto and Konohamaru rescue Remon Yoimura from an attack. Remon says she has come to Hidden Leaf Village for sightseeing. Boruto and Konohamaru offer to show her around the Leaf and provide some protection as well.

La battaglia tra Garo, un Esterno, e Kawaki, noto anche come la Nave, ha inizio! L'intero corpo di Garo è dotato di strumenti ninja scientifici e Kawaki è in grado di trasformare il suo braccio in varie forme. Boruto e i suoi amici sono senza parole. Mentre la battaglia infuria, Kawaki viene gradualmente sopraffatto e catturato.