Au beau milieu de la forêt, Shino annonce brusquement à ses trois élèves qu'il va les tuer.

D'emblée, Boruto reconnaît en lui le mystérieux pouvoir qui sévit depuis quelque temps à Konoha.

Avec Shikadai et Mitsuki, il tente de mettre le professeur hors d'état de nuire mais, pour cela, il faut déjà se débarrasser des insectes destructeurs.

Dans la résidence des Hyûga, Hanabi se charge de tester Boruto au cours d’un affrontement. Pour un verdict sans appel : son neveu ne s’est pas éveillé au Byakugan. Plus tard, en le voyant songeur, elle l’engage à prouver par lui-même la réalité de ses nouveaux pouvoirs.

Au cours de la fouille d’un laboratoire secret, Saï comprend grâce à une photo que son équipe ne s’est pas déplacée pour rien. Au même moment, Mitsuki révèle à Boruto l’identité de l’individu masqué, sans toutefois réussir à le convaincre.

Malgré les explications de ses camarades, Denki ne parvient pas à marcher sur une paroi, chose qu'il devra pourtant accomplir le jour du test de Ninjutsu. Iwabê, quant à lui, redoute d'être recalé une nouvelle fois aux épreuves écrites. Confrontés à la même hantise de l'échec, les deux "contraires" ont peut-être intérêt à s'assembler pour préparer ces échéances difficiles.

En contemplant une photo de sa famille, Boruto se remémore le jour de la cérémonie d'investiture de Naruto au poste de Hokage. Les absences de son père ne cessent d'irriter le jeune garçon, a fortiori en ce soir où la petite Himawari est clouée au lit à cause de la fièvre.

Sur le port de Kiri, l’affrontement s’engage entre la bande de Boruto et les ravisseurs de Denki. Kagura, qui s'est joint au camp de Konoha, semble de nouveau hésiter à saisir son sabre. Pendant ce temps, Anko et Shino s'entretiennent avec Mei, l'ex-Mizukage, du regain de tension qui touche le pourtour de la mer Centrale.

Durant l'épreuve pratique qui se déroule dans la forêt, Kakashi met en doute la motivation de Boruto tout en lui infligeant une clef de bras. En apparence, les règles de l'examen favorisent l'individualisme, mais les professeurs n'ont-ils pas justement voulu tester l'esprit de groupe des élèves ?

Pour sa première mission, l’équipe 7 est chargée de résoudre une simple querelle entre villages. Partis pleins d’assurance – en particulier Boruto, les quatre compagnons découvrent sur place que l’ennemi sera plus redoutable que prévu.

Le derniers qualifiés s’apprêtent à disputer la troisième épreuve de sélection. Dans ce tournoi individuel, les candidats auront peut-être enfin l’occasion de s’affronter entre coéquipiers. Une motivation supplémentaire pour Boruto, qui débute face à Yurui, un aspirant de Kumo.

Lors de la 3e épreuve de sélection, Chôchô se heurte aux gigantesques poings en limaille de fer de Shinki, le candidat de Suna. Sous le regard à la fois inquiet et enflammé de ses parents, la jeune Akimichi pourra-t-elle rejoindre Boruto et Shikadai en demi-finale ?

La finale de l'examen est interrompue par l'irruption de curieux personnages, qui se mettent à ravager le stade. Dopés par des pilules spéciales, ces membres du clan Ôtsutsuki convoitent le chakra de Naruto. Mais, face à eux, les ninjas peuvent compter sur leur force "authentique".

De retour à Konoha via le Rinnegan de Sasuke, Boruto présente ses excuses aux divers candidats de l'examen face à qui il a triché. Pendant ce temps, ses camarades sont occupés à réparer les dégâts causés par l'attaque des Ôtsutsuki.

Au cours d'une mission statique de surveillance, Boruto est taraudé par une devinette que son père lui a soumise. Avec Mitsuki et Sarada, il rencontre soudain le vieil Ônoki, qui est en train de « sécher » le conseil des Cinq Kage.

Au milieu de la forêt, les membres de l’équipe 10 tentent d'attraper Boruto et Sarada, qui étaient quant à eux à la recherche de Mitsuki. Conformément aux espoirs de son père, Shikadai prédit avec précision la tactique de ses ennemis d'un jour.

Pour que l’ermite Hakuja accepte d’examiner le petit serpent de Mitsuki, le groupe de Boruto doit lui rapporter l’"écaille inversée" d’un autre serpent, le tempétueux Garaga. Sur le chemin qui mène au fond de la grotte Ryûchi, les jeunes ninjas tombent sur une immense trace de reptile, qui leur donne un effrayant aperçu de la taille de leur "cible".

La bande de Boruto s’extirpe du brouillard et retrouve la forêt qu’elle avait quittée le temps de sa tumultueuse visite dans la grotte Ryûchi. Après réflexion, Shikadai propose à Chôchô et à Inojin d'aller le plus vite possible à Konoha pour y faire savoir que Mitsuki est innocent.

En compagnie de Log, Orochimaru visionne sur un écran les souvenirs de Mitsuki, qui souffre d’un mystérieux trouble. Selon toute vraisemblance, le vieil Ônoki n’est pas étranger à ce phénomène.

En pleine nuit, Tatsumi et Mirai partent pour une source thermale où, selon la rumeur, on pourrait rencontrer les morts. Au bout du chemin, diront-elles enfin à leur regretté parent ce qu’elles avaient gardé sur le cœur ?

Contrairement à la plupart de ses collègues, Shino n’a toujours pas de carte à son effigie dans Gemaki, un jeu qui fait fureur. Pour réparer cette « injustice », Boruto se présente au siège du fabricant, qui n'est autre que la compagnie Kaminarimon.

Boruto et Konoha-Maru sont décontenancés par l’accueil glacial de Lemon. Invités à repartir sur-le-champ du manoir, ils ont tout juste le temps d’échanger quelques mots avec Kankitsu, le futur mari de la jeune héritière.

Alors qu’il affronte la plus forte des marionnettes, Shinki reçoit le renfort de Temari, de Shikadai et de Boruto. Ce dernier tente de le convaincre, lors d’un moment de répit, que la vie de ses coéquipiers est aussi importante que l’accomplissement d’une mission.

En compagnie de Sarada, Boruto se lance à la recherche d'un livre qui fut écrit par Jiraya, le défunt maître de son père. Curieusement, les compagnons de Naruto semblent être gênés à l'évocation de ce vieil ouvrage.

Les héros du féroce combat contre Urashiki récupèrent à l’hôpital. Sur le toit de l'établissement, Sasuke annonce à Jiraya que Boruto et lui repartiront de Konoha le lendemain. Reste à persuader Sakura que les deux saltimbanques autoproclamés n’ont rien de suspect à cacher.

Au cours de son enquête sur le crash du dirigeable, l’équipe 7 aperçoit un garçon qui gît sur le sol. Pendant ce temps, au repaire de Kara, Delta obtient l’autorisation d’aller voir où en sont les recherches.

Au quartier général des Funato, le chef Araumi fulmine contre la pusillanimité d'Isari, qui préconise un retrait des troupes. Pendant ce temps, Ikada reste au chevet de sa sœur Seiren, qui a toujours placé beaucoup d'espoirs en lui.