Boruto inizia a chiamare "Fantasma" l'ombra e non vede l'ora di risolvere con gli amici la serie di casi recenti. Shino cerca di aiutarli, assegnando alla classe il compito di sperimentare un lavoro sul campo. Intanto Sai, un tempo membro della Radice, fa una scoperta inquietante mentre indaga per ordine dell'Hokage sull'origine degli stessi casi.

Gli incidenti dovuti al Fantasma sono finalmente finiti e adesso Boruto non riesce più a usare il suo potere. Il Villaggio torna alla sua quotidianità, come l'Accademia, ma c'è ancora qualcosa che preoccupa Boruto e amici...