Il Villaggio della Foglia si trova nel Paese del Fuoco, una delle cinque Grandi Nazioni Ninja. E' qui che vive Boruto Uzumaki, figlio del capovillaggio e Settimo Hokage, Naruto Uzumaki. Un giorno, Boruto difende Denki Kaminarimon, ricattato da dei compagni e troppo debole per affrontarli. Il primo giorno di scuola Boruto rivede Denki, e nota che il suo chakra è anomalo e il ragazzo ha dei comportamenti strani.

Gli incidenti dovuti al Fantasma sono finalmente finiti e adesso Boruto non riesce più a usare il suo potere. Il Villaggio torna alla sua quotidianità, come l'Accademia, ma c'è ancora qualcosa che preoccupa Boruto e amici...

Gli esami si avvicinano, e e gli studenti sono alle prese con intense sessioni di studio e allenamento perché essere bocciati a un esame significa perdere l'anno. Denki non è bravo nelle arti marziali e trova difficilissimo usare il chakra per scalare le pareti, mentre Iwabei non riesce a capire quello che studia. Boruto e compagni cercano di aiutarli, ma non fanno che confonderli ulteriormente. Riusciranno a non essere bocciati?

Sarada si impegna a consegnare un orsacchiotto a una bambina in ospedale, ma lo dimentica sul treno e va nel panico, tanto che arriva a salire sul tetto del treno, cosa inaudita per lei, che aveva sempre criticato Boruto per questo motivo. Ma Chocho si accorge di Sarada, e la accompagna all'ufficio oggetti smarriti. Il bagaglio viene recuperato, ma...

La famiglia Uzumaki è nel caos, ora che la piccola Himawari ha la febbre. Naruto non torna quasi mai a casa, e il risentimento di Boruto verso di lui cresce sempre di più, specie ora che la sorellina è malata.

Sarada osserva Boruto che viene rincorso e rimproverato dal padre per uno dei suoi scherzi, e il loro rapporto le fa ricordare l'immagine di suo padre, Sasuke, che lei non ha mai visto. Dopo aver scoperto una foto in cui Sasuke appare con una donna che indossa occhiali uguali ai suoi, Sarada è decisa a conoscere la verità. Riuscirà a scoprire il segreto dietro la sua nascita?

Sasuke invia un messaggio a Naruto, informandolo dell'esistenza di un uomo con lo Sharingan. Appena ricevuta la notizia, Naruto si mette in viaggio per incontrare Sasuke. Contemporaneamente, Sarada, rosa dai dubbi su chi sia la sua vera madre, si unisce a Chocho, intenzionata a trovare il suo vero padre. Saputo che anche Naruto è in viaggio per trovare Sasuke, le bambine si uniscono a lui, ma il pericolo incombe su di loro...

Sarada arriva alla torre dove si trova Sasuke, ma resta ferita dalle parole e dai gesti di suo padre. Imbarazzati dalla situazione, Chocho e Naruto cercano di aiutarli, ma vengono attaccati da una coppia di uomini, padre e figlio, che posseggono lo Sharingan e sostengono di chiamarsi Shin Uchiha. Intanto, Sakura viene a sapere del viaggio di Sarada...

Sarada è sconvolta dal rapimento di sua madre, e nemmeno Naruto riesce a localizzarla. Con l'aiuto di Sasuke, che trova gli Sharingan nel braccio di Shin, gli indizi li portano al laboratorio di ricerca di Orochimaru, dove Sarada incontra gli ex colleghi del padre, Suigetsu, Hozuki e Jugo. Volendo trovare una risposta alle sue domande, Sarada chiede a Suigetsu di analizzare i suoi geni.

Tsurushi Hachiya, un ex compagno di Kagura rapisce Denki per provocare Boruto. Quest'ultimo si unisce a Kagura per salvare l'amico, e insieme affrontano Hachiya e la sua gang, ma durante il confronto viene rivelata la verità su Kagura.

The White Snake Sage tells Boruto to bring back the "Reverse Scale" from Garaga, a troublesome snake. Boruto and his friends head deeper into Ryuchi Cave and are confronted by a giant serpent. It is Garaga, the very one they seek, but its sheer power has the gang backed into a corner. Meanwhile, Moegi reports that Mitsuki's disappearance might involve someone who has access to crucial village secrets.

The cause is still unknown, but they are successively discovering birds that are under control of the power of the cursed seal. Boruto and his comrades from Team 7 are with Tosaka: They are running around together with Juugo, who can absorb the power of cursed seals. Boruto and his comrades continue to rescue the birds by using tranquilizers, so that Juugo and them won’t be controlled by the cursed seal again. However, an incident occurs where they lose all of their tranquilizers.

Attraverso la fessura della stanza, Boruto, Kawaki, Sarada e Mitsuki entrano nella dimensione in cui si trova il Naruto sigillato. È sorvegliato da Boro, che è anche lui dopo Kawaki. Si svolge una battaglia tempestosa.

I mercanti itineranti sono stati attaccati da rapinatori viziosi. Wasabi, Namida e Tsubaki del Team 15 vengono inviati sul luogo dell'incidente per indagare. Tsubaki trova un indizio che sembra indicare samurai della sua patria, la Terra del Ferro. Inoltre, l'indizio appartiene a una certa persona che fa tremare Tsubaki di paura. Quella persona è qualcuno che rispettava molto tempo fa, un compagno di apprendistato con il quale ha addestrato e affinato la sua abilità con la spada, qualcuno con cui Tsubaki condivide un certo destino!

Naruto falls ill, and Sasuke goes to the Tatar Observatory to try to find a cure.

Boruto makes a desperate decision to prevent Momoshiki from taking over his consciousness again. Meanwhile, Kawaki drives back Code using the Karma that Amado revived. Willing to do whatever it takes to eliminate anyone who is a threat to Naruto, Kawaki fights with overwhelming power. Shikamaru is shocked by his strength, and Code learns the difference in their powers. Boruto and Kawaki have overcome various obstacles as brothers, but a troubling shadow begins to loom over their relationship. As Momoshiki once said, the fateful moment that will take everything from Boruto is approaching!