木ノ葉隠れの里に“親子の日”という祝日が設けられた。いつも忙しい親たちが、子どもと一緒に過ごせるようにと設けられた休日で、ボルトも妹のヒマワリも期待に胸を膨らませる。当日、何とか仕事を終わらせた父のナルトが家に帰ってきてうれしいボルト。だが、ずっと楽しみにしていたヒマワリのために、父と過ごす休日を妹に譲ることにする。ナルトは、「修業に行く」と言ってひとりで出かけたボルトに戸惑うが、今日はせっかくの親子の日ということで、ヒマワリを喜ばせるために奮闘することになる。

呪印の力を活性化する薬の影響に苦しむ重吾を何とかして助けたいボルトと水月だが、鎮静剤を盛られたせいで思うように動くことができない。そんな中、渡り鳥の旅立ちのときが訪れ、呪印の力を宿した鳥たちが各地に向けて飛び立とうとしていた。このままでは広範囲に呪印の被害が広がってしまう！　焦るボルトたちだがその数はあまりにも多い。そしてついに、重吾が完全なバケモノと化し――。

果たしてボルトたちは、重吾の暴走を止め、鳥たちと人々を呪印の脅威から守ることができるのか!?

ウラシキを追う途中、大筒木一族が使う奇妙な道具の力に巻き込まれたボルトとサスケは、ボルトが生まれるずっと前――　“過去”の木ノ葉隠れの里にやってきた。

ウラシキを追跡中にたどり着いた思いがけない場所に驚くボルトとサスケ。だがそこにウラシキの姿はなく、ボルトは初めて目にする風景に興味をそそられる。サスケは敵の動向がわからない今は慎重に行動すべきだと考えるが、ボルトはどこ吹く風で。　そんな中ふたりの前に現れたのは子供時代のナルトと師匠の自来也!? 　さらにボルトとサスケは、里に現れたよそ者として尋問を受け……？