The Yamanaka Clan, who have been tracking the village’s ingoing and outgoing traffic with their advanced sensory abilities, spearheads a plan to create a new sensory system and an operational test is conducted.

Boruto, Sarada and Mitsuki are assigned to carry out Team 7’s missions by themselves until Konohamaru returns from an unexpected assignment. Boruto runs into Mugino in town and ends up going to his home at Mugino’s invitation.

Team 7 has arrived at a high-tech research center along with Katasuke. There, they end up running into some familiar faces. The mission has ended without incident, and Boruto is ready to head home. However, there’s more they must do. Boruto and his friends end up cooperating in a test-run of a Scientific Ninja Tool that is under development. Boruto is unhappy at first, but as the test run continues his feelings start to change. As that happens, Team 7 is given a new urgent assignment from the Hokage.

Inizia la resa dei conti tra il Team 7 e Ao! Il Team 7 lavora insieme per lanciare una raffica di attacchi, ma contrastare l'uso abile degli Strumenti Ninja Scientifici da parte di Ao non sarà facile. Proprio mentre sembrano averlo messo alle strette, Ao rivela la sua arma più grande.

Il team torna all'Advanced Technology Lab con Kawaki. Konohamaru è tornato al villaggio per riferire sulla missione. Naruto, preoccupato per la relazione tra Kawaki e Kara, decide di andare in laboratorio.

Kawaki guarda una partita di shinobi corpo a corpo tra Naruto e Boruto. Boruto usa la sua specialità, il Clone Ombra Jutsu, per affrontare suo padre, ma lotta. Dopo aver visto questo, Kawaki dice a Boruto di usare il potere del suo Karma. Nel frattempo, Kawaki si interessa al Jutsu Shadow Clone che Naruto e Boruto amano usare.

Usando la tecnica di trasporto, Sasuke arriva in una strana posizione coperta da misteriose iscrizioni. Lì trova molte cose sorprendenti sul clan Otsutsuki. Nel frattempo, Boro, uno dei leader dei Kara, ha usato pubblicamente i suoi misteriosi poteri per guarire i malati. Dice alle persone che si sono riunite che ha un modo per tutti di raggiungere la felicità.

Attraverso la fessura della stanza, Boruto, Kawaki, Sarada e Mitsuki entrano nella dimensione in cui si trova il Naruto sigillato. È sorvegliato da Boro, che è anche lui dopo Kawaki. Si svolge una battaglia tempestosa.

Boruto, Mitsuki, Kawaki e Sarada sono scioccati dalle capacità rigenerative di Boro. Cercano disperatamente un modo per distruggerlo. Poi Kawaki ha un'idea. Il loro nemico ha un nucleo nel corpo che devono solo trovare e distruggere.

Anche dopo gli incontri con i vice di Jigen, The Leaf sa poco di Kara. Per saperne di più sulla connessione di Boro con Kara, Konohamaru e Sai hanno il compito di infiltrarsi nel suo culto.

In cambio della concessione di asilo nel Villaggio Nascosto tra le Foglie, Amado rivela tutto ciò che sa. Amado e Koji Kashin hanno lavorato insieme per abbattere Jigen. Dice a tutti che la vera identità di Jigen è Isshiki Otsutsuki, che ha accompagnato Kaguya Otsutsuki nel loro mondo secoli fa. Continua spiegando il Karma, il marchio che affligge Boruto e Kawaki.

Terminata la loro battaglia contro Isshiki, Boruto e gli altri tornano al villaggio. Grazie al loro lavoro, la sicurezza del villaggio è stata mantenuta. Boruto è terrorizzato dal fatto che Momoshiki ancora una volta ha preso il sopravvento sulla sua coscienza durante la battaglia. Nel frattempo, Amado fornisce alcune nuove informazioni riguardanti Code, i cui poteri superano Jigen. Mentre ciò accade, qualcosa appare davanti a Code, che ha vegliato sull'immatura Bestia a Dieci Code in possesso di Kara!

La fase finale degli esami è finalmente iniziata. La prima partita è Inojin contro Houki. Il team di Houki ha partecipato alle missioni di Anbu Black Ops. Per questo motivo, le loro abilità sono sconosciute. Nel frattempo, Boruto e Mitsuki notano alcune persone sospette mentre si recano al sito dell'esame, e decidono invece di seguirle.

Inizia la partita tra Sarada e Cho-Cho. Kawaki è stato invitato da Naruto ad osservare, così come Shinki e altri che sono venuti dal Villaggio di Sabbia Nascosto. Chi uscirà vittorioso in una battaglia tra migliori amici?!

Affinché Kawaki diventi un genin, viene deciso che può fare un test speciale diverso da quello tenutosi presso l'Accademia Ninja. Una missione di grado D è considerata equivalente, quindi Kawaki viene assegnato come membro aggiuntivo. Tuttavia, è difficile lavorare con lui, ignora la necessità di lavorare in squadra e agisce da solo, dando filo da torcere ai suoi compagni di squadra mentre interrompe la missione!

Cho-Cho viene ferito in un attacco da un misterioso ninja e l'oggetto che Mozuku aveva in mano viene rubato. Il capitano Shikadai si rende conto che questa non era una normale missione di guardia, ma una che li rende gli obiettivi di altri ninja. Decide subito di tornare verso casa. Ma Kawaki si sente per Mozuku, a cui è stato affidato l'oggetto che avrebbe salvato il suo popolo, quindi ignora gli ordini di Shikadai e insegue il ninja insieme a Mozuku. Tutto solo, Kawaki affronta un potente nemico che usa uno strano jutsu. Sarà in grado di proteggere Mozuku e riportarlo in sicurezza nella Terra dei Mari Calmi?

Il nuovo Team 7, con Kawaki il suo nuovo membro, viene assegnato per scortare Katasuke a una cerimonia nella Terra dell'Acqua. Boruto non vede l'ora di vedere Kagura Karatachi, uno shinobi della Terra della Nebbia che non ha mai visto dal loro viaggio sull'Accademia nella Terra dell'Acqua. Tuttavia, all'ombra della cerimonia, un gruppo che nutre rancore inizia furtivamente a fare la sua mossa.

La Terra dell'Acqua viene conquistata dai pirati e il contatto con la Squadra 5 di Denki viene perso. Il nuovo Team 7 si unisce a un'unità guidata da Kagura e parte per l'isola di Dotou per assistere il Team 5 e salvare gli isolani. Tuttavia, l'unità è composta da Buntan, Hebiichigo e Kyoho, che in passato si erano definiti i "Nuovi Sette Spadaccini Ninja della Nebbia". Sarada e Mitsuki scendono a terra per esplorare l'isola mentre Boruto e gli altri rimangono indietro e osservano la situazione nelle vicinanze.

Mentre Sarada e gli altri si affrettano a evacuare la gente dell'isola, Boruto diventa ansioso quando scopre che sono minacciati dalla fortezza mobile, che è dotata di una potente arma. Kagura, Hebiichigo e Kyoho si presentano per assistere Boruto, Kawaki e Buntan. Insieme, fanno il possibile per distruggere l'arma per proteggere i loro amici, ma sono ostacolati da Tenma e sono costretti a combatterlo.

Boruto joins Ikada as he sails to a factory where they can get a component needed for ship repair. He is impressed by Ikada’s excellent piloting abilities. Ikada reveals that he left home despite the protests of his family to look for work that involved ships. That was when he met Kajiki and found his dream of becoming a great ship carpenter. They spot a ship that has been in an accident, and while working together to save the passengers, Boruto sees something unbelievable.

In retaliation against Boruto and his friends for destroying Tenma’s mobile fortress, the pirates land on the Isle of Shipbuilders. Funamushi, a follower of the Funato Clan, attacks Kagura, hoping to capture him alive so that he can use him as a bargaining chip. Kagura fights back using the Hiramekarei—the twin swords that the Sixth Mizukage Chojuro entrusted to him—but Funamushi is a formidable foe. Meanwhile, Seiren appears before Boruto and torments him with her persistent attacks. Can Boruto find his way out of this predicament?!

As Boruto and the others ready their plan, they learn that one enemy unit is heading to the village ahead of the rest. Since they haven’t finished making preparations, the village will be in danger, so they hurry to evacuate everyone. Kagura worries that they won’t have enough people to fight. Just in case, he releases the curse placed on Buntan, Hebiichigo, and Kyoho, temporarily setting them free. Hesitantly, they agree to fight alongside Kagura and Boruto.

Despite children being present, Funamushi fights fiercely with disregard for the damage he causes. Meanwhile, Araumi is informed by his eldest son Isari that his adopted son Tenma has died in battle. With his daughter already hovering between life and death, he explodes with rage. He declares that he will be taking full command in the battles to come.

Araumi is furious about the loss of family members and many of his subordinates during the battles so far. He officially declares war against the Land of Water. Upon hearing this, Mizukage decides to fight him to the bitter end. As war between the Land of Water and the pirates becomes inevitable, Boruto is confused by Ikada’s decision to fight the Land of Water. He does everything he can to prevent any more casualties, and Sarada and Mitsuki assist him in his efforts.

Boruto, Sarada, and Mitsuki go meet with Ikada, who has now sided against the Land of Water. Boruto tries talking to Ikada as a friend to get him to stop fighting. But since Boruto is responsible for what happened to his sister Seiren, Ikada refuses to listen. Even still, Boruto persistently tries to reason with him. Ikada coldly proposes a certain condition.

Boruto and the others return safely to the Leaf Village. While Naruto informs Team 7 of events that have occurred in the Hidden Mist since they left, Boruto and Kawaki get into an argument over whether or not Ikada should be punished.

Naruto has been asked to play himself in the popular Evil Jammer Kagemasa shinobi movie series. Konohamaru ends up playing the role in his place. Since this is his first movie appearance and the fact that he will be playing the Seventh Hokage, someone he looks up to, Konohamaru goes all out. However, he’s troubled when production doesn’t quite go as he expected. Upon hearing something from the assistant director, he proposes something to make the movie more enjoyable.

Mitsuki worries when Mikazuki the cat goes missing. Mitsuki, Boruto, and Sarada are assisting with the village patrol at the request of the police department, which is having difficulty investigating a strange series of attacks. From morning until night, Mitsuki spends his days on patrol, when one day, he sees Mikazuki being cared for by another person and being called by another name!

Kawaki enrolls at the Ninja Academy and begins classes as a freshman with Himawari and the others. But it’s actually a secret mission to protect a princess from assassins. This is kept a secret because she’s come from abroad to study. Since it is a personal request from Naruto, Kawaki decides to attend the academy hesitantly, where the students are younger than him. Kawaki’s difficult school life with an unreliable teacher named Hana Kaka and his unique young classmates begins!

After learning about the “Seven Mysteries” at the Ninja Academy, Himawari and several of her classmates decide to go investigate at night. Kae is among the participants, so Kawaki has no choice but to go along. But he learns that Kae does not believe in the Seven Wonders and is trying to create a fake phenomenon for the students who are looking forward to the expedition. Seeing Kae’s eagerness and excitement, Kawaki decides to help her until the end, but then something mysterious and unexpected occurs.

Osuka Kamakura is kidnapped for ransom along with Himawari. When the ringleader finds out she’s the daughter of the Hokage, he starts thinking of ways to use her to his advantage as well. Meanwhile, Kawaki does what he can to locate Himawari and Osuka with the help of Kae and Neon Asakusa

The assassin targeting Kae has finally been revealed. Because of their previous clashes, Kawaki knows they are a powerful foe. He decides to chase after the assassin by himself to prevent putting any more students in danger. But Kawaki finds it difficult to do that without knowing where the assassin is; what’s more, his classmates desire to work together to chase down the assassin and save Kae. And so, the entire class begins their pursuit!