The special anime adaptation of Boruto screened at Shueisha’s by-invitation anime event Jump Special Anime Festa 2016. It was also included with the Naruto Ultimate Ninja Storm Legacy video game (Released July 27 Japan, Aug 25 Overseas).

입학식 날 사고를 쳐서 입학하자마자 2주간의 정학 처분을 받은 보루토.

마침내 정학이 풀려서 첫 등교를 하지만 반 친구들이 보루토를 바라보는 시선이 곱지가 않다. 그렇게 큰 사고를 쳤는데 호카게의 아들이란 이유로 너무도 가벼운 처분을 받았다고 생각하는 것이었다.하지만 천방지축인 보루토는 반 친구들의 그런 곱지 않은 시선도 아랑곳 않고 평소처럼 발랄하게 지내려 한다. 그런데 인술 실력은 타의 추종을 불허할 정도임에도 일반 과목 성적이 낙제점이라 두 번이나 졸업시험에서 탈락한 이와베가 보루토에게 시비를 걸어 오는데...

처음엔 아카데미 주변에서만 일어나던 고스트 빙의 사건이 점차 장소도 넓어지고 빈도도 잦아지자 나뭇잎 마을에는 비상이 걸린다. 학교로 등교하던 보루토 일행은 아카데미에서 낙제당한 애가 그에 대한 앙심 때문인지 길거리에서 마구 날뛰는 걸 발견한다. 그런데 보루토는 그 아이 역시 고스트 빙의로 의심되는 이상한 차크라에 둘러싸인 걸 확인하고 고스트의 실체를 밝히기 위해 달려든다. 처음엔 거칠게 반항하던 불량아지만 보루토와 이와베의 협공에 당황해서 연막을 피우고 달아나 버린다. 보루토와 아이들은 황급히 불량아의 뒤를 쫓는데 달려가 보니 마을에서 처음 보는 아이가 이미 그 불량아를 처치한 후였다.그 아이는 아카데미로 전학 온 소리 마을의 미츠키라는 수수께끼의 아이인데...

고스트에 씌어 버린 시노는 이성을 잃고 나루토를 포함한 세 아이들을 해치려 한다. 처음에는 어리둥절해 있던 보루토와 아이들도 상황이 심상치 않음을 직감하고 자신들이 무슨 잘못을 했는지도 모른 채 시노에게 일단 싹싹 빈다. 하지만 사과 같은 걸 받을 생각이라곤 전혀 없는 시노는 필살기를 써서 아이들을 공격한다.그때 보루토가 시노의 주변을 감싸고 있는 고스트를 발견하고 그제서야 상황이 파악이 된다. 하지만 상급 닌자급의 실력을 지닌 시노인 만큼 아이들 셋이 힘을 합쳐도 승산이 없음을 알고 일단 달아나는데...

3인 1조를 짜서 장애물을 넘어 목표 지점까지 도착하는 시간을 재는 훈련에서 보루토와 같은 조인 덴키가 뒤쳐진다. 그러자 당연히 덴키는 남겨두고 두 사람만이라도 먼저 골인을 해야 한다고 생각했던 미츠키는 보루토의 행동에 또 한 번 놀란다. 제한 시간을 넘기는 걸 무릅쓰고 덴키와 함께 가기 위해 덴키를 돕는 모습에서 다시 한 번 깊은 인상을 받은 것이다. 한편 고스트가 사람이 조종하는 것이란 사실이 탄로난 이후로 고스트 사건은 일어나지 않는다. 어른들도 움직이기 시작했으니 우리는 이쯤에서 발을 빼자는 말에 보루토는 여전히 고집을 굽히지 않는데...