Antes de empezar en la Academia Ninja, Boruto conoce a un chico llamado Denki, que está siendo forzado a estudiar en la academia y convertirse en ninja por el bien de la empresa de su padre.

Shino parece poseído por el mismo fenómeno que ya afectó a otros habitantes de la aldea, lo que hace que libere su ira contra los alumnos problemáticos: Boruto, Shikadai y Mitsuki. Los tres jóvenes no tienen opciones contra un jounin como Shino, con el profesor queriendo matarlos de verdad.

Boruto investiga la causa de que solo él pueda ver la misteriosa sombra que afecta a los habitantes de la ciudad. La respuesta parece clara para algunos: despertó su Byakugan.

Boruto comprueba con su abuelo y su tía si el poder que despertó en su ojo es el Byakugan, aunque los resultados parecen no satisfacerle. Mientras tanto, una nueva sombra aparece en la ciudad.

Boruto, Shikadai y Mitsuki investigan por su cuenta el caso de la misteriosa sombra, a la que han llamado Ghost. Aprovecharán unas prácticas de experiencia laboral para recorrer la ciudad buscando pistas.