Il Villaggio della Foglia si trova nel Paese del Fuoco, una delle cinque Grandi Nazioni Ninja. E' qui che vive Boruto Uzumaki, figlio del capovillaggio e Settimo Hokage, Naruto Uzumaki. Un giorno, Boruto difende Denki Kaminarimon, ricattato da dei compagni e troppo debole per affrontarli. Il primo giorno di scuola Boruto rivede Denki, e nota che il suo chakra è anomalo e il ragazzo ha dei comportamenti strani.

Il maestro Shino Aburame propne una sfida alla classe: dovranno dividersi in due squadre, una maschile e una femminile, e prendere una bandiera posta in cima al tetto della scuola. Boruto e la sua squadra cercano di raggiungere il tetto e prendere la bandiera prima della squadra delle ragazze, capitanate da Sarada e Chocho, ma quando Boruto tenta di compiere una Tecnica del Richiamo, succede qualcosa di imprevisto.

Le indagini rivelano che gli incidenti avvenuti nel Villaggio sono dovuti alle trame di qualcuno che agisce per portare avanti le volontà di Danzo Shimura, creatore e leader della Radice. Boruto riesce a usare il potere del suo occhio per entrare nel mondo parallelo in cui si è nascosto il colpevole, possessore del Gozu Tennou, un'arma che utilizza la Nue, una bestia in grado di distruggere il Villaggio. Boruto cerca di convincerlo a cambiare idea, ma riuscirà a cambiare il passato con la forza delle sue parole?

Sarada si impegna a consegnare un orsacchiotto a una bambina in ospedale, ma lo dimentica sul treno e va nel panico, tanto che arriva a salire sul tetto del treno, cosa inaudita per lei, che aveva sempre criticato Boruto per questo motivo. Ma Chocho si accorge di Sarada, e la accompagna all'ufficio oggetti smarriti. Il bagaglio viene recuperato, ma...

Sasuke invia un messaggio a Naruto, informandolo dell'esistenza di un uomo con lo Sharingan. Appena ricevuta la notizia, Naruto si mette in viaggio per incontrare Sasuke. Contemporaneamente, Sarada, rosa dai dubbi su chi sia la sua vera madre, si unisce a Chocho, intenzionata a trovare il suo vero padre. Saputo che anche Naruto è in viaggio per trovare Sasuke, le bambine si uniscono a lui, ma il pericolo incombe su di loro...

Kagura finalmente accetta di ereditare Rombosogliola da Chojuro, ma finisce per diventare involontariamente parte di un piano architettato da Shizuma Hoshigaki un ninja che vuole tornare al passato insanguinato.

Boruto implora Kagura di cambiare idea e rinunciare alla rivolta, ma il ragazzo rifiuta e lo attacca. Boruto fa di tutto per risparmiarlo, ma Kagura sembra incapace di resistere alle parole di Shizuma. Tuttavia qualcuno interrompe la loro battaglia: è Mitsuki, che avuto una soffiata su quanto sta succedendo. Chi è stato a informarlo e riuscirà Boruto a salvare Kagura?

Boruto e compagni vanno in campeggio per catturare la misteriosa Carpa Eterna, che si dice sia squisita. Ormai l'esame finale è alle porte e questa potrebbe essere l'ultima occasione per tutta la classe di ritrovarsi assieme, quindi Boruto è decisissimo a catturare il pesce, ma la carpa non è dello stesso parere...

Boruto and his classmates take their first step as genin and start forming their basic shinobi three-man squads. The members are matched according to their ability and compatibility. Boruto was counting on teaming up with Shikadai, but is disappointed when he opts to be part of the "Ino-Shika-Cho" trio, like his dad. Boruto finds himself teamed up with Sarada and Mitsuki. Since he and Sarada have issues with this matchup, they file a direct appeal to the Hokage to overturn this decision.

During the protests, the Byakuya Gang attacks Katasuke's research center, which has been developing new technology for Scientific Ninja Tools. Shikadai figures out what the Byakuya Gang's goal is and rushes after them in pursuit with Boruto close by. Even a weak "pawn" can become strong in one move—what are the two friends who bonded through shogi seeking?

Metal's father, Rock Lee, announces that he will train Metal to master the ultimate taijutsu technique, the Eight Inner Gates. The thought that he cannot fail this training fills Metal with anxiety, and he ends up buying an item that's supposed to calm his nerves. But it doesn't work, and his father ends up postponing the training. He then runs into Might Guy, his father's mentor and a hero of the Fourth Great Ninja War.

Kokuyou confronts Boruto and the others. Kokuyou, whose only goal is to become strong, is so powerful that he's taken down the Leaf ninja pursuing Mitsuki. He easily drives Boruto and his team into a corner. Just then, backup appears. Boruto and his friends manage to overcome Kokuyou, and finally catch with up Mitsuki.