Dopo la sospensione dovuta all'incidente del primo giorno di scuola, Boruto fa il suo ingresso all'Accademia. I suoi compagni lo tengono in disparte perché è il figlio del Settimo Hokage e si è già beccato una sospensione. Iwabei Yuino, uno dei suoi compagni, lo sfida. Allievo di grande talento nel combattimento, è però ripetente e ha un brutto carattere. Inizialmente Boruto lo ignora, ma quando vede che se la prende con Denki che lo pregava di smetterla, le cose cambiano.

Un nuovo studente, Mitsuki, si è appena trasferito dal Villaggio del Suono a quello della Foglia. Batte senza alcun problema Iwabei e mostra la sua avilità nello studio risolvendo formule complesse. Nè Boruto, né i compagni riescono però a capire cosa pensi. Ma quando un operaio impegnato nelle riparazioni impazzisce, Mitsuki inizia a mormorare strane parole.

I casi del Fantasma improvvisamente smettono di verificarsi, per lo stupore di Boruto e compagni, ma Mitsuki sembra saperne di più. Il ragazzo si rende conto di essere cambiato e chiede consiglio agli amici per risolvere una questione... Ma poco dopo, un misterioso chakra si diffonde per il Villaggio...

Il Villaggio della Foglia è in presa all'eccitazione per il prossimo Summit dei Kage. Boruto sa che i controlli di sicurezza sono severissimi, ma ha comunque in mente uno dei suoi scherzi. Intanto Sarada ha deciso di diventare Hokage e si allena duramente, mentre a porte chiuse, i Cinque Kage discutono delle informazioni riservate riferite da Sasuke su Kaguya Otsutsuki.

Tsurushi Hachiya, un ex compagno di Kagura rapisce Denki per provocare Boruto. Quest'ultimo si unisce a Kagura per salvare l'amico, e insieme affrontano Hachiya e la sua gang, ma durante il confronto viene rivelata la verità su Kagura.