病にかかったナルトを救うため、サスケが“烈陀国（レダクこく）”にある古い天体観測施設“タタル天文学研究所”へとやってきた。ほかとは隔絶されたこの場所では、なぜか絶滅したはずの生き物“竜獣（りゅうじゅう）”の一種、“瑪瑙（めのう）”が闊歩し、この竜獣を監視役に、囚人たちが過酷な労働を強いられていた。囚人のひとりとして研究所に潜入したサスケは、かつてナルトと同じ病に悩まされていた“忍宗（にんしゅう）の祖・六道仙人（りくどうせんにん）”がこの地で病を治したという古代の記録をもとに、治療のための手がかりをつかもうとしていた。

協力し合い極粒子に関する情報を集めるサスケとサクラ。だがいまだに謎は多く、そのありかを見つけられずにいた。そんな中サスケは同房の囚人の言葉から極粒子のありかを示す手がかりをつかみ、一方のサクラも、以前、囚人のひとりと勝負した“星ならべ”というゲームから天体絵図の謎を解くヒントを見つける。ようやく必要な情報が集まり、いよいよ極粒子を手に入れようとするふたりだが……?