2017年7月25日、突如、羽田国際空港上空に謎の巨大立方体が現れ、離陸準備に入っていた旅客機が乗客もろとも飲み込まれてしまう。未曾有の事態に困惑する日本政府。果たして、偶然乗り合わせていた外務省の交渉官・真道幸路朗らを含む乗客の運命は。そして、謎の巨大立方体の正体と目的とは。

謎の巨大立方体『カド』から現れたヤハクィザシュニナ、そして、外務省の交渉官・真道幸路朗。真道を介し、ヤハクィザシュニナが日本国政府との直接交信を望んでいることを知り、ざわめく政府首脳陣。三時間後と決まった歴史的な交信に向け、日本国政府は、とある国際交渉官に白羽の矢を立てる。

巨大立方体『カド』から再び姿を現した謎の存在・ヤハクィザシュニナと外務省の交渉官・真道幸路朗は、日本政府の代表として交渉にあたる国際交渉官・徭沙羅花と初めて言葉を交わす。

報道陣への全面公開の元、人類とヤハクィザシュニナの対話が始まる――。

『カド』に取り込まれていた乗客の解放が始まった。一方で、ヤハクィザシュニナより日本政府へ、電力を無尽蔵に発生させる異方の物体『ワム』が供与された。人類の技術を超えた『ワム』をめぐり、日本政府はどう動くのか。世界の注目が集まる――。

ヤハクィザシュニナが日本政府へ供与した、電力を無尽蔵に発生させる異方の物体『ワム』。

国連安保理は国連主導でのワムの厳重管理を主張、制裁をチラつかせ、日本に即時提出を要求する。

岐路に立たされた首相・犬束構造に、真道が持ち込んだ方策とは――。

ヤハクィザシュニナと真道幸路朗の依頼により、理論物理学者・品輪彼方は『ワム』の製造法を習得。

覚悟を決めた犬束首相は、その方法を全世界に公表した。

世界がどよめく中、真道らは、羽田空港を占拠し続けるカドに対し、ある計画を立ち上げ解決に乗り出す。

『ワム』の製造法公開で社会が揺れる中、真道幸路朗は羽田空港を占拠し続けるカドの移転計画に尽力。各所の協力の下カドは無事、狭山湖へ移動した。

だが、息つく間もなく、ヤハクィザシュニナは、新たな異方の物体を真道に見せる。

その驚くべき機能とは――。

言野匠はカド内部でヤハクィザシュニナを取材。そこで目にしたのは人類に異方の感覚を与え、睡眠をも不要とする装置『サンサ』であった。

その一方で、交渉官・徭沙羅花は「ヤハクィザシュニナを、異方に帰したい」と、真道幸路朗に自身の望みを伝えるがー。

SETTENの言野匠は、ヤハクィザシュニナと共に異方の装置『サンサ』の映像を世界配信した。一方、徭沙羅花が打ち明けた、人類と世界の尊厳を守りたいという想いが、真道幸路朗の胸中に一石を投じ、真道はザシュニナと話すべくカド内部へ向かうのだがー。

ワムとサンサが世界を席巻する中、ヤハクィザシュニナは真道幸路朗に更なる異方の物体を提示し、異方存在の本質的な欲求を告白する。しかし彼の動きに疑念を抱く国際交渉官の徭沙羅花は、性急すぎる人類の進化に異議を唱え、遂にザシュニナと対峙した。

ヤハクィザシュニナの企みを阻止すべく力を振るうも敗れた徭沙羅花は、隔絶空間で深手を負った真道幸路朗の傷を癒しながら、この宇宙に降り立った想いを打ち明けた。一方ザシュニナは複製真道とともに『ナノミスハイン』を人類へと広め始めた。

人類の異方変換を企むヤハクィザシュニナを阻止すべく、品輪彼方らの力を借りて、密かに備える真道幸路朗たち。「双方の望みを叶える」という真道の策は、人類を正解へと導けるのかー？拡がり始めたカドに世界が混乱する中、最後の“交渉”が今、始まるー。