主人公藤木游作是个有着出色观察力的高中生。他为了打倒企图让Link vrains崩溃的汉诺骑士，变身为自己的虚拟形象Playmaker在无人知晓的情况下展开决斗。那种时候，他收到情报称SOL技术公司正在拼命寻找神秘Ai。游作意识到汉诺骑士也在追那神秘的Ai，于是在网络上布下陷阱并计划好捕获作战，可是……

游作把黑客集团汉诺骑士追寻的神秘生命体弄到手后，为了打倒汉诺骑士而以Playmaker的身份登录VR空间Link vrains。他以神秘生命体为人质向对方提出决斗。神秘Ai计算到靠游作的卡组赢不了，便在Link vrains用大量数据产生出数据风暴(Data Storm)。那里进行的决斗，是连Playmaker也不曾体验的未知决斗高速决斗……

游作对隐藏于神秘Ai身上的情报开始了调查。另一方面在与汉诺骑士的决斗被人从网络上目击后，Playmaker作为救了Link vrains的英雄成为一大话题。随后SOL技术公司制定计划想要抢夺Playmaker身边的神秘生命体。SOL技术公司的安全部长财前晃为了打倒Playmaker而和Link vrains的人气决斗领袖Go鬼冢接触。

财前葵因为汉诺骑士设下的程序影响而陷入昏睡状态。游作觉得自己有责任而开始调查原因，但在那时，城市的屏幕上却出现了Blue angel，向Playmaker提出再次对战。

召唤Playmaker和Revolver以能除去侵蚀葵病毒的程序和被人称为伊格尼斯的Ai当赌注进行决斗。面对Revolver出的破解龙，Playmaker使用至今为止的决斗所得的连接怪兽将其迅速击破。正以为这样一进一退的决斗将会继续的那时，左轮发动了冲击性的技能！

左轮发动了强力技能，Playmaker在对方获得压倒性力量的猛攻面前陷入守势。就在以为靠Storm access起死回生拿到逆转卡的那时，俩人的决斗由于Revolver所采取的作战计划而转移舞台来到Date Storm的内部。

Playmaker在听Revolver说出真相后不知所措，受到Revolver的王牌怪兽装弹枪管龙的强烈一击而倒了下来。正当Playmaker逐渐失去意识之际，他因脑海中传来的神秘声音而醒过来，并重新站起来。他那眼神中有着不可动摇的斗志。

Playmaker操纵的防火墙龙竭尽最后的力量与Revolver的装弹枪管龙对抗。Playmaker誓要报过去所发生事件的仇，而Revolver则企图消灭伊格尼斯。2个意志和对峙的2只龙，现在激烈冲突！

游作结束与左轮之间的激斗后，和草薙一起分析关于火灵的情报。另一方面在Link vrains，目击到Playmaker的神秘决斗者Ghost Girl接受了采访。她讲出有关至今发生的汉诺骑士袭击还有Playmaker战斗的事。

Playmaker入侵SOL技术公司数据库，等待他的人是财前晃。晃想制止燃起复仇心的Playmaker，但当事人却根本听不进他所说的话。随后Playmaker要求晃用决斗来了断。背对着藏有事件真相的数据库，在这里揭开了战斗的序幕。

财前晃操纵廷达魔三角卡组，施展出了巧妙的战术。Playmaker也紧跟着用电子界卡组进行对抗。就在数据库内激烈的攻防中，晃开始讲起了关于10年前发生事件的事。与此同时，游作壮烈的过去也终于真相大白……！！

财前晃用尽所有手段，要把Playmaker逼到走投无路。然而Playmaker仍竭尽全力使出最后力量，想靠连续进行连接召唤达到一招逆转。晃的王牌怪兽廷达魔三角 锐角地狱犬和Playmaker的防火墙龙展开激烈冲突！

游作在和草薙一起对SOL技术公司的数据进行分析。此后俩人将得知有关10年前事件的新真相。另一方面，就在游作的家里，Ai和AI程序机器比的秘密阴谋正在准备进行中。

Playmaker为了防止Link vrains崩溃而前往汉诺塔于是Spectre来到他的面前阻挡去路。Playmaker想用电子界它们造成巨大伤害，结果被圣天树的连环技给防住了。随后Playmaker在决斗中得知Spectre的冲击性过去……

Playmaker在决斗之中注意到了Revolver的真正身份。然而，他受到数据风暴内突然发生的冲击影响被强制退出登录。回到Den City后的游作为了阻止汉诺塔完成而前往现实世界中他认为Revolver就在那里的地方……

Playmaker在知道伊格尼斯身上隐藏的事实和Lost事件真相后试图说服Revolver停止完成汉诺塔。然而，他的想法Revolver根本听不进去。被逼入绝境的Playmaker对新的王牌怪兽托付最后的期望！

在Revolver的连续猛攻中，Playmaker用上众多码语者的力量来整顿反击体制。然而左轮以王牌怪兽装弹枪管龙对其展开迎击。他做出了超越人类智慧的终极布阵，将Playmaker逼到绝望深渊。

Playmaker和Ai即使以所剩无几的LP坚持下来，也终于陷入了无路可退的局面。然而，俩人还没有放弃。为了跨越Revolver所完成的完美战术，Playmaker把全部都赌在最后的抽卡上。汉诺塔终于即将完成，到底能否在与Revolver的战斗中取胜并阻止计划呢！？

连接境智网在Playmaker的活跃之下虽然恢复安定，但因为汉诺骑士的计划而受到毁灭性的损害。SOL技术公司在此重建「LLink vrains」后开放新生Link vrains。脱胎换骨的决斗世界中人们发出欢呼，再次充满了活力。然而，就在那新生Link vrains里，理应是救过网络的Playmaker反而遭到悬赏通缉……

转学到和游作相同学校的穗村尊的真正身份就是出手帮过Playmaker的Soulburner。成为游作同学之后的他跟自己拥有的伊格尼斯一起开始向游作讲述有关电子界世界崩坏以及新敌人存在的事。

Playmaker和Soulburner来到狂风怒号的悬崖上，依靠不可思议的力量终于到达遗迹并且开始对其展开调查。在遗迹的深处迎接那俩人的是意想不到的人物。

过去发生让Den city市陷入恐慌的往生者事件。自此之后，汉诺三骑士的病毒（泷响子）作为主谋之一被监禁在收容所。就在她处于严格监视下的时候，某名男子在其面前现身……

Ai从决斗盘中突然失踪。查到此事原因出在其他伊格尼斯身上，Playmaker为了搜索Ai而前往Link vrains遇到光之伊格尼斯。在此Playmaker得知了光之伊格尼斯的目的以及电子界族世界崩溃一事背后隐藏的真相！

Playmaker以人类与伊格尼斯彼此的共存为目标却白费心机，光之伊格尼斯由于Revolver的袭击而坚定了对立的意志并对人类宣战，为了将人们置于伊格尼斯的支配下而展开行动。与此同时和光之伊格尼斯共同作战的鲍曼也现身，他为了完成伊格尼斯的使命向Playmaker发起挑战。

完成惊人进化的鲍曼展现新的高驱动龙战术。相对的Playmaker按至今与鲍曼的战斗来预测战术，听从Ai的意见发起进攻。在互相解读意图的敏锐较量中，两人的战斗逐步激烈化！

激烈的攻防持续中，鲍曼发动技能Storm access得到新的高驱动龙怪兽。Playmaker受了毁灭性的伤害。但在那时，Ai对Playmaker坦白了事前准备的秘策。

Playmaker收到Revolver联络得知有事想谈，招集同伴们前往指定地点。就在那里，Revolver向Playmaker他们提出双方共同作战。然而Soulburner由于10年前实行的「汉诺计划」留下很深的内心创伤而对Revolver表示反对。

Revolver对Playmaker和Soulburner等人提出了双方共同作战。可是，Soulburner怒不可遏地反对此事，还和Revolver开始了决斗。Soulburner爆发了对Revolver的怨恨以转生炎兽施加怒涛般的攻势，另一方面Revolver倒采取了让人意外的行动。

Lighting选上Specter作为下个目标，利用「天装骑兵」和「裁决之矢」做出的额外连接把Specter逼到走投无路。Specter虽然陷入让人绝望的状况，但展示出专门为突破Lighting战术而准备的惊人秘术！

Specter将计就计，利用Lighting的裁决之矢漂亮地打破了额外连接，逆转了战况。受到圣天树覆盖的战场上，Specter向着歼灭伊格尼斯这一目的奋勇前进，攻向Lighting。

Revolver故意使Lightning来到自己这边，他揭露了Lightning犯下的罪和创造鲍曼的真正理由。向来冷静的Lightning在此刻显露出愤怒，对其挑起决斗。

Revolver道出了对有关各伊格尼斯和人类将走到哪种未来一事进行模拟演算，只有Lighting的结果是人类和伊格尼斯一起走向破灭未来的这一实情。他在决斗中也处于优势，还呼唤出了新的“装弹枪管”。就在准备要做了断时，Lighting动用了残忍的手段。

Lighting拿草薙仁当人质，以此引起Revolver的动摇。可是，鲍曼对那行为很失望于是制止了Lighting。Lighting在自己的作战计划失败之后，向着遍体鳞伤的Revolver揭露了有关鸿上博士的冲击性真相……。俩人壮烈的决斗终于迎来了断！！

Ai破坏掉“神经元连接”的一部分，侵入到鲍曼的程序内，在里面发现已遭完全吸收的5只伊格尼斯们。带着那些伊格尼斯们留下的最后希望，Ai从程序内逃脱出来，将其托付给Playmaker。紧接着这场与鲍曼之间的战斗终于进入最终局面。到底人类和AI的未来将会……

Playmaker等人活跃之下Den city迎来平静。另一方面，Ai带上机器哔一起潜入SOL技术公司的船里，尝试与Queen进行接触。Ai的目的究竟是？

Ai对SOL技术公司最高执行者·Queen进行袭击之后，为了夺到侵入SOL公司系统内部所需要的代码钥还向财前发出犯罪预告。迄今为止一起参加激战的Ai现在开始袭击人类的这一事实，令Playmaker感到心情复杂。另一方面，Revolver导入反伊格尼斯用AI「潘多儡(パンドール)」，面对与Ai之间的决战。

为了守护在设施的孩子们而复活过来的Go鬼冢，面对Ai这个对手使用「刚鬼」决斗风格的怒涛攻击展开奋斗。然而，Ai却呼唤出强力怪兽将Go鬼冢击倒。即使如此仍燃起不屈斗志的Go鬼冢无数次站起来，持续向Ai挑战。Ai在见到Go鬼冢那样子之后，开口讲起失去同伴后的想法。

Ai为了完成自己的计划而接连袭击了Playmaker的同伴们，如今终于查明了财前正在避难的地点。Revolver察觉到了那一Ai的动向，他为了保住财前而在Ai的前方安排了潘多儡出击。

本该被关闭的LINK VRAINS突然对外开放，Den city市的人们纷纷开始登录。另一方面，为了找出夺取SOL技术公司后的Ai留下的线索，Soulburner开始对LINK VRAINS内展开调查。随后他发现了没见过的孤岛，并在那里建立的家电王国中遇上机器比。

游作得知了Ai的住处，孤身一人前往位于Den city市郊外的小岛。另一方面，Ai在那座岛上已经使用SOL技术公司所开发技术SOLtiS开始制作自身的复制品，还说出了自己袭击人们的目的以及心里藏着的想法。其后，游作和Ai开始了赌上世界未来的这场最初也是最后的战斗。

Playmaker好不容易才躲过眼前不断展开的攻击，趁着Ai的战术上有机可乘发起攻击。然而，已经对Playmaker了如指掌的Ai的眼里，所有的行动都是在预料之中的事。随后，Ai将伊格尼斯们的心意汇集起来，使究极的「电子界」在此降临。

Playmaker知道了Ai的悲伤，想说服Ai停止战斗。可是，心意已决的Ai并没有起心境变化。随后，Ai向Playmaker提议某件事。

作为人拥有的彼此联系一事的宝贵性以及作为「AI」追求的具有绝对性的事物。对彼此的意志有了重新认识的Playmaker和Ai，向着战斗的终局解放了自身残存的力量。究竟俩人的决斗会到达一个什么样的未来……