Yuna Yuki, sahabatnya Mimori Togo, dan saudara perempuan Fu dan Itsuki Inubozaki, semuanya adalah anggota Klub Pahlawan Sekolah Menengah Sanshu, yang didedikasikan untuk membantu mereka yang memintanya melalui situs web mereka. Selama kelas suatu hari, setelah masing-masing menerima pesan 'peringatan hutan' yang aneh di ponsel mereka, keempat gadis itu menemukan waktu tiba-tiba berhenti di sekitar mereka sebelum mereka diselimuti oleh cahaya berwarna pelangi, segera menemukan diri mereka di hutan berwarna-warni yang aneh.

Dengan Vertex yang mampu memulihkan lukanya, Fu meminta Yuna dan Itsuki melakukan ritual penyegelan untuk mengekspos intinya. Bekerja sama, Fu dan Yuna berhasil menghancurkan inti, mengalahkan Vertex dan mengembalikan semua orang ke dunia nyata. Keesokan harinya, Fu menjelaskan bahwa dia ditugaskan oleh organisasinya, Taisha, untuk memberikan kandidat pahlawan kekuatan untuk melawan dua belas Vertex yang mengancam Shinju. Mimori, frustrasi karena dia tidak bisa membantu semua orang selama pertempuran, mengarahkan kemarahannya pada Fu karena merahasiakan hal-hal dari semua orang, tetapi Yuna berhasil sedikit menghibur. Gadis-gadis itu segera dibawa ke pertempuran lain saat tiga Vertex lagi muncul, menggunakan serangan gabungan untuk mencegah mereka melakukan ritual penyegelan.

Sebulan setelah pertemuan terakhir mereka, para gadis bersiap untuk menghadapi Vertex kelima, hanya untuk pahlawan lain bernama Karin Miyoshi tiba-tiba muncul dan mengalahkannya sendirian. Keesokan harinya, Karin pindah ke kelas Yuna dan Mimori, mengklaim dirinya sebagai pahlawan terlatih yang dikirim untuk mengawasi para pemula. Dia dengan enggan bergabung dengan Klub Pahlawan, meskipun keras kepala untuk berteman dengan yang lain. Akhir pekan itu, ketika gadis-gadis itu berencana untuk bertemu di suatu tempat, Karin melewatkannya, merasa dia tidak boleh tersesat dari tugasnya sebagai pahlawan. Malamnya, gadis-gadis itu muncul di apartemen Karin, mengungkapkan bahwa mereka telah merencanakan untuk mengejutkannya dengan pesta ulang tahun. Di penghujung hari, Karin mulai bergaul dengan mereka.

Itsuki, yang gugup saat bernyanyi di depan orang lain, cemas akan ujian yang akan datang, jadi Klub Pahlawan memutuskan untuk pergi ke karaoke untuk membantu meningkatkan kepercayaan dirinya. Sementara itu, Fu terkesima dengan pesan dari Taisha yang menyuruhnya untuk mengharapkan yang terburuk. Saat dia terus berjuang dengan kegelisahannya, Itsuki memikirkan beban yang dibebankan pada Fu, yang telah merawatnya sejak orang tua mereka meninggal. Kemudian, saat Fu menyesalkan Itsuki terlibat dengan Vertex, Itsuki meyakinkannya bahwa dia merasa senang bisa bertarung bersamanya. Pada hari ujiannya, Itsuki menemukan surat dari semua orang yang mendorongnya untuk melakukan yang terbaik, memungkinkannya bernyanyi dengan percaya diri dan memberinya tujuan menjadi seorang penyanyi. Segera setelah itu, ketika Fu memikirkan skenario terburuk, penghutanan lain muncul.

Menghadapi ketujuh Vertex yang tersisa, gadis-gadis itu mulai bertarung melawan yang pertama, hanya untuk ditangkap oleh yang lain, yang menggunakan bel keras untuk melumpuhkan mereka. Itsuki berhasil menghentikan bel, tetapi kemudian tiga Vertex bergabung untuk membentuk satu Vertex yang lebih kuat, terbukti tahan terhadap serangan mereka. Tidak mau menyerah, Fu dan Mimori menggunakan kartu truf mereka, bentuk Mankai, untuk mengalahkan Vertex gabungan, sementara Itsuki menggunakan bentuk Mankai-nya untuk menghentikan Vertex yang lebih kecil dan lebih cepat dari mencapai Shinju. Fu kemudian mempertaruhkan dirinya untuk mengulur waktu bagi yang lain untuk menyegel Vertex yang tersisa, yang intinya ditemukan sebagai yang besar yang diposisikan di stratosfer. Yuna dan Mimori pergi ke luar angkasa bersama untuk melawan inti, menggunakan bentuk Mankai mereka untuk menghancurkannya.

Setelah menerima pemeriksaan di rumah sakit setelah pertempuran mereka melawan Vertex, Fu terungkap telah kehilangan beberapa penglihatan di mata kirinya sementara Itsuki kehilangan suaranya, yang keduanya dianggap sebagai gejala sementara yang disebabkan oleh kelelahan pertempuran. Namun, setelah mengetahui Yuna juga kehilangan indera perasa dan telinga kirinya sendiri menjadi tuli, Mimori khawatir bahwa gejala ini bisa menjadi efek samping dari bentuk Mankai dan menghubungi Fu tentang hal itu. Sementara itu, Karin, yang tidak terpengaruh sejak dia tidak menggunakan bentuk Mankai, telah menghindari pergi ke ruang klub, karena dia takut dia tidak lagi memiliki tujuan apapun sekarang setelah Vertex hilang. Namun, Yuna berhasil menemukannya dan meyakinkannya bahwa, meski tidak ada yang bertarung, Klub Pahlawan akan tetap berjalan seperti biasanya.

Taisha menghadiahi gadis-gadis itu dengan perjalanan yang semua biayanya dibayar ke penginapan sumber air panas selama liburan musim panas mereka. Gadis-gadis menikmati hari di pantai, menikmati makanan lezat, bersantai di sumber air panas, dan menceritakan beberapa kisah hantu. Keesokan paginya, Mimori mengenang tentang pita yang dia pegang ketika dia kehilangan ingatannya dalam suatu kecelakaan dan bertanya-tanya apakah pertempuran mereka benar-benar berakhir. Setelah kelompok kembali ke rumah, membuat rencana untuk festival budaya dalam perjalanan kembali, Fu dipanggil ke ruang klub di mana dia menemukan ponsel transformasi lama semua orang, serta peri baru untuk dirinya sendiri, dengan Taisha memperingatkannya bahwa serangan lain akan terjadi. mengharapkan.

Setelah Fu memberi tahu yang lain bahwa pertempuran mereka belum berakhir, dengan setiap gadis selain Karin menerima peri tambahan, gadis-gadis itu segera menghadapi perhutanan lain. Menemukan Vertex yang tersisa, menemukannya dipenuhi dengan inti, Yuna dengan cepat membuangnya menggunakan kekuatan peri barunya, menyebabkan beberapa kekhawatiran di antara teman-temannya. Ketika hutan menghilang, Yuna dan Mimori akhirnya terpisah dari yang lain, dipanggil oleh seorang gadis yang dirawat di rumah sakit, yang mengungkapkan dirinya sebagai mantan pahlawan bernama Sonoko Nogi. Sonoko mengungkapkan kepada mereka rahasia Sistem Pahlawan, di mana para pahlawan secara permanen kehilangan penggunaan fungsi tubuh sebagai ganti kekuatan yang diberikan oleh bentuk Mankai, selanjutnya mengungkapkan bahwa para pahlawan secara efektif dikorbankan untuk Shinju yang tidak pernah bisa mati.

Yuna dan Mimori menyampaikan apa yang telah mereka pelajari dari Sonoko ke Fu, yang meminta mereka untuk tidak memberi tahu Itsuki dan Karin sampai mereka tahu pasti. Meskipun mendengar dari guru wali kelas Itsuki bagaimana Itsuki menderita karena suaranya yang hilang, Fu tetap menyangkal, berharap semuanya pada akhirnya akan menjadi lebih baik. Namun, keesokan harinya, Mimori mengungkapkan kepada Yuna dan Fu bahwa peri mereka sebenarnya diciptakan untuk mencegah mereka dari kematian, bahkan dengan bunuh diri, membuktikan bahwa semua yang dikatakan Sonoko kepada mereka adalah benar dan gejala mereka permanen. Hal ini menyebabkan Fu menjadi tertekan, mengetahui bahwa suara Itsuki tidak akan pernah kembali dan dia tidak akan pernah mencapai mimpinya menjadi seorang penyanyi. Marah karena melibatkan semua orang, Fu berusaha menghancurkan Taisha, bahkan bersiap untuk bertempur melalui Karin sampai akhir

Mimori mengingat peristiwa setelah kehilangan ingatannya, termasuk pertemuan pertamanya dengan Yuna dan bagaimana mereka bergabung dengan Klub Pahlawan. Setelah menemukan kaki dan ingatannya hilang karena bentuk Mankai dan bahwa segala sesuatu mulai dari standar hidupnya hingga pindah ke dekat Yuna diatur oleh Taisha, Mimori sekali lagi mendekati Sonoko, yang memberi tahu dia sifat sebenarnya dari dunia. Menyelidiki penghalang tersembunyi yang menghadap ke seberang Shinju, Mimori masuk ke dalam untuk menemukan lanskap neraka yang dipenuhi dengan Vertex yang lebih kecil yang membangun kembali Vertex yang sudah dikalahkan, menghukum para pahlawan untuk terus bertarung sampai mereka benar-benar cacat. Tidak ingin yang lain menderita seperti Sonoko, Mimori percaya satu-satunya solusi adalah menghancurkan Shinju dan membuat lubang di penghalang, melepaskan beberapa Vertex yang lebih kecil ke dalam hutan.

Mempelajari Mimori adalah pusat wabah Vertex, Yuna dan Karin mengejarnya ke dalam penghalang, mempelajari apa yang telah dipelajari Mimori sendiri. Sebelum mereka dapat mencoba berunding dengan Mimori, yang percaya menghancurkan Shinju adalah satu-satunya cara untuk menyelamatkan teman-temannya dari penderitaan, Yuna dan Karin terpaksa mundur dari Vertex.

Yuna dipaksa untuk melawan Mimori, yang tidak tahan kehilangan ingatannya tentang semua orang seperti yang dia lakukan dengan Sonoko, atau dilupakan tentang dirinya sendiri. Namun, Yuna menyatakan tekadnya untuk tidak pernah melupakan Mimori dan berhasil menghentikannya. Dengan serangan terakhir Vertex menuju Shinju, semua gadis, terlepas dari penderitaan yang disebabkan oleh bentuk Mankai mereka, bersatu untuk memblokir serangan, dengan Yuna memberikan pukulan terakhir tepat pada waktunya, setelah peri mereka menghilang, mengakhiri peran mereka sebagai pahlawan.

Era Para Dewa, tahun 298, dua tahun sebelum "Yuki Yuna adalah Pahlawan." Sumi Washio (kelas 6) yang dipilih oleh Shinjyu, adalah pahlawan yang melindungi dunia bersama teman-teman sekelasnya, Sonoko Nogi dan Gin Minowa. Sepertinya Sonoko dan Gin adalah pembuat masalah karena mereka bisa jadi bodoh atau terlalu energik. Sumi senang dia harus memimpin dua lainnya, tapi ...

Tim pahlawan Sumi Washio, Sonoko Nogi, dan Gin Minowa belum bisa bersatu karena tidak punya banyak waktu untuk persiapan. Maka, mereka memutuskan untuk memilih seorang pemimpin dan memperkuat persatuan mereka dengan melakukan pemusatan latihan. Sumi melihat dirinya sebagai pemimpin, tapi gurunya, Bu Aki menunjuk Sonoko sebagai pemimpin...

Tiga gadis, Sumi Washio, Sonoko Nogi, dan Gin Minowa, yang sekarang memiliki persatuan yang lebih kuat, bekerja keras untuk memenuhi peran mereka sebagai pahlawan. Itu bagian dari pekerjaan mereka untuk beristirahat juga. Mereka bertiga mulai menikmati istirahat sejenak.

Sumi Washio, Sonoko Nogi, dan Gin Minowa akan pergi ke kelas perjalanan sekolah dasar mereka. Mereka bertiga mengalami krisis karena aksi lanjutan Vertex yang seolah-olah menghancurkan kehidupan sehari-hari mereka yang menyenangkan.

Sistem Pahlawan maju untuk mempersiapkan pertempuran dengan musuh yang meningkat. Namun, itu terlalu brutal untuk ditanggung oleh gadis-gadis di kelas 6 SD. Namun demikian, gadis-gadis bekerja keras untuk memenuhi peran mereka.

Akhirnya, pertempuran klimaks telah dimulai. Para pahlawan memenuhi peran mereka dengan penuh kekuatan baru. Bunga-bunga bermekaran dengan indah. Nasib macam apa yang akan menunggu mereka di masa depan...

Yuna Yuki dan yang lainnya di Klub Pahlawan Sekolah Menengah Sanshu bekerja keras dalam kegiatan klub mereka, dan menjalani kehidupan sehari-hari mereka seperti biasa.

Pada bagian ini Yuki dan teman-temannya sangat bekerja keras

Sesuatu yang mengejutkan terjadi lagi pada Klub Pahlawan.

Ada sesuatu yang ditulis dalam buku harian tertentu.

Yuuki Yuuna makes a major life decision.

Jeritan para pahlawan bergema ke langit.

Para anggota Klub Pahlawan berharap untuk melanjutkan kehidupan normal mereka. Dan itu berarti aktivitas menyenangkan seperti latihan band, karaoke, pertandingan airsoft, dan perjalanan berkemah!

Kembali di Era Ilahi Tahun 298, Taisha mengumpulkan sekelompok kandidat. Salah satu dari mereka akan menjadi pahlawan berikutnya, dan Mebuki akan memastikan bahwa itu adalah dia.

Para Penjaga memiliki tugas yang berbahaya. Meskipun kepemimpinan Mebuki telah mencegah kematian, tidak semua orang bertahan. Mereka yang pergi digantikan seolah-olah mereka hanyalah alat.

Sentinel tidak memiliki kekuatan pahlawan, tetapi mereka memiliki satu sama lain. Ketika Vertex tiba-tiba menyerang, Mebuki dan timnya menghadapi pertempuran yang tidak seperti sebelumnya.

Keluarga Sonoko memiliki The Hero Annals selama beberapa generasi. Ketika dia mempercayakannya ke Klub Pahlawan, mereka belajar tentang pahlawan pertama yang membela umat manusia melawan Vertex.

Orang-orang kejam, fakta yang sangat disadari oleh Chikage.

Dua sahabat dengan perspektif berbeda tiba di persimpangan jalan, dan konflik pun tak terhindarkan. Dan ketika konflik terjadi, konsekuensi mengikuti.

Apa artinya menjadi pahlawan? Wakaba dan Yuna akan segera mengetahuinya.

Karin mengamuk terhadap para dewa yang mengutuk Yuna, tetapi mereka tidak menjawab ketika dia mengeluarkan tantangan dari luar penghalang. Sebaliknya, dia menemukan Sentinel dan saingan lama.

Para Pahlawan memulai misi terakhir mereka, tetapi mereka bukan satu-satunya yang bertarung hari itu. Sementara mereka bertempur melawan musuh, para Sentinel memegang garis.

Togo akan melakukan apa saja untuk menyelamatkan Mimori, bahkan jika itu berarti menentang kehendak para dewa.

Yuki Yuna adalah Pahlawan.