Hiraga Joseph Kou e Roberto Nicholas são enviados à abadia de São Rosário, no norte do México, para investigar uma suposta concepção imaculada de uma jovem freira, a Irmã Dolores. Naquela mesma noite, porém, um dos padres da abadia é encontrado terrivelmente morto e, pouco depois, um novo aparente milagre ocorre.

O milagre das lágrimas da pedra é facilmente explicado, mas novos assassinatos provocam São Rosário. Joseph e Roberto acham que parte das respostas pode estar na história antiga da abadia, mas a hostilidade dos outros padres não permite que eles investiguem mais.

Segredos obscuros emergem do passado enquanto Joseph e Roberto continuam investigando sobre a cadeia de mortes em São Rosário. Enquanto isso, uma suposta possessão demoníaca revela-se algo muito mais terrível, sob o qual os dois padres do Vaticano começam a entender a verdadeira natureza de São Rosário.

Joseph e Nicholas finalmente descobriram a verdade sobre a suposta Imaculada Conceição, que se passa nos últimos dias da Segunda Guerra Mundial, quando de um moribundo Terceiro Reich alguém já estava espalhando as sementes para o nascimento de um Quarto.

Ao relembrar seu primeiro encontro com Lauren, Joseph lembra de um caso antigo ainda sob investigação depois de muitos anos: o caso de um homem e uma aposta com o Diabo. Um dom infernal pode ser usado para um bom propósito e para a busca da felicidade?

Joseph e Roberto viajam para a África Central para investigar um caso de corpo incorruptível de um clarividente morto há muito tempo, Padre John Jones. As primeiras análises parecem comprovar o milagre, tanto quanto o verdadeiro dom do padre falecido. No entanto, enquanto Joseph é fascinado pelo espírito santo do principal sacerdote da igreja, Padre Julia, Roberto, ao contrário, vê na última profecia de Jones um destino sombrio esperando por ele.

A busca desesperada de Roberto para explicar o milagre, e assim evitar a profecia sobre sua morte iminente, chegará ao ponto de colocar em risco sua própria alma, mais do que sua vida.

Apesar da salvação de Roberto, os milagres em torno das profecias de John Jones e do corpo incorruptível parecem acima de qualquer dúvida. Porém, a verdade está bem na infância de Roberto, e o que parecia ser o espírito mais santo se revelará algo completamente diferente.

Inúmeros milagres parecem acontecer em um pequeno vilarejo perto de Florença, na Itália. Joseph e Roberto, ao investigá-los, encontram vestígios de uma antiga e obscura lenda: o Palhaço Caçador de Cabeças que assombra as matas ao redor da vila.

As investigações pessoais de Joseph e Roberto sobre o assassinato na igreja logo encontram uma conexão com um caso antigo ocorrido em 1985. Enquanto isso, Suskins revela que provavelmente ainda vivo Julia, o Palhaço Caçador de Cabeças, e Galdoune podem estar conectados.

Seguindo a mesma rota da infeliz expedição de 1985, Joseph, Roberto, Suskins e Bafi finalmente encontram o esconderijo de Galdoune. No entanto, depois de descobrirem as verdadeiras ambições da organização, a fé dos dois padres é dramaticamente posta à prova: eles estão prontos para vender suas almas em troca de ver seus sonhos mais profundos realizados?

Enquanto enfrenta seus aparentemente últimos momentos na Terra, Ryota começa a pensar em sua vida, marcada desde a infância por três homens encapuzados que o visitavam cada vez que alguém próximo a ele estava à beira da morte. Haverá lugar para um verdadeiro milagre desta vez?

The flyer from this year's AnimeJapan 2017 event revealed that Vatican Kiseki Chousakan will receive an OVA episode.