调查全世界“奇迹”真伪的奇迹调查官，平贺·约瑟夫·庚与罗伯托·尼古拉斯·尼古拉斯。他们被扫罗大主教，命令去圣罗萨里奥教会调查。那是主张“怀上了神之子”的修女·多洛丽丝的处女受孕的真伪，还有找到了印证恶魔崇拜疑惑的“蛇之符契”的碎片。在现场开始调查的两人，感到了教会中有不稳定的气氛

在圣罗萨里奥教会，一个神父被杀了。第二天，圣母像流泪，在寄宿学校的学生马里奥一副恍惚的状态说出神谕。平贺和罗伯托调查不断发生的“奇迹”的真伪。那个时候，学生卡洛斯似乎在害怕着什么闭关在自己的宿舍里。此时，事件再次发生，这次神父和修女两个人被杀了。然而平贺发现了一连串的杀人事件的共通点，但……。

的暗部神父被杀事件再次发生。平贺和罗伯托为了寻求线索，潜入了创办了寄宿学校后死亡的米海尔·伯朗主教的房间，但在那里却发现了表示恶魔崇拜的符契碎片。第二天，卡洛斯一副被恶魔附身的状态突然狂暴起来。平贺和罗伯托拿着圣水，决定尝试除魔。不久后，恢复平静的卡洛斯说着，也可称为圣罗萨里奥教会的黑暗事实。

平贺和罗伯托正在向于圣罗萨里奥教会发生的连续杀人事件的真相靠近。罗伯托着手于解读从米海尔·伯朗主教的房间拿出来的古代卢恩文字编著的书，在那里找到了记载着与一切事件相关的事实。米海尔·伯朗主教的真实身份，还有，被隐藏了半世纪以上的圣罗萨里奥教会的真实身份又会是……！？

情报局的劳伦·迪卢卡，一边在自己的房间与平贺玩着“天使与恶魔的游戏”，一边怀念着过去——。数年前的劳伦，作为重要人物被拘束在梵蒂冈。在那里规定必须与神父的对话，但没有信仰心的劳伦为了减少苦痛，指明要估计和自己的智商对等的平贺。平贺主动向劳伦提出以“天使与恶魔的游戏”决胜负，并说起了关于在少年时代遭遇的“奇迹”……。

平贺和罗伯托被命令去调查新的奇迹。那是在非洲索夫玛共和国作为预言家而被人所知的，约翰·乔丹神父的遗体不腐败之谜。马上赶赴索夫玛的两人，在那里遭遇到了被施展咒术仪式的女性的杀害现场。在不稳定的氛围中，访问约翰所在的圣加尔默罗教会后，负责人朱利亚司祭便出现了。犹如大天使般美丽，还举行医疗活动的朱利亚，受到了许多人的尊敬。

在生前所遗留的诗中，约翰预言了罗伯托的死。因此事而内心动摇的罗伯托，在被许可入室的教会图书室中被大量的旧书所吸引，并埋头于调查之中。另一方面，帮忙朱利亚诊疗的平贺，完全被他的人格魅力所倾迷。朱利亚罗伯托把在图书室的“被诅咒的旧书”带出来的事情告诉给了平贺。三册一套的书籍，据说一旦触碰就会被夺去灵魂。

被杀害的参孙神父的尸体，在咒术仪式的祭坛上被发现。那时，在教会的讲堂作家基德从约翰的“最后的语言”中，警告火山将喷发让人们动摇。对于诉说约翰是真正的圣人的基德，罗伯托以独自检证为参考做起反对。论战的最后，使基德逼入绝境的罗伯托，已经抓出了约翰并非圣人的证据。罗伯托将解明的，约翰的奇迹和杀人事件的真相是……！？

在托斯卡纳地区的蒙特村的圣埃里吉斯教会，发生着不知从哪响起角笛声，教会内被虹色之光所包围——那样的奇迹。平贺和罗伯托前去调查，但教会的托洛内斯司祭展现出一副拒绝奇迹认定的态度。不可思议的现象，为何会发生？平贺记录奇迹的影像和声音，科学地分析。另一方面，罗伯托在教会的书库调查时，发现了用镜像文字书写的两本旧书。第二天，在礼拜堂一名少年的残害的尸体被发现了。

在调查中的教会发生了少年杀害事件。平贺从被害者血液的分析中，查明了少年曾在严酷的环境。另一方面，打算调查村庄的孩子们唱着的民谣的罗伯托，在调查时得知了曾发生过32年都没解决的杀人事件。那是年轻团体的一人被“斩首小丑”杀害的事件，而托洛内斯司祭也是那些伙伴的一人。去拜访被害者·卡尔洛的家的罗伯托，得到了他当时拍摄的影像。

平贺和罗伯托感觉“斩首小丑”引发的事件和32年前发生的杀人事件有关系。于是与比尔·萨斯金搜查官等人一同前往事件发生的森林里调查。一行来到有民间故事的井中，井底与地下通道相连。打开机关门后来到的地方，是秘密的工场。明确了在教会发生的奇迹现象和杀人事件，原因都在于这个工场。但是，在调查的瞬间，平贺和罗伯托面前出现了意想不到的人物。

被通知平贺的弟弟·良太的病情急变。于渐渐变弱的意识中，良太回顾起过去的日子。良太从小就能看见披着面纱的三个男人的姿态。预言人的死亡的他们的存在让良太十分痛苦，但此事也没告诉哥哥，不久在入院的医院里，自己的任务变成了为了将死之人献上祈祷。那时，良太在医院的图书馆里，与温和微笑的一个少年相遇。

The flyer from this year's AnimeJapan 2017 event revealed that Vatican Kiseki Chousakan will receive an OVA episode.