ある夏の日のこと。七瀬武は部室棟で、見たことがない制服を着た少女・相羽六が倒れるのを目撃する。意識を失いかけている六を介抱するため、保健室まで運ぶ武だったが、意識が戻った六に不審者と勘違いされてしまう。お互いの立場の違いか、今ひとつかみ合わない会話の中、何とか誤解は解けそうになるも、そこに怪しい集団が現われ六を連れ去ろうとするのだった。

魔法使いの少女・六と出会ったことにより、武、くるみ、伊田の3人もまた魔法使いになってしまった。そのため、武たちも六と同様にゴーストトレーラーという怪しい集団に狙われることになる。ゴーストトレーラーから身を守るため、六に連れられ現存世界から崩壊世界へやってきた武たち。そこには、崩壊したもうひとつの東京があり、六が通うすばる魔法学院もあった。

魔法の勉強をするため、すばる魔法学院に編入した武たち。ある日の授業前、六は英語教師・ヴァイオレットから占いチケットを譲ってもらい、くるみを誘うことに。どうやら的中率97%を誇る人気の占い師で、恋占いが得意らしい。六と出会ってからの武の変化に思うところがあったくるみは、一人で占ってもらいに行くのだが…

魔力をコントロールするため朝練をしている武と伊田。そこへくるみがやってきて、六が昨日から寮へ戻ってこないと言うのだ。部屋に残された地図から、ひとりで兄の十を連れ戻しに行ったと察した武は、六を捜しに行きたいと言い出す。一氏先生から、崩壊世界では、今、トレイラーとの大規模な戦闘が行われており、校長不在中、武たちを戦場へ送るわけにはいかないと言われて……。

系統魔法一斉試験の成績次第で、六の兄・十の奪還作戦への参加を正式に認められることになった武たち。試験会場の各所では、生物魔法、破壊魔法、神速魔法といった系統魔法ごとの試験が行われていた。武が受ける試験は、幻術魔法で作られた街中のある建物を目指すというもの。途中、さまざまな妨害があり、回避魔法で突破していくのだが、その試験は思いの外、前途多難だった。

系統魔法試験で上位に残った武たちは、約束通り十の奪還作戦に同行することになる。学院長・桃花によって連れてこられた場所には、鷲津と十の姿があった。桃花は鷲津と、武たちは十と、それぞれの闘いがまさに始まろうとしていた。しかし、なんとしても十を連れ帰りたいという想いが強い六は……。

毎晩のように悪夢を見る武。ある日、めまいでふらつき、そのまま倒れてしまう。七海によれば、ひどい過労と睡眠不足とのこと。保健室で休んでいると、武の周りで異変が起こる。ベッドの脇に少女が立ち、武から魔力を吸収しているのだ。武の異変に気づいた七海は、武が悪夢を見ることになった原因を伝える。それは……。

4月になり、すばる魔法学院は新入生たちで賑わっていた。その中には、伊田の妹・二葉の姿も。二葉は伊田とのちょっとしたことが原因で魔法使いになってしまったとか。また、新入生の中には、武の弟・月光の姿もあった。魔法使いになった説明を求めても、そのうちといってはぐらかす月光。そんなある日、思いもよらぬ出来事が起きる。

先の大戦以来眠り続けていたゴーストトレイラー頭首・龍泉寺和馬が目覚めた。これにより、第二次魔法大戦の幕が開ける。そして、すばる魔法学院に突如現れた赤い竜・ワイバーン。轟音と共に窓ガラスは割れ、悲鳴が響き渡る。混乱が起きる中、赤いコートを着た者たちが現れ、次々と生徒を倒していく。いったい何が起きているのか……。

ゴーストトレイラーだった月光に、くるみとトワイライトを奪われた武。ひどい怪我を負い、キャメロットというコミュニティの妃えなたちに助けられる。現在、無事だった生徒はウィザードブレス本部に集められているというが、武の体が本調子になるまではここでお世話になることに。あるとき、えなと十の会話を偶然、武が聞いてしまい……。

くるみを助けるためにキャメロットで訓練を続ける武。その頃、くるみはゴーストトレイラーの本部の一室で月光と対峙していた。一瞬の隙を突き、一室から逃げ出したくるみ。鬼ごっことばかりにトワイライトを携えた月光が追いかけてくる。逃げる途中、くるみは狼神と出会う。くるみがここにいることに疑問を持った狼神は……。

武がキャメロットでの特訓を終えて自宅に戻ってくると、中から月光が出てくる。月光の右手や手にしたトワイライトは返り血で染まっており、以前、武がトワイライトによって見た悪夢が現実に起きてしまったのだ。正当防衛だと言いながら、自分の母親に手をかけた月光。自分の大切な人たちが傷つけられていくことに怒りを隠せない武は、ついに月光との決着をつけることを決意する。