Des décennies ont passé depuis que le Graal Supérieur a été enlevé de Fuyuki. L'Association des Mages demande à Kairi Sisigou de participer à la Guerre du Saint Graal.

S'étonnant de cette convocation inhabituelle, Ruler se rend sur le champ de bataille de Trifas, en Roumanie, pour prendre la tête de la Guerre du Saint Graal.

S'étant réveillé dans une cuve, un jeune homoncule essaie de s'échapper. Alors que ses forces commencent à manquer, le Rider des Noirs apparaît.

Le Berserker des Rouges approche la forteresse de la Faction des Noirs. Le clan Yggdmillennia et ses Servants se saisissent de l'occasion et passent à l'action.

Saber des Noirs disparaît après avoir donné son cœur au jeune homoncule. Ruler jure de tout faire pour lui procurer la liberté.

Croyant qu'un Servant pourrait être derrière les meurtres atroces qui terrorisent la Roumanie, l'Association des Mages envoie Kairi pour voir ce qu'il en est.

Fiore combat Sisigou après être revenue à Sighișoara à la poursuite de l'Assassin des Noirs. Confrontée au danger, une figure familière la rejoint.

La Guerre du Saint Graal entre dans une nouvelle phase quand les Factions Rouge et Noire s'engagent dans un conflit mortel. Ruler et Sieg sont prêts à se battre.

Alors que la bataille fait rage, le Rider des Rouges découvre l'identité de l'Archer des Noirs et le force à combattre son ancien maître.

Sieg est prêt à combattre un ennemi formidable pour protéger son sauveteur, le Rider des Noirs. Bien que faible, il est bientôt rejoint par un Berserker des Noirs.

Ruler et la Faction Noire se précipitent à la poursuite de la Faction Rouge qui est désormais en possession du Graal Supérieur.

Sieg reconnaît qu'il ne peut pas renoncer à son désir d'aider ses frères, et le Rider des Noirs le soutient en cela. Jusqu'à ce qu'apparaisse Celenike.

Malgré l'admiration aveugle que voue Roche à Avicebron, le Caster des Noirs révèle au garçon les raisons pour lesquelles il s'est retourné contre la Faction des Noirs.

Pour arrêter Shiro, Fiore, chef du clan Yggdmillennia, propose à Sisigou et à d'autres d'attaquer ensemble les Jardins Suspendus.

Quand le mystérieux Jack l'Éventreur refait surface pour massacrer d'autres mages, Fiore conçoit un plan pour coincer le tueur.

Arpentant les rues dans le but de faire sortir Jack l'Éventreur de sa cachette, Sieg et Jeanne observent les habitants et parlent de la nature humaine.

Aspirée dans le cauchemar de Jack l'Éventreur grouillant d'enfants abandonnés, Jeanne prend la terrible décision d'accorder le repos aux âmes perdues.

Les Jardins Suspendus s'éloignent, de même que l'éventualité d'une bataille finale imminente. Caules pousse Fiore à faire un choix.

L'alliance Yggdmillennia se livre aux derniers préparatifs avant de se rendre aux Jardins Suspendus. Jeanne rappelle à Sieg le pouvoir qu'il a en lui.

Chiron combat à poings nus son ancien disciple, Achille. Pendant qu'Astolfo et Sieg attaquent les Jardins Suspendus, Sieg prend une décision fatidique.

Folle de rage et ne pouvant pardonner à Ruler ce qu'elle a fait aux enfants de Jack l'Éventreur, Atalante la défie à un combat jusqu'à la mort.

L'attaque impitoyable de Sémiramis laisse Kairi et Mordred gravement blessés. Shakespeare fait faire à Jeanne un pénible voyage dans son passé.

Shiro déclare qu'il a atteint la Troisième Magie et qu'il est désormais capable de sauver le monde, mais Jeanne est persuadée qu'il se trompe.

Shiro et Sémiramis font la paix avec eux-mêmes alors que le monde s'effondre autour d'eux. Pensant changer le cours des événements, le jeune Sieg fait un choix déchirant.