후유키에서 대성배가 사라지고 수십 년이 지났다. 그리고 다시 다가온 전쟁의 서막. 마술협회는 마술사 시시고 카이리에게 성배대전에 출전하라는 명을 전한다.

뭔가 잘못된 게 아닐까. 이례적으로 소환된 룰러 잔 다르크는 의심을 품은 채로 성배대전의 무대 루마니아를 향해 떠난다. 흑과 적의 진영에는 차례로 서번트들이 나타난다.

스스로 깨어난 호문쿨루스 소년 하나가 실험실에서 탈출하려 한다. 궁지에 몰린 그를 구해주는 이는 흑의 라이더. 전장으로 향하던 룰러는 암살 위기에 처한다.

누군가의 희생으로 생명을 얻은 호문쿨루스 소년. 룰러는 최선을 다해 그의 자유와 생명을 지키겠다고 맹세한다. 전력에 차질이 생긴 흑의 진영은 돌파구를 모색한다.

정체 모를 살인자가 마술사들을 잔인하게 죽이고 있다. 범인을 알아내기 위해 시시고를 파견한 마술협회. 서번트와 수사를 시작한 그는 생각보다 강한 적을 만난다.

시시고와 싸우다 위기를 맞은 피오레. 낯익은 인물이 나타나 그녀를 구해준다. 농장에서 지내던 호문쿨루스 소년 지크는 진정 어떤 삶을 살고 싶은지 고뇌에 빠진다.

드디어 전면전이 시작된다. 모든 전력과 능력을 쏟으며 진군하는 적과 흑의 진영. 그 전쟁터 한가운데서 누군가는 오랜 인연과 재회하고, 누군가는 자신의 소명을 찾는다.

한때는 스승과 제자, 지금은 운명을 걸고 싸워야 하는 적과 흑의 서번트. 전투는 점점 달아오르고, 지크는 누군가의 외침을 듣는다. 그가 응할 수밖에 없는 목소리를.

감당할 수 없는 적과 마주한 지크. 오직 은인을 구하고자 싸우는 그를 흑의 버서커가 돕는다. 그리고 누구도 짐작하지 못한 구원자가 나타난다. 지크의 소원을 품고.

적과 흑의 랜서가 맞붙으면서 전투는 점점 치열해진다. 누구도 승리를 장담할 수 없는 싸움. 이를 지켜보던 다닉 위그드밀레니아는 승부가 걸린 계략을 꾸민다.

적의 진영이 대성배를 손에 넣었다. 적의 요새인 공중정원으로 침투하는 흑의 진영과 룰러. 자신의 영역을 떠난 흑의 랜서는 힘을 잃고, 다닉은 폭주를 시작한다.

새로운 국면으로 접어든 성배전쟁. 하지만 그 무엇보다도 먼저, 지크에게는 구해야 하는 사람들이 있다. 흑의 라이더가 그를 돕지만, 잔인한 악의가 그 길을 방해한다.

맹목적으로 캐스터를 따르던 로셰. 하지만 캐스터는 자신의 마스터와 흑의 진영 모두로부터 등을 돌린다. 왜 그래야 했던 걸까, 캐스터의 어둠 뒤에는 무엇이 있는 걸까.

시로를 막아야 한다. 위그드밀레니아 가문을 대표해 세력을 모으는 피오레. 시시고와 그의 서번트도 공격에 참여하기로 하지만, 뭔가 꿍꿍이를 감추고 있다.

다시 나타난 잭 더 리퍼. 피오레는 마술사들을 살해하는 잭 더 리퍼를 막으려고 하지만, 누구도 그 얼굴을 모른다. 잭 더 리퍼는 무엇을 위해 살인을 하는 걸까.

지크와 잔은 미끼가 되어 잭 더 리퍼를 불러내려고 한다. 마을을 돌아다니면서 처음으로 평범한 이들의 삶을 목격하는 지크. 그에게도 인간의 마음이 깃들 수 있을까.

잭 더 리퍼의 악몽 속으로 들어간 잔과 지크, 적의 아처. 그 안에는 버림받고 고통받은 아이들의 눈물이 가득하다. 그들의 영혼에 안식을. 잔은 어려운 결단을 내린다.

공중요새가 루마니아 영토를 벗어나려 한다. 그 전에 공격을 감행하려는 위그드밀레니아. 최후의 전투를 치르기 전에, 피오레 남매는 운명이 걸린 선택을 해야 한다.

위그드밀레니아 진영의 공중요새 공격이 시작된다. 각자의 소원과 욕망을 가슴에 품고 대결하는 이들. 시로는 누구도 가본 적이 없는 길을 향해 발을 내디딘다.

한때 스승과 제자였던 그들, 케이론과 아킬레우스가 맨손으로 맞붙는다. 공중요새를 향해 돌격하는 지크와 아스톨포. 서로의 마음에 보답하고자, 둘은 모든 것을 건다.

분노와 광기에 휩싸인 적의 아처. 그녀는 룰러가 한 짓을 용서할 수 없다. 한편, 전사의 명예를 걸고 일전을 벌이는 지크. 생명을 버리더라도, 그는 동료들을 지킬 것이다.

적의 어새신과 적의 세이버가 맞붙는다. 혈투 끝에 중상을 입은 적의 세이버와 마스터. 적의 캐스터는 룰러를 고통스러운 과거와 참혹한 악몽 속으로 이끈다.

제3 마법을 얻은 시로. 그 힘으로 시로는 세계를 구하겠다고 한다. 누구도 상처 입지 않는 세계를 만들겠다고. 하지만 룰러는 그것이 진정한 구원이라 믿지 않는다.

그들의 세계가 무너져내린다. 하지만 끝까지 서로의 곁에 남는 시로와 적의 어새신. 지크는 돌이킬 수 없는 운명을 바꾸고자 결단을 내린다. 인간을 위해, 그녀를 위해.