Jahrzehnte sind vergangen, seit der Gral aus Fuyuki gestohlen wurde. Die Magiervereinigung bittet Kairi Sisigou, sich im Großen Krieg um den Heiligen Gral zu beteiligen.

Trotz ihrer Zweifel in Bezug auf ihre ungewöhnliche Beschwörung begibt sich Ruler zum Kampfplatz nach Trifas in Rumänien, um den Krieg um den Heiligen Gral anzuführen.

Ein junger Homunkulus erwacht in einem Tank und versucht, zu fliehen. Gerade als ihn all seine Kräfte verlassen, wird er von Rider of Black gefunden.

Berserker of Red nähert sich der Festung der Black Faction. Der Yggdmillennia-Klan und ihre Servants nutzen die Gelegenheit und treten in Aktion.

Nachdem er dem jungen Homunkulus sein Herz gegeben hat, verschwindet Saber of Black. Ruler schwört, alles in ihrer Macht zu tun, um ihm seine Freiheit zu geben.

In dem Glauben, dass ein Servant hinter den grausamen Morden steht, die Rumänien erschüttern, entsendet die Magiervereinigung Kairi, um der Sache nachzugehen.

Der große Krieg um den Gral geht in eine neue Phase, als die Black und Red Faction auf einen kompromisslosen Konflikt zusteuern. Ruler und Sieg ziehen in den Kampf.

In den Wirren des Krieges erfährt Rider of Red, wer Archer of Black ist, und muss sich nun seinem ehemaligen Meister stellen.

Sieg kämpft gegen einen beachtlichen Feind, um seinen Retter Rider of Black zu schützen. Obwohl er geschwächt ist, gesellt sich bald Berserker of Black hinzu.

Obwohl der Kampf zwischen den Lancers of Red und Black heiß hergeht, bleibt die Situation festgefahren. Darnic hat einen Plan, wie er bekommt, was er will.

Ruler macht sich mit der Schwarzen Fraktion auf der Suche nach der Roten Fraktion, die nun im Besitz des Großartigen Grals ist, eilig in den Sky Garden auf.

Sieg gibt zu, dass er den Wunsch nicht aufgeben kann, seine Brüder zu schützen, was der schwarze Rider unterstützt – bis Celenike auftaucht.

Roches Bewunderung für Avicebron ungeachtet berichtet ihm der schwarze Caster von seinen wahren Gründen, sich gegen die schwarze Fraktion zu wenden.

Um Shiro aufzuhalten, schlägt Fiore – die Anführerin des Yggdmillenia-Klans – mit Sisigou und anderen einen gemeinsamen Angriff auf die Hängenden Gärten vor.

Als Jack the Ripper wieder auftaucht, um weitere Magi abzuschlachten, beschließt Fiore, den Mörder in eine Falle zu locken.

Als Sieg und Jeanne auf der Suche nach Jack the Ripper durch die Stadt streifen, beobachten sie die Einwohner und überlegen, was es heißt, ein Mensch zu sein.

Jeanne wird in Jack the Rippers Albtraum voller verlorener und verlassener Kinder hineingezogen und trifft die schicksalhafte Entscheidung, den Seelen Ruhe zu bringen.

Die Hängenden Gärten gelangen außer Reichweite und eine Chance auf die entscheidende Schlacht rückt immer näher. Caules drängt Fiore zu einer Entscheidung.

Der Yggdmillennia-Bund trifft seine abschließenden Vorbereitungen, bevor er sich zu den Hängenden Gärten aufmacht. Jeanne erinnert Sieg an die Kräfte in ihm.

Chiron liefert sich einen Faustkampf mit seinem ehemaligen Schüler Achilles. Als Astolfo und Sieg die Hängenden Gärten angreifen, trifft Sieg eine Entscheidung.

Atalante schäumt vor Wut und kann Ruler nicht vergeben, was sie den Kindern von Jack the Ripper angetan hat. Also fordert sie sie zu einem Kampf auf Leben und Tod heraus.

Kairi und Mordred werden bei einem gnadenlosen Angriff der Semiramis schwer verwundet. Shakespeare unternimmt mit Jeanne eine schmerzliche Reise in die Vergangenheit.

Shiro verkündet, dass er nun dank der Dritten Magie „die Welt retten“ kann. Doch Jeanne ist fest davon überzeugt, dass er sich irrt.

Während die Welt um sie herum zusammenbricht, schließen Shiro und Semiramis Frieden. Um das Schicksal zu wenden, fällt Sieg eine niederschmetternde Entscheidung.