この春、青希空（あおきそら）高校に入学した三島春来（みしま はるき）と本田塔羽（ほんだ とわ）は親友同士。遊びに来た本田が三島の家に泊まっていくこともしばしば。三島は学校近くのコンビニで、幼い頃から顔だけは知っている同級生の真四季みはる（ましき みはる）と出会う。これまで親しく話したこともなかったふたりだが、店の商品をひっくり返してしまい慌てたみはるを見かねた三島は、無言で片づけを手伝う。本田はというと、一緒にクラス委員をすることになった三橋真珠（みはし まみ）に避けられているようで……。

真面目なクラス委員長の真珠は、いい加減で軽口ばかりたたいてる本田に呆れ、避けるようになっていた。しかし本田は、放課後のコンビニでの一件でますます真珠に避けられながらも、めげずに話しかけ続ける。相変わらずなれなれしい本田に嫌気のさした真珠は、仲良くなったみはるに愚痴をこぼすと、みはるは本田と仲の良い三島に相談に乗ってもらおうと話を持ち掛ける。

ある日、本田は病院の待合室で親しげに話すみはると、同級生の佐名木凪瑳（さなぎ なさ）を見かけ、親友の三島の為に、佐名木の素性、みはるとの関係を探り始める。一方、三島は陸上部の揉め事に巻き込まれ、二年生の明日海夏（あすみ なつ）と共に、生徒会室に呼び出され、三年生で生徒会長の中島帝（なかじま みかど）と、その親友の櫻小路正宗（さくらこうじ まさむね）の前にいた。

体育祭が近づき、三島や本田たち運動部の生徒は各クラスで期待される。のせられた本田は、複数の競技に参加することに。そんな本田に呆れ顔の真珠だが、本田の一言で、男女ペアの二人三脚に参加することになってしまう。スポーツの苦手な真珠は嫌がるが、本田は真珠のために一緒に特訓を始める。体育祭に向けて活気づく中、みはるだけは寂しげな表情で……。

真珠と一緒に二人三脚に参加した本田は、真珠との距離が縮まってきたと思っていた。しかし、デートに誘ってみても真珠からの返事は……。それでも三島やみはると四人で集まる機会も増え、一緒にいる時間が増えて嬉しい本田。二人三脚の特訓のお礼がしたいと言う真珠の申し出をだしに、三島とみはるを巻き込んでＷデートに持ち込んだ本田だが、真珠の本田に対する対応は、相変わらず素っ気ないものだった……。

夏休みも終わり、文化祭、『青空祭(あおぞらさい)』が近づいていた。花火大会で真珠と良い雰囲気になった本田は、クラスの出し物の準備で真珠と一緒にいる時間が増えると浮かれていた。一方、三島もクラスの準備で段ボールを集めるため、駅前を走り回っていた……

三島は、文化祭を休んだみはるを気にしつつ、親しくなった中島が生徒会の引き継ぎで忙しく、疲れていることも気になっていた。その生徒会の次期役員選挙では、三島のクラスでは、中島の幼馴染の木崎和架(きさき　わか)に立候補を促しているのだが……。

順調に距離を縮めていく本田と真珠。ただ、それは二人の間だけで、お互いに家族に対して悩みを抱えていた。本田は母親との関係。真珠は本田との交際を家族に話せずにいる事。そんな時に、それぞれの家族で悩み事が表面化してきて……。

気持ちが通じ合ったはずの本田と真珠だったが、それぞれの抱えた悩みから、お互いの気持ちがすれ違っていく。そんな二人のことを気にかける三島とみはるは、自分達のことには触れずに、二人の為に何かできることはないかと相談を重ねる。

新学期が始まってから、部活の水泳になぜか気の入らない三島。元の雰囲気に戻ったはずのみはるとの関係にも物足りなさを感じていた。そんな時、みはるが学校を続けて休むようになり、心配で仕方のない三島であったが連絡をとれずにいた……。

みはるが入院して、心配と不安でいっぱいの三島は、病室に通い続けていた。本田や真珠も、みはるのことはもちろんのこと、そんな三島のことも気にかけていた。あるとき、みはるの母から三島は、幼いころの、あの日のできごとにまつわる話を聞く。幼い頃から三島が大切にしてきた思い出の真相とは?

手術のため、休学して別の病院に転院することになるみはるは、手術に対する不安と、仲良くなったみんなと別れる寂しさを感じていた。そんなみはるを見た三島は、ある決意のもと、水泳部のレギュラーとして初めての大会に出るが、その日は、みはるの転院の日だった。大会に臨む三島は、本田にあるものを託す。