El melancólico y desmotivado Kiyotaka Ayanokouji asiste a su primer día a la Academia Tokyo Koudo Ikusei, una institución establecida por el gobierno para formar a una generación de los mejores y más brillantes de Japón. Se dice que en esta escuela todo se decide en función de los méritos, lo que incluye la generosa asignación mensual de puntos que los estudiantes pueden gastar en las tiendas locales. A medida que Ayanokouji empieza a desenvolverse en este sistema, también entabla una curiosa relación con la distante compañera de fuera Suzune Horikita y con la terminantemente gregaria Kikyou Kushida.

Los alumnos de la clase 1-D se han quedado de piedra tras saber la verdad sobre el sistema de puntos con el que evalúa la escuela a sus alumnos. Tienen que cambiar sus hábitos si quieren puntuar. Pero algunos alumnos se niegan a cambiar aunque se enfrenten a la expulsión.

Kiyotaka le explica a Suzune lo que hizo los últimos tres días antes del examen. Y por qué todos obtienen tan buenas notas en los exámenes. Pero Sudo suspende los exámenes de todos modos y va a ser expulsado.

Ha habido un ligero retraso en la entrega de puntos y parece ser que se ha debido a un incidente violento dentro del recinto escolar. Tres estudiantes de la clase 1-C denuncian a Sudo por atacarles.

Kiyotaka y Kushida van con la Sakura al centro comercial donde la Sakura intentará reparar su cámara. Después, Kiyotaka habla con Sakura sobre la situación de Sudo y si debe hablar de lo que vio.

Con el caso de Sudo aún por decidir si es inocente o no, ahora también hay un nuevo problema: la supuesta veracidad tras las palabras de Airi. Kiyotaka y Suzune intentan encontrar pruebas que absuelvan Sudo.

Incluso durante las vacaciones de verano, la solitaria Horikita prefiere quedarse encerrada en su habitación estudiando que relacionarse con los demás. Un día, Ayanokouji la invita a ir la piscina con otros compañeros.

La escuela entera va a realizar un viaje repleto de lujos en un crucero por cortesía de la dirección. Chabashira informa a Kiyotaka de que alguien ha pedido su expulsión. Si no ayuda a los demás a ascender a la clase A, aprovechará la primera oportunidad para expulsarlo.

Como parte de una prueba especial, la escuela ha llevado a los estudiantes a una isla tropical deshabitada donde deben vivir durante una semana. Su rendimiento en la prueba puede tener un enorme impacto en la clasificación de puntos de las cuatro clases.

La clase D ha logrado cierto grado de unidad al enfrentarse a la prueba especial, por lo que Ayanokouji y Horikita se dirigen a ver cómo se llevan las otras clases. La clase B está trabajando en conjunto para lograr una vida cómoda, mientras que la clase A se mantiene en secreto.

Con el incidente del ladrón de bragas ya erosionando la confianza de la clase D, Horikita descubre que le han robado su tarjeta de líder. Mientras intentan averiguar quién lo ha hecho, el campamento base se sume en el caos debido a un incendio intencionado.

La prueba de supervivencia está llegando a su fin. Las cosas no pintan bien para la clase 1-D debido al robo de la tarjeta de líder. Y ahora Suzune se ve obligada a retirarse debido a su enfermedad. Kiyotaka intentará cambiar las cosas.

Tras el examen en la isla parece que la calma se avecina y todos podrán descansar un poco, pero el barco en el que parten será el escenario de una nueva prueba especial donde todas las clases se mezclarán en grupos.

Ayanokoji está discutiendo con Hirata y los demás para salir del atolladero cuando le llega un mensaje de texto a su teléfono móvil. Horikita se siente cada vez más frustrada por el contenido. Mientras tanto, Ayanokoji se siente incómoda con el comportamiento de Karuizawa y pide a Horikita información sobre ella.

Las chicas de la clase C continúan acosando a Karuizawa. Ayanokoji aprovechará esa situación para tramar un plan que le acerque a su objetivo.

Comienza el segundo trimestre en el que todas las clases se enfrentarán en el festival deportivo. Nuevamente, los alumnos de la clase D no logran ponerse de acuerdo en la estrategia para afrontar la prueba.

Da comienzo el festival deportivo, donde Sudo y Horikita serán piezas clave para ganar. Sin embargo, los planes se torcerán como siempre.

Sudo escapa enojado del festival deportivo después de enfrentarse con los estudiantes de la clase D. Fue Horikita quien lo persiguió. Horikita, quien detiene a Sudo y establece un lugar para la discusión, trata pacientemente de enfrentarlo, a pesar de que recibe la oposición de Sudo.

Después de que termina la ceremonia de entrega del presidente del consejo estudiantil, Ayanokoji recibe una llamada repentina de Sato. Mientras tanto, se anuncian los resultados de la prueba parcial y la clase D logra cero deserciones. Sin embargo, según Chabashira, lo real radica en un examen final especial conocido como "Paper Shuffle".

Kushida sigue obsesionada con expulsar a Horikita y a Ayanokoji del instituto, así que los tres harán un acuerdo que zanjará todo el asunto en la próxima prueba.

Comienza el Paper Shuffle con el examen de matemáticas, donde se resolverá la apuesta entre Kushida y Horikita.

Todos los estudiantes aprobaron el Paper Shuffle. Mientras observan a Honami Ichinose y Arisu Sakayanagi pasar el rato, el grupo de Ayanokoji nota que todo sobre Honami es perfecto, lo que les resulta inquietante; para derrotar a la Clase C, deciden apuntar a Honami. Un estudiante de la Clase C sigue a Kei.

Ryuen sigue obsesionado buscando quién mueve los hilos en la clase D y acorrala junto a sus matones a Koenji a la salida de clase para conseguir información.

Karuizawa se niega a darle el nombre de Ayanokoji a Ryuen por mucho que la torture, pero pronto llegará alguien para ayudarla.

Sato invita a una cita a Ayanokoji por Navidad y le pide consejo a Karuizawa para organizarla. Al final terminarán teniendo una cita doble junto a Hirata.

Ayanokoji y su clase se enfrentan a la primera prueba tras haber ascendido a la clase C. En esta ocasión, volverán a dividirse en grupos mixtos mientras conviven en la montaña.

Se acerca el último día de la concentración de grupos mixtos y el grupo de Ayanokoji parece que comienza a entenderse. Sin embargo, Koenji sigue actuando por libre.

Sakayanagi se ha propuesto acabar con Ichinose y comienza a difundir toda clase de rumores sobre ella por la escuela. Ayanokoji prefiere mantenerse al margen, pero Horikita insiste en ayudarla.

Kei queda con Ayanokoji en secreto para regalarle chocolate por San Valentín, pero son descubiertos por Hashimoto de la clase A, quien empieza a hacerles preguntas.

Los rumores se extienden por toda la escuela justo el día que Ichinose decide regresar a clase. Sakayanagi aprovechará para hacer un ataque directo contra Ichinose delante de todos.

Tras superar los exámenes finales y terminar el curso sin expulsiones, el instituto decide crear una prueba extraordinaria para forzar la expulsión de un alumno de la clase.

El ambiente de la clase se ha vuelto muy tenso tras la noticia de la última prueba y se empiezan a crear grupos privados para decidir a quién expulsar.

Horikita pone a Yamauchi contra las cuerdas y expone las razones por las que él debería ser la persona expulsada de la clase C en lugar de Ayanokoji.

Sakayanagi le confiesa a Ayanokoji la estrategia que siguió la clase A para evitar que Ayanokoji fuera expulsado y pudieran enfrentarse en un duelo justo.

Hirata sigue traumatizado por la expulsión de Yamauchi y su actitud comienza a causar problemas a la clase antes de la prueba contra la clase A.

Comienza el enfrentamiento directo con la clase A con Ayanokoji y Sakayanagi como comandantes al cargo de la prueba final del curso.

Termina el curso y llega la graduación. Ayanokoji se despide de Manabu Horikita y, como muchos de sus compañeros, piensa nuevamente en el futuro.

Ayanokoji recibe dos nuevos retos claros para el nuevo curso y expande sus horizontes preparándose para aprender sobre algo nuevo.