Il malinconico e immotivato Kiyotaka Ayanokouji frequenta il suo primo giorno alla Tokyo Metropoiltan Advanced Nurturing High School, un'istituzione stabilita dal governo per formare una generazione dei migliori e più brillanti giapponesi. In questa scuola, si dice, tutto si decide in base al merito, compresa la generosa indennità mensile di "punti" che gli studenti possono spendere nei negozi locali. Quando Ayanokouji inizia a navigare in questo sistema, coltiva anche curiose relazioni con l'estranea Suzune Horikita e il gregario Kikyou Kushida.

1-D scopri di più sul sistema a punti. Devono cambiare le loro abitudini se vogliono segnare qualcosa. Ma pochi studenti non vogliono cambiare anche se rischiano l'espulsione.

Kiyotaka spiega a Suzune cosa ha fatto negli ultimi tre giorni prima del test. E perché tutti ottengono punteggi così buoni nei test. Ma Sudo ha comunque fallito i test e sta per essere espulso.

"Le classi analizzano i risultati dei loro test e di quelli di altri. La distribuzione dei punti è in ritardo. Tre studenti di 1-C hanno denunciato Sudo per averli attaccati."

Kiyotaka e Kushida vanno con Sakura al centro commerciale dove Sakura cercherà di riparare la sua macchina fotografica. Dopodiché Kiyotaka parla con Sakura della situazione di Sado e dovrebbe parlare di ciò che ha visto.

Sakura ha ricevuto alcuni messaggi strani sul suo portale, oltre ad alcune sue foto. Kiyotaka e Suzune stanno cercando di trovare prove che possano liberare Sudo.

Anche durante le vacanze estive, il lupo solitario Horikita preferisce rimanere chiuso nella sua stanza a studiare piuttosto che interagire con gli altri. Un giorno, Ayanokouji la invita a visitare la piscina con alcuni degli altri.

Tutti gli studenti vanno alla crociera. Chabashira informa Kiyotaka che qualcuno ha chiesto la sua espulsione. Se non aiuta gli altri a promuovere in classe A, lei userà la prima opportunità per espellerlo.

Come parte di un test speciale, la scuola ha portato gli studenti su un'isola tropicale disabitata dove ora dovranno vivere per una settimana. La loro prestazione nel test può avere un enorme impatto sulla classifica a punti delle quattro classi.

La classe D ha raggiunto un certo grado di unità nell'affrontare la prova speciale, quindi Ayanokouji e Horikita escono per vedere come se la cavano le altre classi. La classe B sta lavorando insieme per farsi una vita confortevole, mentre la classe A rimane segreta.

Con l'incidente del ladro di mutandine che sta già erodendo la fiducia della Classe D, Horikita scopre che la sua chiave magnetica è stata rubata. Mentre cercano di capire chi è stato, il campo base viene gettato nel caos con un nuovo incendio doloso

Il test di sopravvivenza sta volgendo al termine. Le cose non vanno bene per 1-D. La chiave magnetica è stata rubata. E ora Suzune è costretta a ritirarsi a causa della sua malattia. Kiyotaka proverà a cambiare le cose.

With the island test over, Ayanokoji Kiyotaka and the others are enjoying their summer vacation on a luxury liner. Suddenly, they're interrupted by a new special test. Ayanokoji is called into the same room as Karuizawa Kei and others, where they learn that this test isn't strictly along class lines...

With Day 1 of the "thinking" test over, Ayanokoji is talking to Hirata and the others about a way to break out of the stalemate when he receives a message on his phone from an irritated Horikita. Meanwhile, noticing something strange about Karuizawa's behavior, he seeks information from Horikita, but...

Karuizawa is pushed to her breaking point by the girls of Class C. Ayanokoji watches impassively, but Yukimura flies to her aid, unable to bear it. Noticing Karuizawa's abnormal levels of fear, Ayanokoji seems to get an idea...

At the start of the second term, preparations for the sports festival begin. The students are nervous about the fact that performance in the events will affect their written tests, and even more pressure is added by the unique team breakdowns and freedom given to the students to decide who takes part in what event.

Ayanokoji brings Kushida, whom he suspects of being a traitor, to observe the other classes alongside Horikita. When the day of the festival arrives, Team Red pulls into the lead with great performances by Horikita and Sudo, but Ayanokoji merely watches with disinterest...

As the sports festival comes down to the wire, Horikita must deal with Sudo, as well as Ryuen's threat.

Class D prepares to face their next major challenge, a test called "Paper Shuffle" where the price of failure is expulsion.

Horikita decides to use Paper Shuffle to settle matters with Kushida, and Ayanokoji finds himself caught in the middle.

As the day of the Paper Shuffle draws near, the plans of the various forces in play collide.

Ayanokoji receives a visit from outside the school, and learns more about the conditions of his stay.

Karuizawa, whose cooperative relationship with Ayakoji has ended abruptly, cannot hide her embarrassment at the complete loss of contact with him. As Class D discusses their plans for the future, Ryuen and the other members of Class C appear overbearing.

Ayanokoji makes his final decision on how to deal with Ryuen and the Class C threat.

The aftermath of the gymnasium incident plays out as Christmas brings romance to the school.

La classe di Ayanokoji intraprende la prima prova come Classe C, il campo di addestramento misto.

Yukimura si ferisce alla gamba mentre il gruppo si allena per le prossime prove. Successivamente elabora un piano su come il gruppo dovrebbe gestire la maratona e poi arriva il giorno delle quattro prove.

Mentre la Classe C sta discutendo della rottura di Karuizawa e Hirata, Yamauchi viene avvicinato da Sakayanagi della Classe A. Horikita avverte che è una trappola, ma Yamauchi non ci presta attenzione. Nel frattempo, Horikita dice ad Ayanokoji che le voci girano intorno a Ichinose.

È San Valentino e i ragazzi della classe C sono entusiasti se riceveranno o meno dei cioccolatini. Nel frattempo, Karuizawa sembra a disagio per la richiesta di Ayanokoji di incontrarsi e mentre lo fa appare una persona inaspettata...

Si scopre che a diffondere le voci è stato Hashimoto, che lo ha fatto per volere di Sakayanagi. Poco dopo, Sakayanagi appare davanti alla Classe C e li informa di avere prove riguardo alle voci su Ichinose.

Tutti nella classe C hanno superato l'esame di fine anno. Mentre il sollievo scorre per l'aula, Chabashira annuncia un esame speciale. Sarà un voto di classe scegliere tre persone degne di lode e tre degne di censura.

Con l'avvicinarsi del voto di classe, un'atmosfera inquietante grava sulla classe C e la riempie di sospetto. Asahina del secondo anno di classe A informa Ayanokoji che Ichinose ha chiesto la collaborazione del presidente del consiglio studentesco Nagumo.

Dopo aver conversato con suo fratello Manabu, Horikita offre il nome di Yamauchi come colui che dovrebbe essere espulso. Non solo ha dato pochi contributi alla classe, ma ha anche lavorato con Sakayanagi nella Classe A per espellere Ayanokoji.

La votazione di classe ha visto il primo studente espulso dalla classe C. Sakayanagi incontra Ayanokoji e vengono avvicinati da un uomo di nome Tsukishiro inviato dal padre di Ayanokoji. Successivamente Ayanokoji sfida Sakayanagi a competere per il prossimo esame.

La classe C prevede diverse strategie per l'esame speciale, ma in tutte manca un fattore decisivo. Hirata rimane deluso dal risultato del voto di classe. Ayanokoji chiama Hirata, che agisce freddamente nei confronti di Mii-chan che è preoccupata per lui.

Mentre Hirata si riprende e la classe mostra unità, Ayanokoji si scontra con Sakayanagi. L'esame speciale finale è iniziato e la prima prova è il basket. La Classe C se la cava, ma Sakayanagi ha intenzione di affliggere Sudo così che perda.

La classe C perde di misura la sfida con la Classe A nell'esame finale e viene retrocessa. Tuttavia, gli studenti sono migliorati durante tutto l'anno. Horikita, in particolare, essendo maturata come leader, chiede di sciogliere l'alleanza con la Classe B.

Sono arrivate le vacanze di primavera. Shiina chiama Ayanokoji per discutere di libri. Nel frattempo, Kanzaki della Classe B appare davanti a Ryuen, che sta avendo un incontro segreto con Hashimoto. Sebbene la loro classe sia stata sconfitta, Kanzaki lo affronta senza esitazione.