绫小路清隆进入了号称就业率、升学率百分之百的升学高中“东京都高度育成高级中学”就读，但他所属的1年D班却全都是一些问题儿童，完全不像是一所升学高中的班级。而且，学校一个月给学生等同于现金10万元的点数，课堂上聊天、睡觉、打混摸鱼也全都不管，采取放任主义。学生们过着自甘堕落的生活，但也有人感觉到异常，那就是彻底不想与人交流，完全孤单一个人的美少女，堀北铃音。她发现学校明明给学生一大笔钱，校园内却准备了很多“救助穷困者的措施”。而一个月后，绫小路、堀北和D班的学生，终于知道整个学校体系的真相……

A到D班是根据学生的能力来分班，而D班是聚集了被称为“瑕疵品”的落后班级。因为他们入学之后的一个月，都过着自甘堕落的生活，所以学校对他们的评价完全掉到低谷，每个月应该可以拿到的十万点数也完全一笔勾销了。老师告诉他们，他们不但被迫要过极度贫困的生活，而且接下来的考试只要一不及格，他们就会被退学，D班整个议论纷纷。在这当中，堀北无法理解为什么自己会被分到D班，而订下了目标，要让D班升格为A班。绫小路迫于情势而帮助她，他们第一个面临的问题是，即将要举行期中考，他们要努力不要让任何人不及格。

虽然成绩不好的学生很多，但D班还是与学校所预料的相反，在期中考考出了高分。而这考试的结果背后，是堀北她们拼命努力，以及绫小路在暗中谋划而来的。然而，成绩最差的须藤，却因为一分之差而不及格。“须藤健，你要退学。”班导师茶柱冰冷无情地如此说。期中考的分数已经公布，校方也已做出结论，为了改变这个结果，绫小路使出的最后一手是……？而在期中考的混乱情况中，绫小路却意外地亲眼目赌了班上的偶像—栉田桔梗不为人知的一面。

期中考结束，D班总算拿到了很少的点数。当班上同学正欢庆自己终于脱离极度贫困的生活时，却又出现新的问题，说须藤对C班的同学施暴。虽然他强调那是正当防卫，但学校还是决定要学生会的见证下，进行审查会议，根据审查结果，D班有可能会被扣除点数。绫小路和D班的人为了寻找证据，证明他是正当防卫而努力奔走。绫小路因为某件事，与B班的领袖—少女一之濑帆波结下了互相合作的关系。一之濑推测，在这件暴力事件的背后，是C班的领袖龙园翔在暗中搞鬼，从这件事可以看出D班与D班的班级之争。

D班的学生佐仓爱里可能是事件的目击者，只有她能证明须藤是正当防卫，但佐仓不知为何，却拒绝在审查会议上帮忙作证。就算是最擅长和别人建立良好关系的栉田，也没办法打开佐仓关闭的心门。结果，绫小路他们还没让她答应帮忙，就来到了审查会议当中。D班与C班争论不休的审查会议上，堀北铃音的哥哥，也就是学生会长堀北学也前来与会，负责帮须藤辩护的铃音，因为学的到来而萎靡不振，完全没办法说话。审查会议朝对C班有利的方向发展，D班被逼到了绝境，这时绫小路的手却伸向堀北的腹侧……

尽管这次审议无疾而终，但佐仓的证言优势很大，如果择日再审绝对能彻底翻盘。为了巩固佐仓的努力，绫小路和堀北又一次前往暴行事件发生的地点，试图寻找更多证据。另一边，佐仓的周围突然出现了某个神秘的黑影，这个跟踪狂非常钟爱佐仓以“雫”为艺名拍摄的偶像写真，甚至还对她伸出了魔掌？！在失去了重要的证人后，这次绫小路和堀北又将面临什么困境？！

波涛汹涌的第一学期结束，学校进入了暑假。强调完全不需要朋友的孤独少女堀北铃音，暑假期间完全没跟任何人见面，每天都在读书与用功。某一天，绫小路打电话约她：“跟D班的男生女生一起去游泳池玩吧！”原本照正常来说，堀北必定会拒绝，结果却因为“某个原因”答应了绫小路的邀约。另一方面，这时以D班的池同学为中心，那些男生好像拟定了什么可疑的计划。而前去游泳地的当天，他们遇到B班的一之濑等人，开始一同享受沙滩排球等各种娱乐。在那当中，D班的男生在暗中活跃，却没想到坂柳与龙园等其他班级的领袖，也来到了游泳池……

1年级的暑假学校举办活动，带学生们到南方的岛屿渡假。带他们前往岛上搭的也是超级豪华邮轮，船内餐厅的菜色一应俱全，所有的休闲设施都可以免费使用。D班的学生第一学期在不及格就要退学的严格规定下，被迫过着没有任何点数的超穷生活，现在终于可以松一口气，享受假期。然而，A班的葛城康平用冷淡的视看着这样他们，葛城与坂柳有栖同样都是受到A班学生支持的领导人物，现在坂柳因为身体不适而无法参加活动，因此A班完全由葛城统率。另一方面，C班的少女伊吹为了反抗龙园的独裁而引起的骚动，也将为这假期带来一场风波……？

原以为是渡假到南方的岛屿旅行，结果那却是学校所策画的特别考试，所有学生要在既定的规则下，在无人岛生活一周。主要的规定是“给各班300点，能用这些点数购买物品”“占领岛内的特定据点能获得点数”“各班决定一位领袖，说中别班的领袖，就可以得到点数”等……。根据这个考试的成绩，各班所拥有的班级点数将会巨幅增减。A到C班在理解考试内容之后，就迅速展开行动。不过，D班的学生却因为不习惯无人岛生活而感到困惑，无法决定行动方针，散发阴暗的气气。

特别考试的第一天结束，D班的学生终于团结一致，形成互相合作继续过着无人岛生活的状态。在这当中，绫小路与堀北开始调查其他班及是如何面对这个考试。B班的一之濑他们，运用高团结力，在有效节约的同时，享受着无人岛的生活。A班的葛城他们则是以一座洞窟作为扎营的基地，完全不让人看到内部情况。然而，最难理解的是龙园所率领的C班，龙园嘲笑别班为了在考试中获胜而努力节约点数，并一举将所有点数浪费掉，大肆玩乐。堀北认为这是自取灭亡的行为，但是……？

特别考试开始到了第五天，D班女学生的内裤被偷，虽然行李检查跟搜身都一无所获，但D班的男学生与女学生之间还是出现裂痕，女生要求要与男生分开住，请男生将帐篷移开。然而，一波未平一波又起，偷内裤事件尚未平息，D班的营区竟然起火，女生们怀疑是内裤贼为了转移其他人的焦点而纵火，男女双方的裂痕加大，但没想到除了这件事以外，在暗地里也发生了一件足以让D班动摇的大事……

堀北铃音判断偷走钥匙卡的人是伊吹，而冒雨追赶逃走的伊吹，两人大打一架，但铃音也因为病况更严重，不得不面临淘汰出局，回船上休养的情况。而考试的最后一天终于到来，葛城已经算好A班和其他班最后能得到的点数，准备迎接最终的胜利，然而考试的结果公布之后，真的能他所预料吗？

无人岛的考试结束后，绫小路清隆他们1年D班的学生在豪华客轮上享受着暑假。然而这只是短暂的休息，新的考试很快就展开。绫小路和轻井泽惠等人被叫到同一个居室，接受考试说明。没想到这次考试完全跳脱班级框架。

「思考」考试的第一天结束。就在绫小路和平田等人为了打破胶着状况而聚在一起讨论时，他们的手机收到一封邮件。堀北看到邮件内容后，深感不悦。另一方面，绫小路觉得轻井泽的行动有异，向堀北打探她的情报…

在C班的真锅她们逼问下，轻井泽乱了方寸。但绫小路却仍然冷静地观察情况，看不下去的幸村跳到了轻井泽等人面前。绫小路看着受到惊吓后表现异常的轻井泽，似乎想到了什么……

第二学期开始了，进入了体育祭的准备时期。由于不论比赛的结果如何都会影响到下一次笔记考试，学生们也无法掩饰自己的不安，此外独特的团队划分了，被学生委托的出场者选拔等，学生们承受的压力也很大……

怀疑栉田是叛徒的绫小路。借口侦查其他班让堀北和栉田一起行动。在那里，堀北表现出意想不到的行为。体育祭当天红队在堀北和须藤的表现下取得了良好的开局，但绫小路却对结果一脸冷漠…

须藤和D班的学生起冲突，愤怒不已地离开体育祭。堀北追着他跑了出来。堀北叫住他并跟他交谈，尽管听到了须藤的各种抱怨，但还是忍耐着跟他沟通…

学生会的交替仪式结束了，绫小路被佐藤叫出去。就在这个时候，期中考试的考试结果发表，D班的退学人数达到了0人。但是茶柱说道，真正的测试是在期末举行的特别考试，俗称Paper Shuffle…

为了应对paper shuffle召开了学习会，绫小路参加了以幸村为中心的学习小组。同组的长谷部·三宅组合擅长和不擅长的科目都是一样的，可能会两败俱伤。但是，绫小路提出了有个可以找出考试问题倾向的方法……

在paper shuffle的背后，堀北与栉田以退学为筹码的比试开始了。

另一方面，龙园出现在了参加学习会的绫小路面前。并受到了龙园发送的邮件的挑衅……

圣诞节将至，学生们都很浮躁。轻井泽也是其中一员，享受着街道上的圣诞节氛围。但是，放学后和佐藤一起玩耍，但是发现被C班的学生跟踪了。另外，绫小路也在学习会中被某个人监视了……

和绫小路的协力关系突然解除的轻井泽，无法隐藏自己由于和他完全失去联系的迷茫。就在这时候，D班在讨论今后班级当真的时候，龙园他们C班的人出现了…

龙园为了揭开幕后黑手的真实身份，将轻井泽逼入绝境。遭到欺凌的记忆在脑海中闪现——并在调查中发现幕后黑手在利用轻井泽。即使如此轻井泽还是对绫小路的事绝口不提…

经过之前的事情，轻井泽发现了自己心情发生了巨大的转变。此时，佐藤找她商量圣诞节的时候和绫小路约会的事。轻井泽虽然心情复杂，但仍然认真地给佐藤出谋划策…

时间来到第三学期，绫小路等人从D班升上C班，准备开始面对全学年共同进行的特别考试「混合合宿」。这场特别考试要和以前彼此敌对的其他班级组队，可以预料一定会有摩擦。但这场考试又有一条规定，要是分数低于标准，有人就必须退学⋯⋯

石崎不肯配合，总爱唱反调，高圆寺又我行我素，绫小路他们这组有这些人，担任负责人的幸村无法顺利整合大家，小组气氛始终很差。另一方面，绫小路开始行动，想从特定学生口中获得情报。这时候，小组因为A班的桥本所说的话，开始产生变化──

轻井泽和平田分手了──当C班热烈讨论此事，山内被A班的坂柳叫出去。山内喜不自胜，并未听进堀北警告那是「陷阱」。另一方面，绫小路从堀北口中得知一之濑身边有莫名的谣言。

情人节当天，C班的男生们热烈讨论能否收到巧克力的话题。在这样的情况下，轻井泽被绫小路叫出来，显得坐立难安。但当两人在约好的地方讨论事情，有个出乎意料的人出现……

在布告栏放出谣言的人，是受到坂柳命令的桥本──石崎和伊吹认定是他，但没有证据，无法继续深究。此时，绫小路他们听说坂柳带着A班的人，闯入B班。坂柳宣称握有一之濑那些谣言的证据，面对她，始终对谣言保持消极态度的一之濑会……

C班的期末考成绩全班都及格了。当教室中飘荡着安心的气氛，茶柱忽然宣布要进行追加的特别考试「班级投票」。考试内容是要在班上选出三名「值得赞美的人」和三名「该被批判的人」，然后进行投票，选出第一名和最后一名，是个极为单纯的考试，但是⋯⋯

自从「班级投票」公布后，C班便笼罩着不安稳的气氛。此时，绫小路从2年A班的朝比奈口中听闻一之濑去委托南云学生会长帮忙。之后，担心班上同学的平田也找绫小路商量拯救全班同学的办法。

堀北与哥哥学谈过后，提出山内必须在这次特别考试被退学。因为山内至今不只对班级的贡献度极低，还集中批评票，要让绫小路退学。更有甚者，在他背后操控的人，还是A班的领袖坂柳。但平田不认同有人要被退学，反对堀北的意见，使得情况混乱到极点。

基于「班级投票」的结果，C班出现首名退学者。坂柳表示，这次的特别考试是为了让绫小路退学的舞台。这时候，自称是代理理事长的月城出现在绫小路和坂柳面前。月城是绫小路的父亲送进校园的人。知道此人的存在后，绫小路向坂柳提出要在下次考试决胜负。

C班为了应付特别考试，想了各种策略。但每一种策略都缺少决定性要素。绫小路认同堀北想出的方案，但另一方面，平田始终纠结「班级投票」的结果，不愿提供帮助。平田甚至冷落替他担心的小美，最后绫小路上前与他攀谈。

平田重新振作后，全班团结一致，绫小路VS坂柳的年度最终特别考试终于开始。第一战选上的是「篮球」。C班虽善战，但这很正常，因为A班放水了。尽管须藤在中途被换上场，坂柳却认为只要动摇他的心神，他就会失常⋯⋯

最终特别考试的结果，绫小路他们可惜输给了A班，又被降到D班。但是同学们经过这一年，已经确实成长。尤其堀北学会倾听其他同学的意见，而且基于总有一天必须打败B班的理由，要求一之濑解除合作关系，展现出身为领袖的成长。

时间来到春假。椎名以讨论书本内容为名，将绫小路叫出去。另一方面，神崎出现在和桥本密会的龙园面前。尽管班级在特别考试败北，神崎面对龙园却毫不退缩。在升上二年级的前夕，学生之间的人际关系在这一年当中，已经产生了变化。