Kiyotaka Ayanokôji est un jeune lycéen renfermé sur lui-même qui a tout de même réussi à entrer au lycée de haut niveau de Tokyo. Dans la 2de D, classe à laquelle il a été affecté, il se rapproche de Suzune Horikita, une jeune fille froide et solitaire. Ils découvrent qu'ils disposent d'une somme de 100 000 yens par mois pour vivre dans l'école, mais semblent les seuls à douter de ce système.

Les élèves de la 2de D, qui ont quasi tous profité de leurs précieux 100 000 yens mensuels, apprennent avec horreur qu'ils n'auront aucune allocation pour le prochain mois, car sanctionnés pour leur mauvais comportement à répétition durant le mois écoulé. Fort heureusement, Kiyotaka et Suzune n'ont pas été trop dépensiers. L'objectif est maintenant de regagner des points pour d'abord vivre décemment, et pour Suzune, d'éventuellement surpasser la 2de C pour l'instant mieux évaluée…

Les résultats aux examens de mi-trimestre sont concluants, même pour la 2de D. Comment Kiyotaka et Suzune sont parvenus à rehausser d'un seul coup le niveau de la classe ? Et à quel prix ? Ainsi, la menace d’expulsion s'éloigne progressivement, jusqu'au moment où Mme Chibashira révèle une règle sur le calcul de la note éliminatoire.

La bagarre ayant eu lieu entre des élèves de la 2de C et Sudô, commence à prendre de l'ampleur : une délibération va être organisée en présence du BDE avec des renvois à la clé. Suzune et Kiyotaka doivent absolument prouver que l'incident était involontaire, malgré les blessures assez visibles des trois lycéens. Airi Sakura, une fille discrète et très timide dans la 2de D, semble avoir été témoin de la scène…

Les examens et l'affaire Sudô passés, les vacances d'été s'installent et les élèves du lycée de haut niveau de Tokyo peuvent profiter au maximum des loisirs disponibles sur le campus, notamment la piscine qui vient d'ouvrir. Kiyotaka y invite la très réticente Suzune pour une raison bien précise.

Le test de survie commence. Tout le monde commence par chercher des sites de camping. Les 1-D envoient 3 équipes de scouts composées de 3 membres chacune.

Suite à l'examen sur une île déserte remporté par la 2de D, un nouvel examen spécial se prépare. Les quatre classes de seconde sont mélangées au sein de plusieurs plusieurs groupes, au sein desquels un « VIP » est désigné par l'école et est à démasquer. Quelle sera donc la stratégie choisie par Ayanokôji ?

L'examen spécial est sur le point de toucher à sa fin, et le groupe d'Ayanokôji est toujours au point mort concernant la désignation du VIP. Mais Ayanokôji, qui observe ses camarades depuis le début de l'examen, cherche absolument à régler le problème de harcèlement subi par Karuizawa le plus rapidement possible.

L'examen spécial sur la croisière terminé, les élèves se préparent déjà à une nouvelle épreuve un peu plus ludique : une fête sportive mélangeant toutes les promotions, avec des points à perdre ou à gagner. Avec une nouvelle alliée au sein de la classe D, comment Ayanokôji compte-t-il conquérir ce nouvel examen ?

Ayanokôji prépare la fête sportive en expliquant à Karuizawa et Horikita qu'un traître empêchera le succès de la classe D. En plus du niveau moyen de la classe D en sport, ce nouvel examen va être difficile à réussir, d'autant plus avec toutes les coups bas soigneusement préparés par Ryûen pour arriver à ses fins.

Suzune prend son courage à deux mains et se décide d'aller convaincre Sudô de reprendre la compétition sportive. Ayanokôji continue, lui, à placer ses pions et à révéler subtilement la traîtrise de Kushida.

C'est la Saint-Valentin, et toutes les rumeurs vont bon train au sein du lycée. Les ragots portent sur le couple Karuizawa-Hirata qui s'est récemment séparé, ou encore sur Ichinose qui est absente depuis plusieurs jours. Et si la calomnie était une nouvelle arme pour que certains élèves arrivent à leurs fins ?

Le dernier examen spécial entre la classe A et C démarre enfin, et le duel s'avère plutôt serré entre Ayanokôji et Sakayanagi en chefs de file. Les échecs risquant d'être une des sept épreuves tirées au sort, Ayanokôji a soigneusement entraîné Horikita pour concourir sur cette épreuve importante pour les deux commandants.