無人島での試験を終え、綾小路清隆たち1年Dクラスのメンバーは豪華客船で夏休みを堪能していた。ところが休息も束の間、新たな特別試験が。軽井沢恵らと同じ部屋に呼び出され説明を受ける綾小路。今度の試験はクラスの枠を超えたものだった。

櫛田に疑念を向ける綾小路。他クラスの偵察という名目で堀北と櫛田を引き合わせる。そこで堀北は予想外の行動を見せる。体育祭当日、堀北や須藤の活躍もあり赤組は幸先のよいスタートを切るが、綾小路は結果に冷ややかな表情を向けていた。

ペーパーシャッフル対策の勉強会が開かれ、幸村を中心としたグループに参加することになった綾小路。同グループの長谷部・三宅ペアは得意科目も苦手科目もまったく同じであり、問題によっては簡単に共倒れしてしまう。だが、綾小路は試験問題の傾向を探る方法があると言い……。

3学期を迎え、DクラスからCクラスへと昇格した綾小路たちは、全学年合同で行われる特別試験「混合合宿」へと向かっていた。今まで敵同士だった別のクラスとグループを組む特別試験で、不仲は必至。だが、ボーダーラインを下回ると退学者が出るというルールで……。

『クラス内投票』が発表され、疑心暗鬼になったCクラス内は不穏な雰囲気に包まれていた。そんな折りに、綾小路は2年Aクラスの朝比奈から一之瀬が南雲生徒会長に協力を依頼したという話を聞かされる。その後綾小路は、クラスを心配する平田からも全員を助ける方法について相談を持ちかけられる。

『クラス内投票』の結果、Cクラスから初の退学者が出た。坂柳はこの特別試験が綾小路を退学させるために用意された舞台装置だと語る。そんな中、綾小路と坂柳の前に、理事長代理を名乗る月城が姿を見せる。月城は綾小路の父によって送り込まれた人物だった。その存在を知り、綾小路は坂柳に次の試験での勝負を持ちかける。

特別試験に向けて、さまざまな対策を考えるCクラス。しかし、どれも決め手に欠けるものばかり。堀北が考えたプランを綾小路は評価する一方で、『クラス内投票』の結果を引きずる平田は、一向にクラスに協力しようとしなかった。心配するみーちゃんにも冷たく振る舞う平田に、綾小路は声をかける。