無人島での試験を終え、綾小路清隆たち1年Dクラスのメンバーは豪華客船で夏休みを堪能していた。ところが休息も束の間、新たな特別試験が。軽井沢恵らと同じ部屋に呼び出され説明を受ける綾小路。今度の試験はクラスの枠を超えたものだった。

「シンキング」試験の1日目が終了。膠着した状況を打破するために、綾小路は平田たちと話し合いをしていたそのとき、携帯に一通のメールが届く。その内容に苛立ちを募らせる堀北。一方、綾小路は軽井沢の行動に違和感を覚え、堀北に彼女の情報を求めるが…。

Cクラスの真鍋たちに詰め寄られ、取り乱す軽井沢。綾小路はその様子を冷静に観察しようとするが、我慢できなくなった幸村が軽井沢たちの前に飛び出してしまう。綾小路は異常な怯え方をする軽井沢を見て、何かを思いついた様子で……。

生徒会長の引き継ぎ式が終わり、綾小路は佐藤から突然の呼び出しを受ける。そんな中、中間テストの試験結果が発表され、Dクラスは退学者ゼロを達成する。だが茶柱曰く、本番は期末テストとして行われる特別試験、通称「ペーパーシャッフル」にあるという。

3学期を迎え、DクラスからCクラスへと昇格した綾小路たちは、全学年合同で行われる特別試験「混合合宿」へと向かっていた。今まで敵同士だった別のクラスとグループを組む特別試験で、不仲は必至。だが、ボーダーラインを下回ると退学者が出るというルールで……。