綾小路清隆進入了號稱就業率、升學率百分之百的升學高中「東京都高度育成高級中學」就讀，但他所屬的1年D班卻全都是一些問題兒童，完全不像是一所升學高中的班級。而且，學校一個月給學生等同於現金10萬元的點數，課堂上聊天、睡覺、打混摸魚也全都不管，採取放任主義。學生們過著自甘墮落的生活，但也有人感覺到異常，那就是徹底不想與人交流，完全孤單一個人的美少女，堀北鈴音。她發現學校明明給學生一大筆錢，校園內卻準備了很多「救助窮困者的措施」。而一個月後，綾小路、堀北和D班的學生，終於知道整個學校體系的真相……

A到D班是根據學生的能力來分班，而D班是聚集了被稱為「瑕疵品」的落後班級。因為他們入學之後的一個月，都過著自甘墮落的生活，所以學校對他們的評價完全掉到低谷，每個月應該可以拿到的十萬點數也完全一筆勾銷了。老師告訴他們，他們不但被迫要過極度貧困的生活，而且接下來的考試只要一不及格，他們就會被退學，D班整個議論紛紛。在這當中，堀北無法理解為什麼自己會被分到D班，而訂下了目標，要讓D班升格為A班。綾小路迫於情勢而幫助她，他們第一個面臨的問題是，即將要舉行期中考，他們要努力不要讓任何人不及格。

波濤洶湧的第一學期結束，學校進入了暑假。強調完全不需要朋友的孤獨少女堀北鈴音，暑假期間完全沒跟任何人見面，每天都在讀書與用功。某一天，綾小路打電話約她：「跟D班的男生女生一起去游泳池玩吧！」原本照正常來說，堀北必定會拒絕，結果卻因為「某個原因」答應了綾小路的邀約。另一方面，這時以D班的池同學為中心，那些男生好像擬定了什麼可疑的計畫。而前去游泳地的當天，他們遇到B班的一之瀨等人，開始一同享受沙灘排球等各種娛樂。在那當中，D班的男生在暗中活躍，卻沒想到阪柳與龍園等其他班級的領袖，也來到了游泳池……

原以為是渡假到南方的島嶼旅行，結果那卻是學校所策畫的特別考試，所有學生要在既定的規則下，在無人島生活一週。主要的規定是「給各班300點，能用這些點數購買物品」「佔領島內的特定據點能獲得點數」「各班決定一位領袖，說中別班的領袖，就可以得到點數」等……。根據這個考試的成績，各班所擁有的班級點數將會巨幅增減。A到C班在理解考試內容之後，就迅速展開行動。不過，D班的學生卻因為不習慣無人島生活而感到困惑，無法決定行動方針，散發陰暗的氣氣。

特別考試的第一天結束，D班的學生終於團結一致，形成互相合作繼續過著無人島生活的狀態。在這當中，綾小路與堀北開始調查其他班及是如何面對這個考試。B班的一之瀨他們，運用高團結力，在有效節約的同時，享受著無人島的生活。A班的葛城他們則是以一座洞窟作為紮營的基地，完全不讓人看到內部情況。然而，最難理解的是龍園所率領的C班，龍園嘲笑別班為了在考試中獲勝而努力節約點數，並一舉將所有點數浪費掉，大肆玩樂。堀北認為這是自取滅亡的行為，但是……？

特別考試開始到了第五天，D班女學生的內褲被偷，雖然行李檢查跟搜身都一無所獲，但D班的男學生與女學生之間還是出現裂痕，女生要求要與男生分開住，請男生將帳篷移開。然而，一波未平一波又起，偷內褲事件尚未平息，D班的營區竟然起火，女生們懷疑是內褲賊為了轉移其他人的焦點而縱火，男女雙方的裂痕加大，但沒想到除了這件事以外，在暗地裡也發生了一件足以讓D班動搖的大事……

堀北鈴音判斷偷走鑰匙卡的人是伊吹，而冒雨追趕逃走的伊吹，兩人大打一架，但鈴音也因為病況更嚴重，不得不面臨淘汰出局，回船上休養的情況。而考試的最後一天終於到來，葛城已經算好A班和其他班最後能得到的點數，準備迎接最終的勝利，然而考試的結果公佈之後，真的能他所預料嗎？

第二學期展開，進入運動會準備期間。由於比賽成績無論好壞，都會影響下次筆試分數，學生們明顯慌亂不已。加上分組方式獨特，又讓學生自己挑選參賽者，壓在學生們身上的壓力也非比尋常地大……

須藤與D班同學起衝突，就這麼憤而離去。追上他的人，是堀北。堀北叫住須藤，試圖與他溝通。儘管受到須藤強烈反彈，還是很有耐心地面對他。

學生會長交接儀式結束後，綾小路被佐藤叫過去。此時期中考的結果公佈，D班成功達成無人退學的目標。但茶柱卻說重頭戲是被視為期末考的特別考試，通稱「Paper shuffle」。

輕井澤和綾小路的關係突然解除，完全失去和他的交集後，輕井澤的心慌表露無遺。此時，正當D班討論著往後的方針，龍園他們C班的人狂妄地現身。

時間來到第三學期，綾小路等人從D班升上C班，準備開始面對全學年共同進行的特別考試「混合合宿」。這場特別考試要和以前彼此敵對的其他班級組隊，可以預料一定會有摩擦。但這場考試又有一條規定，要是分數低於標準，有人就必須退學⋯⋯

石崎不肯配合，總愛唱反調，高圓寺又我行我素，綾小路他們這組有這些人，擔任負責人的幸村無法順利整合大家，小組氣氛始終很差。另一方面，綾小路開始行動，想從特定學生口中獲得情報。這時候，小組因為A班的橋本所說的話，開始產生變化 ──

情人節當天，C班的男生們熱烈討論能否收到巧克力的話題。在這樣的情況下，輕井澤被綾小路叫出來，顯得坐立難安。但當兩人在約好的地方討論事情，有個出乎意料的人出現⋯⋯

自從「班級投票」公布後，C班便籠罩著不安穩的氣氛。此時，綾小路從2年A班的朝比奈口中聽聞一之瀨去委託南雲學生會長幫忙。之後，擔心班上同學的平田也找綾小路商量拯救全班同學的辦法。

C班為了應付特別考試，想了各種策略。但每一種策略都缺少決定性要素。綾小路認同堀北想出的方案，但另一方面，平田始終糾結「班級投票」的結果，不願提供幫助。平田甚至冷落替他擔心的小美，最後綾小路上前與他攀談。

平田重新振作後，全班團結一致，綾小路VS坂柳的年度最終特別考試終於開始。第一戰選上的是「籃球」。C班雖善戰，但這很正常，因為A班放水了。儘管須藤在中途被換上場，坂柳卻認為只要動搖他的心神，他就會失常⋯⋯