El melancólico y desmotivado Kiyotaka Ayanokouji asiste a su primer día a la Academia Tokyo Koudo Ikusei, una institución establecida por el gobierno para formar a una generación de los mejores y más brillantes de Japón. Se dice que en esta escuela todo se decide en función de los méritos, lo que incluye la generosa asignación mensual de puntos que los estudiantes pueden gastar en las tiendas locales. A medida que Ayanokouji empieza a desenvolverse en este sistema, también entabla una curiosa relación con la distante compañera de fuera Suzune Horikita y con la terminantemente gregaria Kikyou Kushida.

Los alumnos de la clase 1-D se han quedado de piedra tras saber la verdad sobre el sistema de puntos con el que evalúa la escuela a sus alumnos. Tienen que cambiar sus hábitos si quieren puntuar. Pero algunos alumnos se niegan a cambiar aunque se enfrenten a la expulsión.

Incluso durante las vacaciones de verano, la solitaria Horikita prefiere quedarse encerrada en su habitación estudiando que relacionarse con los demás. Un día, Ayanokouji la invita a ir la piscina con otros compañeros.

Como parte de una prueba especial, la escuela ha llevado a los estudiantes a una isla tropical deshabitada donde deben vivir durante una semana. Su rendimiento en la prueba puede tener un enorme impacto en la clasificación de puntos de las cuatro clases.

La clase D ha logrado cierto grado de unidad al enfrentarse a la prueba especial, por lo que Ayanokouji y Horikita se dirigen a ver cómo se llevan las otras clases. La clase B está trabajando en conjunto para lograr una vida cómoda, mientras que la clase A se mantiene en secreto.

Con el incidente del ladrón de bragas ya erosionando la confianza de la clase D, Horikita descubre que le han robado su tarjeta de líder. Mientras intentan averiguar quién lo ha hecho, el campamento base se sume en el caos debido a un incendio intencionado.

La prueba de supervivencia está llegando a su fin. Las cosas no pintan bien para la clase 1-D debido al robo de la tarjeta de líder. Y ahora Suzune se ve obligada a retirarse debido a su enfermedad. Kiyotaka intentará cambiar las cosas.

Comienza el segundo trimestre en el que todas las clases se enfrentarán en el festival deportivo. Nuevamente, los alumnos de la clase D no logran ponerse de acuerdo en la estrategia para afrontar la prueba.

Sudo escapa enojado del festival deportivo después de enfrentarse con los estudiantes de la clase D. Fue Horikita quien lo persiguió. Horikita, quien detiene a Sudo y establece un lugar para la discusión, trata pacientemente de enfrentarlo, a pesar de que recibe la oposición de Sudo.

Después de que termina la ceremonia de entrega del presidente del consejo estudiantil, Ayanokoji recibe una llamada repentina de Sato. Mientras tanto, se anuncian los resultados de la prueba parcial y la clase D logra cero deserciones. Sin embargo, según Chabashira, lo real radica en un examen final especial conocido como "Paper Shuffle".

Ryuen sigue obsesionado buscando quién mueve los hilos en la clase D y acorrala junto a sus matones a Koenji a la salida de clase para conseguir información.

Ayanokoji y su clase se enfrentan a la primera prueba tras haber ascendido a la clase C. En esta ocasión, volverán a dividirse en grupos mixtos mientras conviven en la montaña.

Se acerca el último día de la concentración de grupos mixtos y el grupo de Ayanokoji parece que comienza a entenderse. Sin embargo, Koenji sigue actuando por libre.

Kei queda con Ayanokoji en secreto para regalarle chocolate por San Valentín, pero son descubiertos por Hashimoto de la clase A, quien empieza a hacerles preguntas.

El ambiente de la clase se ha vuelto muy tenso tras la noticia de la última prueba y se empiezan a crear grupos privados para decidir a quién expulsar.

Hirata sigue traumatizado por la expulsión de Yamauchi y su actitud comienza a causar problemas a la clase antes de la prueba contra la clase A.

Comienza el enfrentamiento directo con la clase A con Ayanokoji y Sakayanagi como comandantes al cargo de la prueba final del curso.