進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた——他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。

ＡからＤの各クラスは生徒の能力によって分けられ、Ｄクラスは『不良品』と呼ばれる生徒が集まる落ちこぼれクラスだった。彼らは入学後１ヶ月間の自堕落な生活のため、学校からの評価を徹底的に落とし、毎月もらえるはずの１０万円分のポイントをすべて帳消しにされる。極貧生活を強いられ、さらに今後試験で赤点を取れば即退学という厳しいルールを告げられ、大騒ぎに陥るＤクラス。そんな中、自分がＤクラス配属であることに納得できない堀北は、ＤクラスをＡクラスへ昇格させることを目指す。成り行きから彼女を手伝うことになる綾小路。最初の課題は、間もなく行われる中間試験を、赤点者を一切出さずに乗り切ることだった。

１年生夏休みの学校行事として行われる南の島でのバカンス。島への渡航にも超豪華客船が使われ、船内ではレストランの料理も各種レジャー施設もすべて無料で堪能できる。１学期には赤点即退学という厳しいルールや、現金代わりのポイントが０という極貧生活を強いられてきたＤクラス生徒たちは、気を緩めてバカンスを楽しんでいた。そんな彼らを冷淡な視線で見つめるＡクラスの葛󠄁城康平。彼は坂柳有栖とＡクラス生徒の支持を二分する男であり、坂柳が体調不良で行事を欠席している今、Ａクラスは葛󠄁城の統率下にある。一方、Ｃクラスでは独裁を敷く龍園に反発する少女・伊吹による喧嘩騒動が起こり、バカンスも一騒ぎありそうで……？

バカンスと思われた南の島への旅行だが、その実は学校が定めた特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。主なルールは、『各クラスに３００ポイントが与えられ、そのポイントで物品を購入できる』、『島内の特定スポットを占有することでポイントを得られる』、『各クラスでリーダーを決め、他クラスのリーダーを当てればポイントが与えられる』など……。この試験の成績次第で、各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減する。Ａ〜Ｃクラスは試験内容を理解すると同時に、迅速に動き始めた。だがＤクラスの生徒たちは慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。

特別試験の初日が終了した。やっとＤクラスの生徒たちは一つにまとまり、協力して無人島生活を続けられる態勢になる。そんな中、綾小路と堀北は他クラスがどのように試験に臨んでいるか調査し始める。高い団結力を活かし、ポイントを有効に節約しながら、無人島生活を楽しんでいる一之瀬たちＢクラス。洞窟をベースキャンプに定め、その内部を決して見せようとしない葛城たちＡクラス。だが、最も理解に苦しむ行動をしているのは龍園率いるＣクラスだった。龍園は、試験に勝つためポイントを節約しようと努力する他クラスの生徒たちを嘲笑い、すべてのポイントを一気に浪費して豪遊していた。堀北はその行為を自滅と批判するが……？

櫛田に疑念を向ける綾小路。他クラスの偵察という名目で堀北と櫛田を引き合わせる。そこで堀北は予想外の行動を見せる。体育祭当日、堀北や須藤の活躍もあり赤組は幸先のよいスタートを切るが、綾小路は結果に冷ややかな表情を向けていた。

ペーパーシャッフル対策の勉強会が開かれ、幸村を中心としたグループに参加することになった綾小路。同グループの長谷部・三宅ペアは得意科目も苦手科目もまったく同じであり、問題によっては簡単に共倒れしてしまう。だが、綾小路は試験問題の傾向を探る方法があると言い……。

3学期を迎え、DクラスからCクラスへと昇格した綾小路たちは、全学年合同で行われる特別試験「混合合宿」へと向かっていた。今まで敵同士だった別のクラスとグループを組む特別試験で、不仲は必至。だが、ボーダーラインを下回ると退学者が出るというルールで……。

『クラス内投票』が発表され、疑心暗鬼になったCクラス内は不穏な雰囲気に包まれていた。そんな折りに、綾小路は2年Aクラスの朝比奈から一之瀬が南雲生徒会長に協力を依頼したという話を聞かされる。その後綾小路は、クラスを心配する平田からも全員を助ける方法について相談を持ちかけられる。

『クラス内投票』の結果、Cクラスから初の退学者が出た。坂柳はこの特別試験が綾小路を退学させるために用意された舞台装置だと語る。そんな中、綾小路と坂柳の前に、理事長代理を名乗る月城が姿を見せる。月城は綾小路の父によって送り込まれた人物だった。その存在を知り、綾小路は坂柳に次の試験での勝負を持ちかける。

特別試験に向けて、さまざまな対策を考えるCクラス。しかし、どれも決め手に欠けるものばかり。堀北が考えたプランを綾小路は評価する一方で、『クラス内投票』の結果を引きずる平田は、一向にクラスに協力しようとしなかった。心配するみーちゃんにも冷たく振る舞う平田に、綾小路は声をかける。

平田が立ち直り、クラスがまとまりを見せる中、ついに綾小路VS坂柳の1年度最終特別試験が始まった。1戦目に選ばれたのは「バスケットボール」。Cクラスは善戦していたが、それもそのはず、Aクラスは手を抜いていたのだ。さらに坂柳は、須藤が途中出場してきても精神的揺さぶりをかければ崩れると踏んでいて……。