无人岛的考试结束后，绫小路清隆他们1年D班的学生在豪华客轮上享受着暑假。然而这只是短暂的休息，新的考试很快就展开。绫小路和轻井泽惠等人被叫到同一个居室，接受考试说明。没想到这次考试完全跳脱班级框架。

「思考」考试的第一天结束。就在绫小路和平田等人为了打破胶着状况而聚在一起讨论时，他们的手机收到一封邮件。堀北看到邮件内容后，深感不悦。另一方面，绫小路觉得轻井泽的行动有异，向堀北打探她的情报…

在C班的真锅她们逼问下，轻井泽乱了方寸。但绫小路却仍然冷静地观察情况，看不下去的幸村跳到了轻井泽等人面前。绫小路看着受到惊吓后表现异常的轻井泽，似乎想到了什么……

第二学期开始了，进入了体育祭的准备时期。由于不论比赛的结果如何都会影响到下一次笔记考试，学生们也无法掩饰自己的不安，此外独特的团队划分了，被学生委托的出场者选拔等，学生们承受的压力也很大……

怀疑栉田是叛徒的绫小路。借口侦查其他班让堀北和栉田一起行动。在那里，堀北表现出意想不到的行为。体育祭当天红队在堀北和须藤的表现下取得了良好的开局，但绫小路却对结果一脸冷漠…

须藤和D班的学生起冲突，愤怒不已地离开体育祭。堀北追着他跑了出来。堀北叫住他并跟他交谈，尽管听到了须藤的各种抱怨，但还是忍耐着跟他沟通…

学生会的交替仪式结束了，绫小路被佐藤叫出去。就在这个时候，期中考试的考试结果发表，D班的退学人数达到了0人。但是茶柱说道，真正的测试是在期末举行的特别考试，俗称Paper Shuffle…

为了应对paper shuffle召开了学习会，绫小路参加了以幸村为中心的学习小组。同组的长谷部·三宅组合擅长和不擅长的科目都是一样的，可能会两败俱伤。但是，绫小路提出了有个可以找出考试问题倾向的方法……

在paper shuffle的背后，堀北与栉田以退学为筹码的比试开始了。

另一方面，龙园出现在了参加学习会的绫小路面前。并受到了龙园发送的邮件的挑衅……

圣诞节将至，学生们都很浮躁。轻井泽也是其中一员，享受着街道上的圣诞节氛围。但是，放学后和佐藤一起玩耍，但是发现被C班的学生跟踪了。另外，绫小路也在学习会中被某个人监视了……

和绫小路的协力关系突然解除的轻井泽，无法隐藏自己由于和他完全失去联系的迷茫。就在这时候，D班在讨论今后班级当真的时候，龙园他们C班的人出现了…

龙园为了揭开幕后黑手的真实身份，将轻井泽逼入绝境。遭到欺凌的记忆在脑海中闪现——并在调查中发现幕后黑手在利用轻井泽。即使如此轻井泽还是对绫小路的事绝口不提…

经过之前的事情，轻井泽发现了自己心情发生了巨大的转变。此时，佐藤找她商量圣诞节的时候和绫小路约会的事。轻井泽虽然心情复杂，但仍然认真地给佐藤出谋划策…

时间来到第三学期，绫小路等人从D班升上C班，准备开始面对全学年共同进行的特别考试「混合合宿」。这场特别考试要和以前彼此敌对的其他班级组队，可以预料一定会有摩擦。但这场考试又有一条规定，要是分数低于标准，有人就必须退学⋯⋯

石崎不肯配合，总爱唱反调，高圆寺又我行我素，绫小路他们这组有这些人，担任负责人的幸村无法顺利整合大家，小组气氛始终很差。另一方面，绫小路开始行动，想从特定学生口中获得情报。这时候，小组因为A班的桥本所说的话，开始产生变化──

轻井泽和平田分手了──当C班热烈讨论此事，山内被A班的坂柳叫出去。山内喜不自胜，并未听进堀北警告那是「陷阱」。另一方面，绫小路从堀北口中得知一之濑身边有莫名的谣言。

情人节当天，C班的男生们热烈讨论能否收到巧克力的话题。在这样的情况下，轻井泽被绫小路叫出来，显得坐立难安。但当两人在约好的地方讨论事情，有个出乎意料的人出现……

在布告栏放出谣言的人，是受到坂柳命令的桥本──石崎和伊吹认定是他，但没有证据，无法继续深究。此时，绫小路他们听说坂柳带着A班的人，闯入B班。坂柳宣称握有一之濑那些谣言的证据，面对她，始终对谣言保持消极态度的一之濑会……

C班的期末考成绩全班都及格了。当教室中飘荡着安心的气氛，茶柱忽然宣布要进行追加的特别考试「班级投票」。考试内容是要在班上选出三名「值得赞美的人」和三名「该被批判的人」，然后进行投票，选出第一名和最后一名，是个极为单纯的考试，但是⋯⋯

自从「班级投票」公布后，C班便笼罩着不安稳的气氛。此时，绫小路从2年A班的朝比奈口中听闻一之濑去委托南云学生会长帮忙。之后，担心班上同学的平田也找绫小路商量拯救全班同学的办法。

堀北与哥哥学谈过后，提出山内必须在这次特别考试被退学。因为山内至今不只对班级的贡献度极低，还集中批评票，要让绫小路退学。更有甚者，在他背后操控的人，还是A班的领袖坂柳。但平田不认同有人要被退学，反对堀北的意见，使得情况混乱到极点。

基于「班级投票」的结果，C班出现首名退学者。坂柳表示，这次的特别考试是为了让绫小路退学的舞台。这时候，自称是代理理事长的月城出现在绫小路和坂柳面前。月城是绫小路的父亲送进校园的人。知道此人的存在后，绫小路向坂柳提出要在下次考试决胜负。

C班为了应付特别考试，想了各种策略。但每一种策略都缺少决定性要素。绫小路认同堀北想出的方案，但另一方面，平田始终纠结「班级投票」的结果，不愿提供帮助。平田甚至冷落替他担心的小美，最后绫小路上前与他攀谈。

平田重新振作后，全班团结一致，绫小路VS坂柳的年度最终特别考试终于开始。第一战选上的是「篮球」。C班虽善战，但这很正常，因为A班放水了。尽管须藤在中途被换上场，坂柳却认为只要动摇他的心神，他就会失常⋯⋯

最终特别考试的结果，绫小路他们可惜输给了A班，又被降到D班。但是同学们经过这一年，已经确实成长。尤其堀北学会倾听其他同学的意见，而且基于总有一天必须打败B班的理由，要求一之濑解除合作关系，展现出身为领袖的成长。

时间来到春假。椎名以讨论书本内容为名，将绫小路叫出去。另一方面，神崎出现在和桥本密会的龙园面前。尽管班级在特别考试败北，神崎面对龙园却毫不退缩。在升上二年级的前夕，学生之间的人际关系在这一年当中，已经产生了变化。