El melancólico y desmotivado Kiyotaka Ayanokouji asiste a su primer día a la Academia Tokyo Koudo Ikusei, una institución establecida por el gobierno para formar a una generación de los mejores y más brillantes de Japón. Se dice que en esta escuela todo se decide en función de los méritos, lo que incluye la generosa asignación mensual de puntos que los estudiantes pueden gastar en las tiendas locales. A medida que Ayanokouji empieza a desenvolverse en este sistema, también entabla una curiosa relación con la distante compañera de fuera Suzune Horikita y con la terminantemente gregaria Kikyou Kushida.

Kiyotaka y Kushida van con la Sakura al centro comercial donde la Sakura intentará reparar su cámara. Después, Kiyotaka habla con Sakura sobre la situación de Sudo y si debe hablar de lo que vio.

Como parte de una prueba especial, la escuela ha llevado a los estudiantes a una isla tropical deshabitada donde deben vivir durante una semana. Su rendimiento en la prueba puede tener un enorme impacto en la clasificación de puntos de las cuatro clases.

La clase D ha logrado cierto grado de unidad al enfrentarse a la prueba especial, por lo que Ayanokouji y Horikita se dirigen a ver cómo se llevan las otras clases. La clase B está trabajando en conjunto para lograr una vida cómoda, mientras que la clase A se mantiene en secreto.

Con el incidente del ladrón de bragas ya erosionando la confianza de la clase D, Horikita descubre que le han robado su tarjeta de líder. Mientras intentan averiguar quién lo ha hecho, el campamento base se sume en el caos debido a un incendio intencionado.

La prueba de supervivencia está llegando a su fin. Las cosas no pintan bien para la clase 1-D debido al robo de la tarjeta de líder. Y ahora Suzune se ve obligada a retirarse debido a su enfermedad. Kiyotaka intentará cambiar las cosas.