El melancólico y desmotivado Kiyotaka Ayanokouji asiste a su primer día a la Academia Tokyo Koudo Ikusei, una institución establecida por el gobierno para formar a una generación de los mejores y más brillantes de Japón. Se dice que en esta escuela todo se decide en función de los méritos, lo que incluye la generosa asignación mensual de puntos que los estudiantes pueden gastar en las tiendas locales. A medida que Ayanokouji empieza a desenvolverse en este sistema, también entabla una curiosa relación con la distante compañera de fuera Suzune Horikita y con la terminantemente gregaria Kikyou Kushida.