成績の悪い生徒たちが多かったにも関わらず、Ｄクラスは学校側の予想に反し、高得点を叩き出して中間試験を終えた。その試験結果の裏には、堀北たちの必死の努力、そして綾小路の暗躍があった。しかし成績面を最も不安視された須藤が、たった１点だけ及ばず赤点となってしまう。「須藤健、お前は退学だ」——冷徹に言い渡す担任教師・茶柱。既に採点も終わり、決着がついてしまった中間試験の結果を覆すため、綾小路が繰り出した最後の一手とは……？　そして中間試験の騒がしいゴタゴタの中で、綾小路はクラスのアイドル的存在である櫛田桔梗の知られざる一面を、目の当たりにしてしまうのだった。

波乱の１学期が終わり、学校は夏休みに入っていた。友人など一切不要と言い、孤独を貫く少女・堀北鈴音は、夏休み中も誰とも会うことなく、読書と勉強だけの日々を送っている。そんなある日、綾小路から「Ｄクラスの男女合同でプールに行こう」と誘いの電話が入った。普段であれば断るのだが、『とある事情』により誘いに乗る堀北。一方その頃、Ｄクラスの池を中心とした男子たちは、何やら怪しい計画を立てていた。そしてプール当日、Ｂクラスの一之瀬たちとも合流し、ビーチバレーなどのレジャーを楽しむ面々。その中で暗躍するＤクラス男子たちだが、プールには坂柳と龍園といった他クラスのリーダーたちも訪れていて……？

バカンスと思われた南の島への旅行だが、その実は学校が定めた特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。主なルールは、『各クラスに３００ポイントが与えられ、そのポイントで物品を購入できる』、『島内の特定スポットを占有することでポイントを得られる』、『各クラスでリーダーを決め、他クラスのリーダーを当てればポイントが与えられる』など……。この試験の成績次第で、各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減する。Ａ〜Ｃクラスは試験内容を理解すると同時に、迅速に動き始めた。だがＤクラスの生徒たちは慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。

特別試験の初日が終了した。やっとＤクラスの生徒たちは一つにまとまり、協力して無人島生活を続けられる態勢になる。そんな中、綾小路と堀北は他クラスがどのように試験に臨んでいるか調査し始める。高い団結力を活かし、ポイントを有効に節約しながら、無人島生活を楽しんでいる一之瀬たちＢクラス。洞窟をベースキャンプに定め、その内部を決して見せようとしない葛城たちＡクラス。だが、最も理解に苦しむ行動をしているのは龍園率いるＣクラスだった。龍園は、試験に勝つためポイントを節約しようと努力する他クラスの生徒たちを嘲笑い、すべてのポイントを一気に浪費して豪遊していた。堀北はその行為を自滅と批判するが……？

Ｄクラスリーダーのキーカードを保有している堀北。彼女の体調が悪化していた。それに気づいて指摘する綾小路だが、リタイアすればマイナス３０ポイントのペナルティが課されるため、体調不良を隠して乗り切るという堀北。その頃、Ｄクラスでは女子の下着が盗まれる事件が発生し、男子と女子が対立。クラスは再びバラバラになっていく。さらに試験６日目、体調を崩していた堀北の隙を見て、何者かがリーダーのキーカードを盗み出した。直後、ベースキャンプ内で放火騒動まで起こる。下着泥棒、キーカード盗難、放火騒ぎ——誰がなぜこんなことをしているのか。生徒たちの疑心暗鬼と対立が強まり、Ｄクラスは混乱に陥っていく……。

堀北のキーカードを盗んだ犯人は伊吹澪だった。キーカードを取り返すために彼女と戦った堀北は、体調が悪化し、ついに倒れてしまう。兄に認められるために、またＡクラスへ昇格するために、リタイアを拒む堀北。しかし体力的に限界と見た綾小路は、彼女を無理矢理にリタイアさせるのだった。リーダーを知られたことによる失点、リタイア２名分の失点、そしてクラスが団結できなかったために起こったポイントの浪費……Ｄクラスの試験結果は、惨憺たるものになると予想された。一方、Ａクラスは着実にスポット占有によるポイントを集め、莫大なポイントを得ていた。そして試験最終日——生徒たちの前に、意外な人物が姿を現す。