海外生活から帰国した理人は高校入学初日､アーンヴァル型の神姫･アンに起こされて慌しい朝を迎えた｡大量の引越し荷物の中から出てきたのは･･･｡

理人家にストラーフ型の神姫･ヒナが加わった｡新たな仲間に喜ぶアンたちだったが､好戦的な性格のヒナはバトルに興味の無い一同になじめず､ひとり距離を置いてしまう｡

閉店後の神姫ショップから売り物の神姫が盗まれるという連続事件が発生｡これを受けて､ご近所のエウクランテ型の神姫･クララが､アンたちを自警団に誘う｡

レーネの行動を疑うアイネスが尾行すると､そこでは年に1度の公園レース"神姫1グランプリ"が行われていた｡ゲスト神姫も入り乱れ､各々の思惑と激走が公園を駆け巡る!

商店街の福引で沖縄旅行が当たる｡大喜びのアンたちは水着アーマーを装着し､スイカ割りにビーチバレーと､完ぺきな装備で沖縄の海を堪能する｡

楽しかった思い出に浸りつつ､東京への飛行機を待つ空港で､キャビンアテンダントの神姫を見かける｡職業神姫にあこがれを抱いた一同はそれぞれの将来の夢に思いをはせる｡

真夏のある日｡厳しい猛暑の中､熱暴走寸前のアン達はなんとかして涼しさを得るべく､納涼企画を開催する｡無数のロウソクに囲まれ､静かに語られる物語｡

公園の木々の葉も落ち始め､赤とんぼが舞う季節｡アンたちがいつものように遊んでいると､アイネスがどこからか怪しいラベルが貼られた小瓶を手に入れてくる｡

その伝説は1人の少年のささいな忘却から始まった｡突如､回り始める運命の歯車｡それは導かれるように､戦う者たちの祈りにこたえるかのように､やがて歴史を揺り動かす｡

クリスマスシーズンが到来｡雪がちらつく寒いこの季節にアンたちは理人にプレゼントを買うべく､神姫用のバイトを始める｡それぞれが選んだ仕事とは､意外なものだった｡

ヒナが理人の家に来てからまもなく1年が経とうとしていた｡アンたちはサプライズ誕生日パーティを計画する｡そんな中､年に1度の神姫公式バトル大会が開催される｡

ヒナの誕生日当日､そこにヒナの姿はなかった｡ヒナの身の危険を感じたアンたちは､神堂邸へと向かう｡仲間のため､マスターのため､神姫たちの戦いが幕を開ける!