砂刑历93年。在无边际的沙海漂流的漂泊船“泥之鲸鱼”上生活着一群人。记录此生活的少年查克罗，在时隔半年才发现的漂流岛上，发现了衰弱的少女·莉柯丝。小岛的执行部即长老会，视莉柯丝为危险，并想要囚禁她，然而泥鲸的不良团体“体内鼹鼠”的领导，奥尼将她带走了。他让查克罗带路，以莉柯丝生活的“外面的世界”目标出发。

　　好不容易到达了莉柯丝的岛，这里宛如废墟，有许多墓碑放置着。莉柯丝说道，奥尼所憧憬的外面的世界——那就是没有感情的士兵“阿帕托叶”，持续着漫无目的的战争的世界。回到泥鲸的他们，遭遇到了绽放光芒的星蝗群开始移动的“飞蝗现象”，然而泥鲸安稳的日子，以这一天为界突然转变。乘坐小型艇的士兵们相继奔来，开始无差别地袭击岛上的人们。

　　帝国军和泥鲸，其决战的枪火打响。在年幼的孩子们也不得不作为战力动员的状况中，首长斯沃和马索等大人们抱有复杂的感情。但是，帝国军的进攻并没有停止，最终连长老会的白慈也倒下了。另一方面，在莉柯丝的向导下成功潜入斯基罗斯的突击部队，活用了奥尼的压倒性战斗力，并往内部进发。然而，当潜入目的地，魂形的隔间时，悲剧降临。

　　由于与战舰斯基罗斯之间的战斗，奥尼失去了挚友。由于这个死而让感情爆发的奥尼，解放了被法蕾娜的“恶灵”视为危险的能力。靠在魂形之间本应无法使用的情念动使斯基罗斯走向崩坏。就在此时，查克罗被谜之生命体奥莉薇尼斯提议，以泥鲸居民的感情为代价做交易。查克罗拒绝了，但他却被看到未来的奥莉薇尼斯托付了，能给予泥鲸新力量的“骨”。

　　西科库、西康的反叛在奥尼的抗压下以失败告终，但无印和印之间最终还是会产生冲突。在其混乱之际，身为印们的大哥般的存在的马索，寿命将至而断气了。斯沃决定将印短命的秘密向泥鲸的居民们坦白。西科库、西康却第一个发出了责备斯沃的声音，然而斯沃却提出了让奥尼成为新共同体的首领的提议。然后泥鲸突破了“法蕾娜的牢笼”，向新世界出发。