そこは、誰もが“魔法”を使える世界――　“クローバー王国”と呼ばれる国に、最強の魔道士“魔法帝（まほうてい）”を目指すふたりの少年・アスタとユノがいた。

最果ての地“ハージ村”にある教会に、同じ日に捨てられたアスタとユノは、それからずっと兄弟のように過ごしてきた。ところがなぜかアスタは、いつまでたっても魔法を使うことができない。一方、同い年のユノは、すでに“風”の魔法を使いこなしていた。

“魔導書（グリモワール）”がもらえる年齢、15歳になり、いよいよ授与式の日がやってきた。アスタはグリモワールの授与で、自分に秘められた魔力が開花し、魔法が使えるようになると信じ胸を弾ませるが……。

授与式でユノが授かったグリモワールは、選ばれし者だけが手にできる幸運の“四つ葉のグリモワール”だった。それを狙う盗賊・レブチに襲われ危機的状況に陥るユノ。そこにアスタが駆けつけた。だが魔力がなく、授与式でグリモワールを手にできなかったアスタは、魔法で戦うことも防ぐこともできない。それでも諦めず戦うアスタ。そのとき、どこからともなく謎の “五つ葉のグリモワール”が現れ、その中から古い大剣が!?　手にした大剣でレブチに立ち向かうアスタの姿を見たユノは、幼い頃からありえないことをやりとげてきたライバル、アスタとともに、魔法帝を目指した日を思い出す――。

初めて訪れた王都の賑わいに目を輝かせながら、アスタとユノは魔法騎士団入団試験を受けるため、試験が行われるコロシアムへと向かっていた。

訪れたコロシアムには、ふたりと同じように魔法騎士団への入団を夢見る大勢のライバルが集まっていたが、最果て出身のアスタとユノは、彼らの冷たい視線にさらされる。その中には、少しでも注目を集め、より有力な団に入ろうと考えるセッケ・ブロンザッザもいた。　そんな中、筋骨隆々で眼光鋭いひとりの男に因縁をつけられるアスタ。　身体能力には自信があるアスタでさえも威圧感と力で押さえつけるその男は、魔法騎士団のひとつ“黒の暴牛団（くろ　の　ぼうぎゅうだん）”団長ヤミ・スケヒロで……!?　

ヤミの命令で、アスタとノエルが、マグナとともに初任務のイノシシ狩りに行くことになった。無事任務を済ませ、依頼主である“ソッシ村”の村長・セイヒのところに向かう三人。ところがなぜか、村を覆う魔法の霧に行く手を阻まれることになる。戸惑いつつ魔法を斬ることができるアスタの剣で霧を斬り裂きながら先へと進んだ三人は、やっとのことでたどり着いた村の広場で目にした光景に、思わず絶句する。

アスタとノエルの前に、同じく調査任務を任された金色の夜明け団のユノ、クラウス、ミモザが現れた。エリート意識の高いクラウスは、魔法騎士団の中でも特に評判の悪い黒の暴牛団をバカにし、それに腹を立てたアスタと口ゲンカの末、それぞれどちらの団が先に宝物殿にたどり着くかを競争することになる。

一方、アスタたちを置き去りにして先へと進んだラックは、やはり宝物殿を目指すダイヤモンド王国の魔道士、ロータス・フーモルトとその部下たちと遭遇。彼らに戦いを仕掛けていた。

協力して宝物殿の近くまでたどりついたユノたち金色の夜明け団。だが突然現れたダイヤモンド王国の魔道士、マルスに行く手を阻まれる。目の前の敵を倒すことだけを目的とし、一向に魔力の衰える気配のないマルスに危険を感じたクラウスは、ユノに先に宝物殿に向かうよう命じるが……。

一方ラックは、ロータスの策にはまりピンチに陥っていた。それでも“勝つこと”に執着するラックの攻撃は戦いの中で研ぎ澄まされてゆく。だが、“奈落のロータス”という通り名を持つ百戦錬磨のロータスはやはり手ごわく……　そこにアスタとノエルが駆けつけた。

“仲間”と一緒に宝物殿に行くため、ユノはクラウスとともに、大ケガを負ったミモザを休ませマルスに立ち向かう。だがふたりは、底知れぬ魔力を持つマルスにキズひとつつけることができずにいた。そんな中クラウスは、マルスのからだに埋め込まれた“宝石”を見てダイヤモンド王国が行っているという“実験”のことを思い出す。ユノの全力の攻撃もマルスには通じず、一方的に追い詰められてゆくふたり。いよいよ万事休すかと思われたとき、連携してロータスを退けたアスタたちがついにユノたちに追いついた。

やっとのことで宝物殿にたどり着いたアスタやユノたちは、その場を埋め尽くすたくさんの宝物に息を呑む。そんな中、古い巻物を見つけたユノは何気なく手にとってみるが、その瞬間ユノのグリモワールに不思議な現象が!?　一瞬のできごとに困惑する一同だが、そのとき拘束魔法を解き、使えるはずのない炎の魔法をまとったマルスが再び攻撃を仕掛けてきた！　不意をつかれたユノ、ラック、クラウスは動きを封じられ、大ケガを負うノエル。アスタも頼みの大剣を弾き飛ばされてしまう。だがアスタは、ずっと自分につきまとっていた鳥、ネロが飛んで行った方向に、もう１本の古い剣を見つけ……!?

マルスとの戦いで大ケガを負ったアスタがその場に崩れ落ちた。一方マルスは何かに突き動かされるように再び立ち上がると、アスタにトドメを刺そうと襲い掛かる！　アスタを救うため、必死で拘束魔法を解き攻撃を仕掛けようとするユノ。だがマルスはすでにアスタの間近まで迫っていた。今の状況からアスタを守れるだけの強くて速い魔法はないとユノは焦るが、そのときふいに、小さな女の子の姿をした“風の精霊・シルフ”が現れた。そして、戸惑うユノの目の前で驚くべき力を見せつける。

ダンジョン攻略任務の報告のため、ノエルとふたりで騎士団本部がある“王貴界（おうきかい）”に行くことになったアスタは、途中で出会ったユノ、クラウス、ミモザとともに本部に向かう。そんな一同を出迎えたのは、現・魔法帝であるユリウス・ノヴァクロノだった。実はその日は戦功叙勲式の当日。ユリウスは叙勲を受ける騎士団員たちとは別に、アスタたちを“特別ゲスト”として招いたのだった。

ユリウスに案内され、会場に入った一同の目の前に、多くの“星”を取得した魔法騎士団の精鋭たちが立ち並ぶ。

自分たちより実績の劣る“特別ゲスト”のアスタたちを見下すような言葉を繰り返す騎士団員たちにアスタの堪忍袋の緒が切れた！　不穏な空気の中、ついにアスタと一部の騎士団員たちの争いが始まるが、それを止めたのは“紅蓮の獅子王団（ぐれん　の　ししおう　だん）”団長フエゴレオン・ヴァーミリオンだった。これに“銀翼の大鷲団（ぎんよく　の　おおわし　だん）”団長でノエルの兄、ノゼルが反発。一触即発の状況に。そんな中、何者かによる王都襲撃の報せが入る！

ノエルの助けで戦いに集中できるようになったアスタ。だがラデスが操る屍体が放った呪力の塊“呪弾（じゅだん）”のせいで体力を奪われ、思ったように動けなくなってしまう。勝ち誇ったラデスはいっきにアスタにトドメを刺そうとするが、この窮地を救ったのはフエゴレオン団長だった。魔法騎士団の精鋭たちに向かって「魔法帝になってオマエら全員黙らせてやる！」と豪語し、人々を護るために必死で戦うアスタの姿を見たフエゴレオン団長は、ここでアスタを死なすわけにはいかないと、自らラデスとの戦いを買って出る！

魔法騎士団の活躍に人々が歓喜する中、突然、強力な空間魔法“ブラックアウト”によって騎士団員たちの姿が消えた。その直前にグリモワールが反応したことで難を逃れたユノは、とてつもない魔力量を持つ敵・キャサリンとの戦いに突入。彼女が放った“灰呪詛魔法・喜々壊灰（はい　じゅそまほう・ききかいかい）”の呪弾によって、体の自由と感覚を奪われてしまう。追い詰められ、悔しさに打ちひしがれるユノだったが、そのときユノの“魔（マナ）”に変化が起きる！

一方、ユノたちとは別の場所にいたアスタたちも“ブラックアウト”から逃れていたが、フエゴレオン団長に拘束されてピンチのはずのラデスは、なぜか不敵な笑みを浮かべる。

アスタたちが見つめる中、フエゴレオン団長は空間魔法にとらえられ姿を消した。ノエルはフエゴレオン団長だけを狙ったピンポイントの魔法の発動に、術者が近くにいると推測。アスタがその正体を暴いたが、そんなアスタたちの目の前で信じられないことが起きる！

一方、風の精霊シルフの力を借りたユノの攻撃により大きなダメージを受けたキャサリンは、失った魔力と体力を回復しようと、その場にいた黒の暴牛団の一員、チャーミー・パピットソンに目をつけた……。

アスタたちの前に、さらなる敵が現れた。キズだらけになりながらも闘志を失わず、新たな敵に戦いを挑むアスタとレオポルド。だがふたりの闘争本能の強さを危険視する敵は、この場でふたりを殺そうと激しい攻撃を仕掛けてくる。ノエルの援護も空しくついにアスタとレオポルドは立ち上がることもできなくなってしまうが、そのとき、空間魔法によって遠隔地に送られた魔法騎士団が、協力して王都に戻ってきた。心強い援軍の到着に安堵するノエルだったが、それもつかの間、敵にアスタが連れ去られてしまう。

“白夜の魔眼（びゃくや　の　まがん）”を名乗る者たちにつかまり絶体絶命のアスタを救ったのは、敵のアジトで待ち構えていた魔法帝ユリウスだった。圧倒的な力を持つユリウスを呆然と見つめるアスタだが、ユリウスが彼らから情報を得ようとしたとき、突然強力な“光魔法”が放たれ、拘束した敵とその場にあった奇妙な“石板”が奪われてしまう。側近のマルクスからの報せで王都に戻ったユリウスは、被害状況とわずかに得られた情報から、敵が思った以上に強大な力を持ち、何かとてつもないことを企てていることを感じ取り、魔法騎士団員たちに一層気を引き締めるよう伝える。

アスタが先輩のフィンラル・ルーラケイスに誘われ、なぜかラックと三人で合コンに行くことになった。話を聞きアスタのことが気になって仕方ないノエルは、密かに様子を探ろうと、三人が向かった店で急遽アルバイト!?　いよいよ合コンは始まるが、バトルマニアのラックやアスタの大き過ぎる（？）夢の話に女性グループはしらけ気味。ところが、女性グループのひとり、レベッカ・スカーレットから、幼い弟妹の面倒を見ているという話を聞いたアスタは教会の子供たちのことを思い出し意気投合。ノエルを焦らせる。

魔法帝を目指すアスタとユノが、その第一歩として念願の魔法騎士団員となってから月日がたち、ふたりの活躍を耳にするたびうれしくなる神父やシスター・リリー。一方、魔法騎士団の中にもふたりの活躍をうれしく思う人物がいた。それはアスタを「マブダチ」と呼び、その幼なじみで親友のユノを「マブダチのマブダチ」と呼んで密かにその活躍を見守り続けている（？）黒の暴牛団の一員、ゴードン・アグリッパだった!?

ゴーシュの作戦が功を奏し、何とかリヒトを倒したアスタたち。ヤミ団長は拘束したリヒトを魔法騎士団本部に連行しようとするが、そこに“三魔眼（サードアイ）”と呼ばれる白夜の魔眼で最強の三人が現れた。強敵の出現に、これまでの戦いで疲れ果て、余力の残っていないアスタや魔力の残り少ないゴーシュやフィンラルを戦わせるわけにもゆかず、三人を相手にひとりで立ち向かうことにしたヤミ団長は、己の限界を超えた戦いを覚悟する。

通報を受け、“銀翼の大鷲”団団長ノゼル、“翠緑の蟷螂”団団長ジャック・ザリッパー、“碧の野薔薇（あお　の　のばら）”団団長シャーロット・ローズレイが、アスタたちのいる洞窟に駆けつけた。三人の団長とサードアイとの桁違いの魔力のぶつかり合いの中、ヤミ団長はリヒトにさらなる攻撃を仕掛けるが、リヒトもこれを予測していた。そこにアスタが割って入る。ところがアスタの“反魔法（アンチまほう）”の剣の一撃を受けたリヒトに異変が!?　そしてリヒトは、アスタのグリモワールと２本の剣について奇妙なことを口走ると……!?

強力な魔法を使い悪魔と戦うリヒトとルミエル。だが悪魔は驚異の再生力ですぐによみがえってしまい倒すことができない。強大な魔力同士がぶつかり合うすさまじい戦いを目にしたアスタは、異界の魔法にも有効な“反（アンチ）魔法”の力をもっとうまく使えないかと考え、新たな力の発動に成功するが、あまりに強すぎる力を制御できずにいた。そんな中、ユノがさらなる力を目覚めさせ……!?

憧れの初代魔法帝の前で、未来の“魔法帝”を目指すアスタとユノ渾身の一撃が放たれる!!

五つ葉の魔導書（グリモワール）を奪いネロを連れ去った一行を追っていた、アスタ、ノエル、マグナはついに彼らに追いついた。ところが“デビル・ビリーバー”として本性を現した一行はいつの間にかその数を増やしており、マグナは状況を伝えるためヤミ団長の元へ。　一方、ノエルとともに残されたアスタは、何とかしてネロを解放してもらおうとするが、クローバー王国の国民でありながら、魔力に乏しいというだけで蔑まれて暮らしてきた敵は、目的のため、命がけで国境を越える覚悟を決めており……？

ネロとともに捕らえられ、強魔地帯に近い国境付近まで連れてこられたアスタとノエルのところに、ヤミ団長を連れてマグナが戻った。さらには、フエゴレオン団長とノゼル団長もその場に現れ、一瞬怯むデビル・ビリーバーの一行。団長たちは彼らを説得するため話し合おうとするが、魔法騎士団に不信感を持ち、固い決意のもと国境を越えようとする一行は、お互いの魔力を結集して団長たちに挑もうとする。

魔法騎士団への入団を目指す者たちが集まる“魔法騎士団入団試験”が行われることになり、アスタやノエルたちはヤミ団長に連れられ見学にやってきた。魔力が少ない者にむらがる“アンチドリ”に群れで追い回されるのも懐かしい（？）試験会場に着いたアスタは、希望とやる気に満ちた受験生たちの姿を目にし、自身の入団試験の日こと、入団後からこれまでに積み重ねてきたことを思い出し、決意も新たに、試験の様子を見守る。