Gensoukyou: Eine Welt, die still und heimlich neben der unseren existiert, getrennt durch eine mystische Barriere. Es ist eine Utopie, in der Menschen und andere Wesen wie Feen, Youkai und Götter friedlich zusammenleben. Jeden Sommer findet ein großes Fest am Schrein der Reimu Hakurei statt, dem Mädchen, das die Grenze von Gensoukyou bewacht und der Schrein füllt sich mit Bewohnern aus ganz Gensoukyou.

Auch dieses Jahr ist es wieder so weit, doch während Reimu den Schrein auf das Fest vorbereitet, bemerkt sie, dass ihre Spendenbox verschwunden ist. Gemeinsam mit der Reporterin Aya Shameimaru und der Zaubererin Marisa Kirisame macht sie sich auf die Suche nach dieser und stellt dabei fest, dass die Spendenbox nur eines von vielen Dingen ist, die über Nacht anscheinend spurlos verschwunden sind.