意識が戻らないルーシーとシメオンを心配するチセ。その原因は禁書“カルナマゴスの遺言”による魔力不足だと知らされる。2人の救出に手を差し伸べるエリアスに、チセも協力を申し出るが…。

奪われた魔術書。フィロメラの自主退校の報せ。二つの危機が降りかかる中、学院の封鎖により一時の安息を得たチセ。だが、それは仮初めに過ぎない。生徒たちは己を守る術を習得するため特別授業に臨む。魔術に限らない”戦闘”の訓練に。

エリアスの助けで、リズベスの魔術を打ち破ったアルキュオネは本来の命令に従う。そこにはフィロメラを守るため、アダムの残した仕掛けが施されていた。しかし、リズベスは止まらず、自身すらも贄として異邦の神を顕現させてしまう。すべてを塵と化す神に、チセたちは女神モリガンの助けを借りて立ち向かうのだった。