藤井蓮はかつての親友との大喧嘩により決別し、結果長期入院を余儀なくされる。退院後、幼馴染みの綾瀬香純に誘われ立ち寄った博物館にて出会った謎の少女、その少女が黄昏の浜辺で口ずさむおぞましきギロチンの歌、大群衆の中自らが処刑される夢……。様々な出来事が蓮の日常への回帰を認めない。追い打ちをかけるように、諏訪原市で首切り殺人事件が起こる。嫌な感覚を覚える蓮を嘲笑うかのように混乱の裏側で闇が蠢き出す。第三帝国が生み出した魔人たちは諏訪原市にて誓いの言葉を言祝ぐ。「我らに勝利を与え給え」――と。

諏訪原市で起こる連続殺人事件は止まることを知らない。自分がギロチンで処刑される夢を見る度、事件が起きている……そんな奇妙な一致を蓮は一笑に付すことができない。そんな折、玲愛の名付け親だという神父、トリファと出会う。別れ際に投げかけられた問いを境に彼の日常は終わりを告げた。恐るべき第三帝国の魔人たち。為す術もなく翻弄される蓮は相手の気まぐれにより、かろうじて命を拾う。それでも頑なに日常を守ろうとする彼は翌日も“いつものように”学校へと向かう。しかし、そこには昨夜の魔人たちの姿が……。

魔人の一人であるルサルカが学園に現れた。蓮はまるで普通の女子高生のような会話に終始する彼女の前にその真意を掴むことができない。そんな底の見えない不気味さが日常を浸食し、ずっと一緒だったはずの幼馴染み、綾瀬香純の様子も徐々におかしくなっていく。不吉な空気を拭うため、街へと繰り出す二人。香純からカドゥケウスのペンダントをプレゼントされた瞬間、蓮の意識は暗転する。見失ってしまった香純を探す蓮は連続殺人事件の犯人を図らずも見つけてしまう。しかし、その正体は蓮には受け入れがたいもので……。

ついに聖遺物を身に宿し、戦うための刃を手に入れた蓮。しかし、今の蓮では衝動を抑えることで精一杯で十二分に制御できない。見かねた螢は蓮に指南を施す。その中で様々な事実――聖槍十三騎士団黒円卓、カール・クラフト、様々な魔術位階を知ることとなる。不本意ながら、螢の助力により確かな手応えを掴みつつある蓮。しかし、そんな安心も束の間、香純が何者かに攫われてしまう。敵として現れた黒円卓の一人を前に蓮は我を忘れて、襲いかかる。大きな実力差の前に蓮は――。

シュピーネとの激闘後、眠ってしまった蓮が目を覚ましたとき、隣には夢に出たギロチンの少女マリィが全裸で眠っていた。それを見て怒り狂う香純を宥めつつ、三人で街へと繰り出す。昨夜の出来事がまるで嘘のような日常を謳歌する三人。けれど、束の間の休息の終わりは既に目前まで迫っていた。マリィを武器として使うことに罪悪感を抱く蓮に対して彼女はそれでも構わないと告げる。自分の意思というものが見えないマリィを説得する時間もなく事態は加速度的に進行していく。流れに逆らうこともできず、蓮はマリィを使い戦いに身を投じる。

黒円卓との戦いに駆けつけたのはかつて決別したはずの親友遊佐司狼だった。ヴィルヘルムの苛烈な攻撃にも対応してみせる彼を目にして、蓮は螢との対決に集中する。互角の戦いを見せる蓮であったが、突如現れた圧倒的な存在感の前に決死の逃亡を図る。螢を突き飛ばし、後はひたすら駆け抜けるだけ――というところで何者かが行く手を阻む。その正体は蓮も知る人の良さそうな神父、ヴァレリア・トリファであった。動揺する彼に追い打ちをかけるように最強の敵が姿を現す。その途方もない実力差の前に蓮とマリィは為す術もなく……。

目を覚まし、地下に拘束されていることに気付く蓮。近づく足音に身体を強ばらせるが、その正体は見知った人間、氷室玲愛だった。玲愛がいるという事実に安堵して蓮は笑みをこぼす。しかし、玲愛は自分に向けられるその信頼を素直に受け取ることができず、反発してしまう。逃げるように立ち去る玲愛と入れ替わりでトリファが顔を見せる。そして案内された先の場所で蓮はとうとう黒円卓の首領ラインハルトと対面する。彼の語る覇道を否定し、明確な敵対の意志をたたきつける蓮。その意気や良しと笑うラインハルトから蓮はマリィを取り戻す。

八つのスワスチカを開き、黄金錬成を完成させる――それが聖槍十三騎士団、ラインハルトの目的だった。二つが開き、残るスワスチカは六つ。全てを守ることができない蓮は苦悩しながらも最も日常が色濃く残る学校を選択する。しかし、学校には螢やルサルカの姿はなく、幽鬼のように徘徊する生徒で溢れていた。そして、クラブ、ボトムレスピット――先ほどまで蓮がいた場所ではルサルカによる虐殺が行われていた。司狼とエリーは臆することなく対峙するが聖遺物を持たない二人が敵うはずもなく――。

かつて第三帝国では生命の泉と呼ばれる組織が存在し、優生学に基づく研究を行っていた。リザ・ブレンナーはそこに身を置き、超人を人為的に生み出す研究を行う。しかし、行き過ぎた研究は人体実験にまで手を伸ばさせ、彼女にとって残酷な結果が突きつけられる。リザは失った人を取り戻すため黒円卓に参加し、スワスチカを開こうとする。彼女に人殺しはさせられないと立ち塞がる蓮であったが、螢の参戦により突破を許してしまう。語られる螢の望みを蓮は真っ向から否定する。思想が噛み合わない蓮と螢との戦いに乱入する影が……。

ラインハルトの宿願のため、蓮と対決するエレオノーレ。圧倒的な実力を持って翻弄し、嬲り、追い詰めていく。懸命に追い縋る蓮であったが、周囲の人々を守るため強力な一撃の直撃を受け、気絶してしまう。なおも追撃しようとするエレオノーレの前にマリィが立ち塞がる。容赦ない攻撃を受け、これまで自分を守ってくれた人たちが抱える痛みを理解していく彼女は、それでもまだなお、強大な敵の前に立ち続ける。そんなマリィの気概を受け、蓮は立ち上がる。二人は誓い合う――共に力を合わせて、日常に戻るのだと。

メルクリウスは自滅因子について語る。曰く、滅びの願望が具現化した存在だと。物事の裏表のように、大切な日常を守りたいという気持ちの裏側で、マヤカシの日常を壊したいという願いがあるように。メルクリウスにとってのラインハルトがそうであるように、彼にとっての彼がそうであるように。それは、神のオモチャにすぎない。だからこそ、死ぬことは許されない。故に彼は既知感から逃れられず、彼と破滅的な友情を築く。そう、まるでそれまでの日常が終わりを告げた、あの日のように――。

エレオノーレの追撃から辛うじて逃げ去った蓮はトリファから同盟を提示される。玲愛を救うという二人にとって共通の目的。そして、大隊長の三人のいずれかを倒せばいいという条件。たとえ、どれほど困難な道であったとしても選ぶことに躊躇いのないはずの道であった。しかし、ルサルカの知識を奪った司狼はトリファは信用できないと言う。決断する間もなく、突如暴走を始めたトバルカインにより、状況は混乱を深めていく。トリファは、創造位階のさらに上、流出位階について示唆を残し、立ち去ってしまう……。

ラインハルトの黄金錬成を阻止するため、訝しみながらも共闘を受け入れた蓮。しかし、トリファは自らの目的のためだけに、暗躍を開始する。ゾーネンキント。黄金錬成にとって欠けることの許されないピースであるが故に“不完全な”それを使い、かつて失った子供たちの蘇生だけを掠め取る……それが彼の目的であった。しかし、エレオノーレによってその思惑は狂わされ、時間を稼ごうにも目の前にはマキナが立ちはだかる。絶体絶命の状況でトリファとマキナ……二人の渇望、創造がぶつかり合う。

マキナの一撃の前にトリファは敗れ去る。魂は捧げられ、第七のスワスチカが開かれた。一方、ラインハルトの語る不死英雄の真実を知った螢は絶望し、自暴自棄になりかける。しかし、蓮や司狼の強固な、決して諦めることのない意志に触れることで、強大な敵に抗う決意を取り戻す。それに相対するように、ラインハルトは大隊長の問いかける。勝利とは何かと。その答え――勝利とは高みであり、足跡であり、極点であると。そして両陣営が激突する。刹那、凄まじい衝撃が世界を襲い――第八、最後のスワスチカが開いた。

大隊長三人に圧倒される司狼、螢……そして蓮。マキナの必殺の一撃を受け、終わるはずだった蓮は再び立ち上がる。時間の止まったものは壊せない――ずっと願いつづけていた“時が止まればいい”という渇望が流出する。あらゆるものの時間を止める蓮の渇望によって生まれた隙を突き、司狼、螢は辛うじて勝利を掴む。そして、彼に想いを託す。蓮はかつての戦友だったマキナとの激闘の末、勝利する。託された想いを胸に蓮はラインハルトへと立ち向かう。そして、最大の戦い――流出位階到達者同士の死闘が始まる。

流出位階到達者の激突は一進一退の攻防が続く。“総てを愛し、総てを破壊する”ラインハルトの渇望、“時が止まればいい”という渇望がぶつかり合い、せめぎ合う。巨大な渇望はやがて世界を引き裂き、二人は特異点の穴へと落ちていく。その先で待っていたメルクリウスを見て、二人は彼がこの世界の神であることを察する。そして自分たちの渇望がロクな世界を生まないことも。蓮は新世界のため、ラインハルトの打倒を改めて決意する。激闘の末、勝利を掴んだ蓮。マリィに抱きしめられ愛を誓い合った瞬間、彼女の渇望が流出していく――。